From haplotype to phenotype: a systems integration of allelic variation, chromatin state and 3D genome data

Veröffentlichungen

WAPL maintains dynamic cohesin to preserve lineage specific distal gene regulation

Autoren: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M.G.A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphège P. Nora, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/731141

The ChAHP Complex Counteracts Chromatin Looping at CTCF Sites that Emerged from SINE Expansions in Mouse

Autoren: Lucas J.T. Kaaij, Fabio Mohn, Robin H. van der Weide, Elzo de Wit, Marc Bühler
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 178/6, 2019, Seite(n) 1437-1451.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.08.007

LncRNA-OIS1 regulates DPP4 activation to modulate senescence induced by RAS

Autoren: Li Li, Pieter C van Breugel, Fabricio Loayza-Puch, Alejandro Pineiro Ugalde, Gozde Korkmaz, Naama Messika-Gold, Ruiqi Han, Rui Lopes, Eric P Barbera, Hans Teunissen, Elzo de Wit, Ricardo J Soares, Boye S Nielsen, Kim Holmstrøm, Dannys J Martínez-Herrera, Maite Huarte, Annita Louloupi, Jarno Drost, Ran Elkon, Reuven Agami
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/8, 2018, Seite(n) 4213-4227, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky087

Enhancer hubs and loop collisions identified from single-allele topologies

Autoren: Amin Allahyar, Carlo Vermeulen, Britta A. M. Bouwman, Peter H. L. Krijger, Marjon J. A. M. Verstegen, Geert Geeven, Melissa van Kranenburg, Mark Pieterse, Roy Straver, Judith H. I. Haarhuis, Kees Jalink, Hans Teunissen, Ivo J. Renkens, Wigard P. Kloosterman, Benjamin D. Rowland, Elzo de Wit, Jeroen de Ridder, Wouter de Laat
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 50/8, 2018, Seite(n) 1151-1160, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0161-5

TADs as the Caller Calls Them

Autoren: Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 432/3, 2020, Seite(n) 638-642, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2019.09.026

The structural basis for cohesin–CTCF-anchored loops

Autoren: Yan Li, Judith H. I. Haarhuis, Ángela Sedeño Cacciatore, Roel Oldenkamp, Marjon S. van Ruiten, Laureen Willems, Hans Teunissen, Kyle W. Muir, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland, Daniel Panne
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 578/7795, 2020, Seite(n) 472-476, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1910-z

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Autoren: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 51/7, 2019, Seite(n) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

Developing landscapes: genome architecture during early embryogenesis

Autoren: Robin H van der Weide, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Current Opinion in Genetics & Development, Ausgabe 55, 2019, Seite(n) 39-45, ISSN 0959-437X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.04.009

peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data

Autoren: Geert Geeven, Hans Teunissen, Wouter de Laat, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky443

Systemic Loss and Gain of Chromatin Architecture throughout Zebrafish Development

Autoren: Lucas J.T. Kaaij, Robin H. van der Weide, René F. Ketting, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 24/1, 2018, Seite(n) 1-10.e4, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.003

The Cohesin Release Factor WAPL Restricts Chromatin Loop Extension

Autoren: Judith H.I. Haarhuis, Robin H. van der Weide, Vincent A. Blomen, J. Omar Yáñez-Cuna, Mario Amendola, Marjon S. van Ruiten, Peter H.L. Krijger, Hans Teunissen, René H. Medema, Bas van Steensel, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 169/4, 2017, Seite(n) 693-707.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.04.013

Cell-of-Origin-Specific 3D Genome Structure Acquired during Somatic Cell Reprogramming

Autoren: Peter Hugo Lodewijk Krijger, Bruno Di Stefano, Elzo de Wit, Francesco Limone, Chris van Oevelen, Wouter de Laat, Thomas Graf
Veröffentlicht in: Cell Stem Cell, Ausgabe 18/5, 2016, Seite(n) 597-610, ISSN 1934-5909
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2016.01.007

A CRISPR-Cas9 screen identifies essential CTCF anchor sites for estrogen receptor-driven breast cancer cell proliferation

Autoren: Gozde Korkmaz, Zohar Manber, Rui Lopes, Stefan Prekovic, Karianne Schuurman, Yongsoo Kim, Hans Teunissen, Koen Flach, Elzo de Wit, Giorgio G Galli, Wilbert Zwart, Ran Elkon, Reuven Agami
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/18, 2019, Seite(n) 9557-9572, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz675

Distinct Roles for Condensin’s Two ATPase Sites in Chromosome Condensation

Autoren: Ahmed M.O. Elbatsh, Eugene Kim, Jorine M. Eeftens, Jonne A. Raaijmakers, Robin H. van der Weide, Alberto García-Nieto, Sol Bravo, Mahipal Ganji, Jelmi uit de Bos, Hans Teunissen, René H. Medema, Elzo de Wit, Christian H. Haering, Cees Dekker, Benjamin D. Rowland
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 76/5, 2019, Seite(n) 724-737.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.020

CTCF: a Swiss-army knife for genome organization and transcription regulation

Autoren: Luca Braccioli, Elzo de Wit
Veröffentlicht in: Essays in Biochemistry, Ausgabe 63/1, 2019, Seite(n) 157-165, ISSN 0071-1365
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20180069

Suche nach OpenAIRE-Daten ...

Veröffentlichungen

Diese Seite teilen

Herunterladen