Structure and Dynamics of Low-Complexity Regions in Proteins: The Huntingtin Case

Informations projet

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N° de convention de subvention: 648030

DOI 10.3030/648030

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Août 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 28 Février 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 999 844,00

Contribution de l’UE € 1 999 844,00

Coordonné par

INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE
France

Publications

Peer reviewed articles (12)

Evidence of the Reduced Abundance of Proline cis Conformation in Protein Poly Proline Tracts

Auteurs: Annika Urbanek; Matija Popovic; Carlos A. Elena-Real; Anna Morató; Alejandro Estaña; Aurélie Fournet; Frédéric Allemand; Ana M. Gil; Carlos Cativiela; Juan Cortés; Ana I. Jiménez; Nathalie Sibille; Pau Bernadó
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 142, 2020, Page(s) 7976, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c02263

Site-Specific Isotopic Labeling (SSIL): Access to High-Resolution Structural and Dynamic Information in Low-Complexity Proteins.

Auteurs: Urbanek, Annika; Elena‐Real, Carlos A.; Popovic, Matija; Morató, Anna; Fournet, Aurélie; Allemand, Frédéric; Delbecq, Stephane; Sibille, Nathalie; Bernadó, Pau
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 5, 2020, Page(s) 769-775, ISSN 1439-7633
Éditeur: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/cbic.201900583

Realistic Ensemble Models of Intrinsically Disordered Proteins Using a Structure-Encoding Coil Database

Auteurs: Alejandro Estaña, Nathalie Sibille, Elise Delaforge, Marc Vaisset, Juan Cortés, Pau Bernadó
Publié dans: Structure, Numéro 27, 2019, Page(s) 381-391, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2018.10.016

Disentangling the complexity of low complexity proteins

Auteurs: Pablo Mier, Lisanna Paladin, Stella Tamana, Sophia Petrosian, Borbála Hajdu-Soltész, Annika Urbanek, Aleksandra Gruca, Dariusz Plewczynski, Marcin Grynberg, Pau Bernadó, Zoltán Gáspári, Christos A Ouzounis, Vasilis J Promponas, Andrey V Kajava, John M Hancock, Silvio C E Tosatto, Zsuzsanna Dosztanyi, Miguel A Andrade-Navarro
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro 21, 2020, Page(s) 458-472, ISSN 1467-5463
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbz007

The importance of definitions in the study of polyQ regions: A tale of thresholds, impurities and sequence context.

Auteurs: Pablo Mier; Carlos A. Elena-Real; Annika Urbanek; Pau Bernadó; Miguel A. Andrade-Navarro
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 18, 2020, Page(s) 306-313, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.01.012

Flanking Regions Determine the Structure of the Poly-Glutamine in Huntingtin through Mechanisms Common among Glutamine-Rich Human Proteins

Auteurs: Annika Urbanek, Matija Popovic, Anna Morató, Alejandro Estaña, Carlos A Elena-Real, Pablo Mier, Aurélie Fournet, Frédéric Allemand, Stephane Delbecq, Miguel A Andrade-Navarro, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Publié dans: Structure, Numéro 28, 2020, Page(s) 733-746, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2020.04.008

Robust Cell-Free Expression of Sub-Pathological and Pathological Huntingtin Exon-1 for NMR Studies. General Approaches for the Isotopic Labeling of Low-Complexity Proteins

Auteurs: Anna Morató, Carlos A Elena-Real, Matija Popovic, Aurélie Fournet, Karen Zhang, Frédéric Allemand, Nathalie Sibille, Annika Urbanek, Pau Bernadó
Publié dans: Biomolecules, Numéro 10, 2020, Page(s) 1458, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom10101458

Investigating the Formation of Structural Elements in Proteins Using Local Sequence-Dependent Information and a Heuristic Search Algorithm

Auteurs: Estaña, Alejandro; Ghallab, Malik; Bernadó, Pau; Cortés, Juan
Publié dans: Molecules, Numéro 24, 2019, Page(s) 1150, ISSN 1420-3049
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules24061150

Predicting Secondary Structure Propensities in IDPs Using Simple Statistics from Three-Residue Fragments

Auteurs: Alejandro Estaña, Amélie Barozet, Assia Mouhand, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Pierre Fauret, Nathalie Sibille, Pau Bernadó, Juan Cortés
Publié dans: Journal of Molecuar Biology, Numéro 432, 2020, Page(s) 5447-5459, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.07.026

A General Strategy to Access Structural Information at Atomic Resolution in Polyglutamine Homorepeats

Auteurs: Annika Urbanek, Anna Morató, Frédéric Allemand, Elise Delaforge, Aurélie Fournet, Matija Popovic, Stephane Delbecq, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 57/14, 2018, Page(s) 3598-3601, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201711530

Hybrid parallelization of a multi-tree path search algorithm: Application to highly-flexible biomolecules

Auteurs: Alejandro Estaña, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Nathalie Sibille, Thierry Siméon, Pau Bernadó, Juan Cortés
Publié dans: Parallel Computing, Numéro 77, 2018, Page(s) 84-100, ISSN 0167-8191
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.parco.2018.06.005

Small-angle scattering studies of intrinsically disordered proteins and their complexes

Auteurs: Tiago N Cordeiro, Fátima Herranz-Trillo, Annika Urbanek, Alejandro Estaña, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 42, 2017, Page(s) 15-23, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2016.10.011

Book chapters (1)

Structural Characterization of Highly Flexible Proteins by Small-Angle Scattering.

Auteurs: Tiago N. Cordeiro, Fátima Herranz-Trillo, Annika Urbanek, Alejandro Estaña, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Publié dans: Advances in Experimental Medical Biology, 2017, Page(s) 107-129
Éditeur: Springer Singapore
DOI: 10.1007/978-981-10-6038-0_7