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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Inhalt archiviert am 2024-05-29

Development of tools for the analysis of molecular clock and their application for a case of Hepatitis C Virus epidemics with known infection history

Ziel

The strategic directions of multidisciplinary research at the Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences include genetics and molecular biology of marine organisms, fields of research where progress increasingly depends on expertise in computational biology. This project will allow making the first step in introducing this much-needed expertise in the Institute and indeed in the region, which we hope will benefit several projects at the Institute (molecular systematics of marine invertebrate s, population genetics of fish and molluscs, marine microbiology). However, considering the short timeline, the utility of tools developed during the project will first be tested on a dataset of Hepatitis C Virus sequences obtained from an epidemic with kn own infection history. These data allow constructing a true phylogenetic tree with extensive temporal information, as the times for both the external nodes and crucial internal nodes are known. HCV displays one the highest rates of evolution detected in an y life form (reaching 10-2 substitutions/site/year. Moreover, extreme heterogeneity of substitution rate is observed in some of the regions of HCV genome. The project will concentrate on resolving the following issues:
(1) the level of heterogeneity of the rate of substitution among sites,
(2) the use of complex models (for example, models which allow multiple substitution matrices) for possibly better description of the data,
(3) the effects of the presence of positive selection on the molecular clock,
(4) the nature of amino acid substitutions that occur, especially in the context of the quasispecies hypothesis and the possibility of multiple infections. By analysing sequences coming from a major human pathogen, we hope to provide insight into the molecular biology of HCV and other RNA viruses, relevant not only for molecular evolution, but also for molecular medicine, molecular epidemiology and forensics.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

FP6-2002-MOBILITY-11
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

ERG - Marie Curie actions-European Re-integration Grants

Koordinator

INSTITUTE OF OCEANOLOGY, POLISH ACADEMY OF SCIENCES
EU-Beitrag
Keine Daten
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten
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