From haplotype to phenotype: a systems integration of allelic variation, chromatin state and 3D genome data

Información del proyecto

HAP-PHEN

Identificador del acuerdo de subvención: 637587

DOI

10.3030/637587

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 7 Agosto 2015

Fecha de inicio 1 Septiembre 2015

Fecha de finalización 31 Agosto 2020

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 500 000,00

Aportación de la UE

€ 1 500 000,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Publicaciones

Other (1)

WAPL maintains dynamic cohesin to preserve lineage specific distal gene regulation

Autores: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M.G.A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphège P. Nora, Elzo de Wit
Publicado en: 2019
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/731141

Peer reviewed articles (14)

The ChAHP Complex Counteracts Chromatin Looping at CTCF Sites that Emerged from SINE Expansions in Mouse

Autores: Lucas J.T. Kaaij, Fabio Mohn, Robin H. van der Weide, Elzo de Wit, Marc Bühler
Publicado en: Cell, Edición 178/6, 2019, Página(s) 1437-1451.e14, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.08.007

LncRNA-OIS1 regulates DPP4 activation to modulate senescence induced by RAS

Autores: Li Li, Pieter C van Breugel, Fabricio Loayza-Puch, Alejandro Pineiro Ugalde, Gozde Korkmaz, Naama Messika-Gold, Ruiqi Han, Rui Lopes, Eric P Barbera, Hans Teunissen, Elzo de Wit, Ricardo J Soares, Boye S Nielsen, Kim Holmstrøm, Dannys J Martínez-Herrera, Maite Huarte, Annita Louloupi, Jarno Drost, Ran Elkon, Reuven Agami
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 46/8, 2018, Página(s) 4213-4227, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky087

Enhancer hubs and loop collisions identified from single-allele topologies

Autores: Amin Allahyar, Carlo Vermeulen, Britta A. M. Bouwman, Peter H. L. Krijger, Marjon J. A. M. Verstegen, Geert Geeven, Melissa van Kranenburg, Mark Pieterse, Roy Straver, Judith H. I. Haarhuis, Kees Jalink, Hans Teunissen, Ivo J. Renkens, Wigard P. Kloosterman, Benjamin D. Rowland, Elzo de Wit, Jeroen de Ridder, Wouter de Laat
Publicado en: Nature Genetics, Edición 50/8, 2018, Página(s) 1151-1160, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0161-5

TADs as the Caller Calls Them

Autores: Elzo de Wit
Publicado en: Journal of Molecular Biology, Edición 432/3, 2020, Página(s) 638-642, ISSN 0022-2836
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.09.026

The structural basis for cohesin–CTCF-anchored loops

Autores: Yan Li, Judith H. I. Haarhuis, Ángela Sedeño Cacciatore, Roel Oldenkamp, Marjon S. van Ruiten, Laureen Willems, Hans Teunissen, Kyle W. Muir, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland, Daniel Panne
Publicado en: Nature, Edición 578/7795, 2020, Página(s) 472-476, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1910-z

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Autores: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Publicado en: Nature Genetics, Edición 51/7, 2019, Página(s) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

Developing landscapes: genome architecture during early embryogenesis

Autores: Robin H van der Weide, Elzo de Wit
Publicado en: Current Opinion in Genetics & Development, Edición 55, 2019, Página(s) 39-45, ISSN 0959-437X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.04.009

peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data

Autores: Geert Geeven, Hans Teunissen, Wouter de Laat, Elzo de Wit
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky443

Systemic Loss and Gain of Chromatin Architecture throughout Zebrafish Development

Autores: Lucas J.T. Kaaij, Robin H. van der Weide, René F. Ketting, Elzo de Wit
Publicado en: Cell Reports, Edición 24/1, 2018, Página(s) 1-10.e4, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.003

The Cohesin Release Factor WAPL Restricts Chromatin Loop Extension

Autores: Judith H.I. Haarhuis, Robin H. van der Weide, Vincent A. Blomen, J. Omar Yáñez-Cuna, Mario Amendola, Marjon S. van Ruiten, Peter H.L. Krijger, Hans Teunissen, René H. Medema, Bas van Steensel, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Publicado en: Cell, Edición 169/4, 2017, Página(s) 693-707.e14, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.04.013

Cell-of-Origin-Specific 3D Genome Structure Acquired during Somatic Cell Reprogramming

Autores: Peter Hugo Lodewijk Krijger, Bruno Di Stefano, Elzo de Wit, Francesco Limone, Chris van Oevelen, Wouter de Laat, Thomas Graf
Publicado en: Cell Stem Cell, Edición 18/5, 2016, Página(s) 597-610, ISSN 1934-5909
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2016.01.007

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Autores: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 47/18, 2019, Página(s) 9557-9572, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

Distinct Roles for Condensin’s Two ATPase Sites in Chromosome Condensation

Autores: Ahmed M.O. Elbatsh, Eugene Kim, Jorine M. Eeftens, Jonne A. Raaijmakers, Robin H. van der Weide, Alberto García-Nieto, Sol Bravo, Mahipal Ganji, Jelmi uit de Bos, Hans Teunissen, René H. Medema, Elzo de Wit, Christian H. Haering, Cees Dekker, Benjamin D. Rowland
Publicado en: Molecular Cell, Edición 76/5, 2019, Página(s) 724-737.e5, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.020

CTCF: a Swiss-army knife for genome organization and transcription regulation

Autores: Luca Braccioli, Elzo de Wit
Publicado en: Essays in Biochemistry, Edición 63/1, 2019, Página(s) 157-165, ISSN 0071-1365
Editor: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20180069