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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Contenu archivé le 2024-05-29

Development of tools for the analysis of molecular clock and their application for a case of Hepatitis C Virus epidemics with known infection history

Objectif

The strategic directions of multidisciplinary research at the Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences include genetics and molecular biology of marine organisms, fields of research where progress increasingly depends on expertise in computational biology. This project will allow making the first step in introducing this much-needed expertise in the Institute and indeed in the region, which we hope will benefit several projects at the Institute (molecular systematics of marine invertebrate s, population genetics of fish and molluscs, marine microbiology). However, considering the short timeline, the utility of tools developed during the project will first be tested on a dataset of Hepatitis C Virus sequences obtained from an epidemic with kn own infection history. These data allow constructing a true phylogenetic tree with extensive temporal information, as the times for both the external nodes and crucial internal nodes are known. HCV displays one the highest rates of evolution detected in an y life form (reaching 10-2 substitutions/site/year. Moreover, extreme heterogeneity of substitution rate is observed in some of the regions of HCV genome. The project will concentrate on resolving the following issues:
(1) the level of heterogeneity of the rate of substitution among sites,
(2) the use of complex models (for example, models which allow multiple substitution matrices) for possibly better description of the data,
(3) the effects of the presence of positive selection on the molecular clock,
(4) the nature of amino acid substitutions that occur, especially in the context of the quasispecies hypothesis and the possibility of multiple infections. By analysing sequences coming from a major human pathogen, we hope to provide insight into the molecular biology of HCV and other RNA viruses, relevant not only for molecular evolution, but also for molecular medicine, molecular epidemiology and forensics.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Mots‑clés

Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

FP6-2002-MOBILITY-11
Voir d’autres projets de cet appel

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

ERG - Marie Curie actions-European Re-integration Grants

Coordinateur

INSTITUTE OF OCEANOLOGY, POLISH ACADEMY OF SCIENCES
Contribution de l’UE
Aucune donnée
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée
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