Bioinformatics for spatial metabolomics

Leistungen

A report on the expert evaluation of the online engine and individual deployable packages using gold standard datasets. A whitepaper with recommendations to users concerning the choice of the platform (workstation, server, cloud).

Veröffentlichungen

Meta-mass shift chemical profiling of metabolomes from coral reefs

Autoren: Aaron C. Hartmann, Daniel Petras, Robert A. Quinn, Ivan Protsyuk, Frederick I. Archer, Emma Ransome, Gareth J. Williams, Barbara A. Bailey, Mark J. A. Vermeij, Theodore Alexandrov, Pieter C. Dorrestein, Forest L. Rohwer
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 114/44, 2017, Seite(n) 11685-11690, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1710248114

Digitizing mass spectrometry data to explore the chemical diversity and distribution of marine cyanobacteria and algae

Autoren: Tal Luzzatto-Knaan, Neha Garg, Mingxun Wang, Evgenia Glukhov, Yao Peng, Gail Ackermann, Amnon Amir, Brendan M Duggan, Sergey Ryazanov, Lena Gerwick, Rob Knight, Theodore Alexandrov, Nuno Bandeira, William H Gerwick, Pieter C Dorrestein
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 6, 2017, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.24214

Creating a 3D microbial and chemical snapshot of a human habitat

Autoren: Clifford A. Kapono, James T. Morton, Amina Bouslimani, Alexey V. Melnik, Kayla Orlinsky, Tal Luzzatto Knaan, Neha Garg, Yoshiki Vázquez-Baeza, Ivan Protsyuk, Stefan Janssen, Qiyun Zhu, Theodore Alexandrov, Larry Smarr, Rob Knight, Pieter C. Dorrestein
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-21541-4

N-acyl Taurines and Acylcarnitines Cause an Imbalance in Insulin Synthesis and Secretion Provoking β Cell Dysfunction in Type 2 Diabetes

Autoren: Michaela Aichler, Daniela Borgmann, Jan Krumsiek, Achim Buck, Patrick E. MacDonald, Jocelyn E. Manning Fox, James Lyon, Peter E. Light, Susanne Keipert, Martin Jastroch, Annette Feuchtinger, Nikola S. Mueller, Na Sun, Andrew Palmer, Theodore Alexandrov, Martin Hrabe de Angelis, Susanne Neschen, Matthias H. Tschöp, Axel Walch
Veröffentlicht in: Cell Metabolism, Ausgabe 25/6, 2017, Seite(n) 1334-1347.e4, ISSN 1550-4131
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2017.04.012

Translational utility of a hierarchical classification strategy in biomolecular data analytics

Autoren: Dieter Galea, Paolo Inglese, Lidia Cammack, Nicole Strittmatter, Monica Rebec, Reza Mirnezami, Ivan Laponogov, James Kinross, Jeremy Nicholson, Zoltan Takats, Kirill A. Veselkov
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-14092-7

Bioactivity-Based Molecular Networking for the Discovery of Drug Leads in Natural Product Bioassay-Guided Fractionation

Autoren: Louis-Félix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Ricardo da Silva, Mingxun Wang, Ivan Protsyuk, Zheng Zhang, Abi Sarvepalli, Pieter Leyssen, David Touboul, Jean Costa, Julien Paolini, Theodore Alexandrov, Marc Litaudon, Pieter C. Dorrestein
Veröffentlicht in: Journal of Natural Products, Ausgabe 81/4, 2018, Seite(n) 758-767, ISSN 0163-3864
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jnatprod.7b00737

ChemDistiller: an engine for metabolite annotation in mass spectrometry

Autoren: Ivan Laponogov, Noureddin Sadawi, Dieter Galea, Reza Mirnezami, Kirill A Veselkov
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 34/12, 2018, Seite(n) 2096-2102, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty080

Bi-clustering of metabolic data using matrix factorization tools

Autoren: Quan Gu, Kirill Veselkov
Veröffentlicht in: Methods, 2018, ISSN 1046-2023
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2018.02.004

Exploiting and assessing multi-source data for supervised biomedical named entity recognition

Autoren: Dieter Galea, Ivan Laponogov, Kirill Veselkov
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 34/14, 2018, Seite(n) 2474-2482, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty152

BASIS: High-performance bioinformatics platform for processing of large-scale mass spectrometry imaging data in chemically augmented histology

Autoren: Kirill Veselkov, Jonathan Sleeman, Emmanuelle Claude, Johannes P. C. Vissers, Dieter Galea, Anna Mroz, Ivan Laponogov, Mark Towers, Robert Tonge, Reza Mirnezami, Zoltan Takats, Jeremy K. Nicholson, James I. Langridge
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-22499-z

Integration of 3D multimodal imaging data of a head and neck cancer and advanced feature recognition

