From haplotype to phenotype: a systems integration of allelic variation, chromatin state and 3D genome data

Informazioni relative al progetto

HAP-PHEN

ID dell’accordo di sovvenzione: 637587

DOI 10.3030/637587

Progetto chiuso

Data della firma CE 7 Agosto 2015

Data di avvio 1 Settembre 2015

Data di completamento 31 Agosto 2020

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 1 500 000,00

Contributo UE € 1 500 000,00

Coordinato da

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

Pubblicazioni

Other (1)

WAPL maintains dynamic cohesin to preserve lineage specific distal gene regulation

Autori: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M.G.A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphège P. Nora, Elzo de Wit
Pubblicato in: 2019
Editore: bioRxiv
DOI: 10.1101/731141

Peer reviewed articles (14)

The ChAHP Complex Counteracts Chromatin Looping at CTCF Sites that Emerged from SINE Expansions in Mouse

Autori: Lucas J.T. Kaaij, Fabio Mohn, Robin H. van der Weide, Elzo de Wit, Marc Bühler
Pubblicato in: Cell, Numero 178/6, 2019, Pagina/e 1437-1451.e14, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.08.007

LncRNA-OIS1 regulates DPP4 activation to modulate senescence induced by RAS

Autori: Li Li, Pieter C van Breugel, Fabricio Loayza-Puch, Alejandro Pineiro Ugalde, Gozde Korkmaz, Naama Messika-Gold, Ruiqi Han, Rui Lopes, Eric P Barbera, Hans Teunissen, Elzo de Wit, Ricardo J Soares, Boye S Nielsen, Kim Holmstrøm, Dannys J Martínez-Herrera, Maite Huarte, Annita Louloupi, Jarno Drost, Ran Elkon, Reuven Agami
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 46/8, 2018, Pagina/e 4213-4227, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky087

Enhancer hubs and loop collisions identified from single-allele topologies

Autori: Amin Allahyar, Carlo Vermeulen, Britta A. M. Bouwman, Peter H. L. Krijger, Marjon J. A. M. Verstegen, Geert Geeven, Melissa van Kranenburg, Mark Pieterse, Roy Straver, Judith H. I. Haarhuis, Kees Jalink, Hans Teunissen, Ivo J. Renkens, Wigard P. Kloosterman, Benjamin D. Rowland, Elzo de Wit, Jeroen de Ridder, Wouter de Laat
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 50/8, 2018, Pagina/e 1151-1160, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0161-5

TADs as the Caller Calls Them

Autori: Elzo de Wit
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, Numero 432/3, 2020, Pagina/e 638-642, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.09.026

The structural basis for cohesin–CTCF-anchored loops

Autori: Yan Li, Judith H. I. Haarhuis, Ángela Sedeño Cacciatore, Roel Oldenkamp, Marjon S. van Ruiten, Laureen Willems, Hans Teunissen, Kyle W. Muir, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland, Daniel Panne
Pubblicato in: Nature, Numero 578/7795, 2020, Pagina/e 472-476, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1910-z

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Autori: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 51/7, 2019, Pagina/e 1160-1169, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

Developing landscapes: genome architecture during early embryogenesis

Autori: Robin H van der Weide, Elzo de Wit
Pubblicato in: Current Opinion in Genetics & Development, Numero 55, 2019, Pagina/e 39-45, ISSN 0959-437X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.04.009

peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data

Autori: Geert Geeven, Hans Teunissen, Wouter de Laat, Elzo de Wit
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky443

Systemic Loss and Gain of Chromatin Architecture throughout Zebrafish Development

Autori: Lucas J.T. Kaaij, Robin H. van der Weide, René F. Ketting, Elzo de Wit
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 24/1, 2018, Pagina/e 1-10.e4, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.003

The Cohesin Release Factor WAPL Restricts Chromatin Loop Extension

Autori: Judith H.I. Haarhuis, Robin H. van der Weide, Vincent A. Blomen, J. Omar Yáñez-Cuna, Mario Amendola, Marjon S. van Ruiten, Peter H.L. Krijger, Hans Teunissen, René H. Medema, Bas van Steensel, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Pubblicato in: Cell, Numero 169/4, 2017, Pagina/e 693-707.e14, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.04.013

Cell-of-Origin-Specific 3D Genome Structure Acquired during Somatic Cell Reprogramming

Autori: Peter Hugo Lodewijk Krijger, Bruno Di Stefano, Elzo de Wit, Francesco Limone, Chris van Oevelen, Wouter de Laat, Thomas Graf
Pubblicato in: Cell Stem Cell, Numero 18/5, 2016, Pagina/e 597-610, ISSN 1934-5909
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2016.01.007

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Autori: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 47/18, 2019, Pagina/e 9557-9572, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

Distinct Roles for Condensin’s Two ATPase Sites in Chromosome Condensation

Autori: Ahmed M.O. Elbatsh, Eugene Kim, Jorine M. Eeftens, Jonne A. Raaijmakers, Robin H. van der Weide, Alberto García-Nieto, Sol Bravo, Mahipal Ganji, Jelmi uit de Bos, Hans Teunissen, René H. Medema, Elzo de Wit, Christian H. Haering, Cees Dekker, Benjamin D. Rowland
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 76/5, 2019, Pagina/e 724-737.e5, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.020

CTCF: a Swiss-army knife for genome organization and transcription regulation

Autori: Luca Braccioli, Elzo de Wit
Pubblicato in: Essays in Biochemistry, Numero 63/1, 2019, Pagina/e 157-165, ISSN 0071-1365
Editore: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20180069