From haplotype to phenotype: a systems integration of allelic variation, chromatin state and 3D genome data

Publications

WAPL maintains dynamic cohesin to preserve lineage specific distal gene regulation

Auteurs: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M.G.A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphège P. Nora, Elzo de Wit
Publié dans: 2019
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/731141

The ChAHP Complex Counteracts Chromatin Looping at CTCF Sites that Emerged from SINE Expansions in Mouse

Auteurs: Lucas J.T. Kaaij, Fabio Mohn, Robin H. van der Weide, Elzo de Wit, Marc Bühler
Publié dans: Cell, Numéro 178/6, 2019, Page(s) 1437-1451.e14, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.08.007

LncRNA-OIS1 regulates DPP4 activation to modulate senescence induced by RAS

Auteurs: Li Li, Pieter C van Breugel, Fabricio Loayza-Puch, Alejandro Pineiro Ugalde, Gozde Korkmaz, Naama Messika-Gold, Ruiqi Han, Rui Lopes, Eric P Barbera, Hans Teunissen, Elzo de Wit, Ricardo J Soares, Boye S Nielsen, Kim Holmstrøm, Dannys J Martínez-Herrera, Maite Huarte, Annita Louloupi, Jarno Drost, Ran Elkon, Reuven Agami
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/8, 2018, Page(s) 4213-4227, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky087

Enhancer hubs and loop collisions identified from single-allele topologies

Auteurs: Amin Allahyar, Carlo Vermeulen, Britta A. M. Bouwman, Peter H. L. Krijger, Marjon J. A. M. Verstegen, Geert Geeven, Melissa van Kranenburg, Mark Pieterse, Roy Straver, Judith H. I. Haarhuis, Kees Jalink, Hans Teunissen, Ivo J. Renkens, Wigard P. Kloosterman, Benjamin D. Rowland, Elzo de Wit, Jeroen de Ridder, Wouter de Laat
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 50/8, 2018, Page(s) 1151-1160, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0161-5

TADs as the Caller Calls Them

Auteurs: Elzo de Wit
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 432/3, 2020, Page(s) 638-642, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.09.026

The structural basis for cohesin–CTCF-anchored loops

Auteurs: Yan Li, Judith H. I. Haarhuis, Ángela Sedeño Cacciatore, Roel Oldenkamp, Marjon S. van Ruiten, Laureen Willems, Hans Teunissen, Kyle W. Muir, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland, Daniel Panne
Publié dans: Nature, Numéro 578/7795, 2020, Page(s) 472-476, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1910-z

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Auteurs: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 51/7, 2019, Page(s) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

Developing landscapes: genome architecture during early embryogenesis

Auteurs: Robin H van der Weide, Elzo de Wit
Publié dans: Current Opinion in Genetics & Development, Numéro 55, 2019, Page(s) 39-45, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.04.009

peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data

Auteurs: Geert Geeven, Hans Teunissen, Wouter de Laat, Elzo de Wit
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky443

Systemic Loss and Gain of Chromatin Architecture throughout Zebrafish Development

Auteurs: Lucas J.T. Kaaij, Robin H. van der Weide, René F. Ketting, Elzo de Wit
Publié dans: Cell Reports, Numéro 24/1, 2018, Page(s) 1-10.e4, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.003

The Cohesin Release Factor WAPL Restricts Chromatin Loop Extension

Auteurs: Judith H.I. Haarhuis, Robin H. van der Weide, Vincent A. Blomen, J. Omar Yáñez-Cuna, Mario Amendola, Marjon S. van Ruiten, Peter H.L. Krijger, Hans Teunissen, René H. Medema, Bas van Steensel, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Publié dans: Cell, Numéro 169/4, 2017, Page(s) 693-707.e14, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.04.013

Cell-of-Origin-Specific 3D Genome Structure Acquired during Somatic Cell Reprogramming

Auteurs: Peter Hugo Lodewijk Krijger, Bruno Di Stefano, Elzo de Wit, Francesco Limone, Chris van Oevelen, Wouter de Laat, Thomas Graf
Publié dans: Cell Stem Cell, Numéro 18/5, 2016, Page(s) 597-610, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2016.01.007

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Auteurs: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/18, 2019, Page(s) 9557-9572, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

Distinct Roles for Condensin’s Two ATPase Sites in Chromosome Condensation

Auteurs: Ahmed M.O. Elbatsh, Eugene Kim, Jorine M. Eeftens, Jonne A. Raaijmakers, Robin H. van der Weide, Alberto García-Nieto, Sol Bravo, Mahipal Ganji, Jelmi uit de Bos, Hans Teunissen, René H. Medema, Elzo de Wit, Christian H. Haering, Cees Dekker, Benjamin D. Rowland
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 76/5, 2019, Page(s) 724-737.e5, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.020

CTCF: a Swiss-army knife for genome organization and transcription regulation

Auteurs: Luca Braccioli, Elzo de Wit
Publié dans: Essays in Biochemistry, Numéro 63/1, 2019, Page(s) 157-165, ISSN 0071-1365
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20180069

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