Autoren: Judith M. Lotz, Franziska Hoffmann, Johannes Lotz, Stefan Heldmann, Dennis Trede, Janina Oetjen, Michael Becker, Günther Ernst, Peter Maass, Theodore Alexandrov, Orlando Guntinas-Lichius, Herbert Thiele, Ferdinand von Eggeling.
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics, Ausgabe Volume 1864, Ausgabe 9, 2016, ISSN 1570-9639
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbapap.2016.08.018

Where imaging mass spectrometry stands: here are the numbers

Autoren: Palmer, A., Trede, D., Alexandrov, T.
Veröffentlicht in: Metabolomics, Ausgabe 12: 107, 2016, Seite(n) 107, ISSN 1573-3882
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s11306-016-1047-0

FDR-controlled metabolite annotation for high-resolution imaging mass spectrometry

Autoren: Andrew Palmer, Prasad Phapale, Ilya Chernyavsky, Regis Lavigne, Dominik Fay, Artem Tarasov, Vitaly Kovalev, Jens Fuchser, Sergey Nikolenko, Charles Pineau, Michael Becker, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 14/1, 2016, Seite(n) 57-60, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4072

Lifestyle chemistries from phones for individual profiling

Autoren: Amina Bouslimani, Alexey V. Melnik, Zhenjiang Xu, Amnon Amir, Ricardo R. da Silva, Mingxun Wang, Nuno Bandeira, Theodore Alexandrov, Rob Knight, and Pieter C. Dorrestein
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe vol 113 no 48, 2016, Seite(n) E7645–E7654, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1610019113

Investigating the spatial distribution of growth anomalies affecting Montipora capitata corals in a 3-dimensional framework

Autoren: John H.R. Burns, Theodore Alexandrov, Ekaterina Ovchinnikova, Ruth D. Gates, Misaki Takabayashi
Veröffentlicht in: Journal of Invertebrate Pathology, Ausgabe Volume 140, 2016, Seite(n) 51-57, ISSN 0022-2011
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jip.2016.08.007

Mass Spectrometry-Based Visualization of Molecules Associated with Human Habitats

Autoren: Petras, Daniel; Wojnicz, Aneta; Morton, Jamie; McCall, Laura-Isobel; Hook, Vivian; Yang, Jin; Steffen, Dana; Quinn, Robert A.; Knight, Rob; Podvin, Sonia; Garg, Neha; Vargas, Fernando; Tuttle, Robert; Bouslimani, Amina; Dang, Tam; Kapono, Clifford A.; Ling, Tie-Jun; Sapp, Valerie; Luzzatto-Knaan, Tal; Meehan, Michael J; Shires, Sarah; Merritt, Jonathan K.; Jiang, Yike; Bandeira, Nuno; Todoric, Jel
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, Ausgabe 2, 2016, Seite(n) 10775–10784, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b03456

Imaging of Esophageal Lymph Node Metastases by Desorption Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Autoren: Nima Abbassi-Ghadi, Ottmar Golf, Sacheen Kumar, Stefan Antonowicz, James S. McKenzie, Juzheng Huang, Nicole Strittmatter, Hiromi Kudo, Emrys A. Jones, Kirill Veselkov, Robert Goldin, Zoltan Takats, George B. Hanna
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 76/19, 2016, Seite(n) 5647-5656, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-16-0699

Spatial Molecular Architecture of the Microbial Community of a Peltigera Lichen

Autoren: Alexandrov, Theodore; Cichewicz, Robert H.; Sanchez, Laura M; Garg, Neha; Mohimani, Hosein; Zeng, Yi; Miao, Vivian; Edlund, Anna; Cai, Shengxin; Dorrestein, Pieter C.; Gurevich, Alexey; Luzzatto-Knaan, Tal; Lim, Yan Wei; Melnik, Alexey V; Rohwer, Forest; Pevzner, Pavel A.; Schiffler, Stefan
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe Volume 1 Ausgabe 6, 2016, ISSN 2379-5077
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mSystems.00139-16

Data for spatial analysis of growth anomaly lesions on Montipora capitata coral colonies using 3D reconstruction techniques

Autoren: Misaki Takabayashi; Burns, John H.R.; Ruth D. Gates; Theodore Alexandrov; Katya Ovchinnikova
Veröffentlicht in: Data in Brief, Ausgabe 1, 2016, ISSN 2352-3409
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dib.2016.09.009

From single cells to our planet—recent advances in using mass spectrometry for spatially resolved metabolomics

Autoren: Daniel Petras, Alan K Jarmusch, Pieter C Dorrestein
Veröffentlicht in: Current Opinion in Chemical Biology, Ausgabe Volume 36, 2017, Seite(n) 24-31, ISSN 1367-5931
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2016.12.018

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