Structure and Dynamics of Low-Complexity Regions in Proteins: The Huntingtin Case

Projektinformationen

chemREPEAT

ID Finanzhilfevereinbarung: 648030

DOI 10.3030/648030

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 28 August 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 28 Februar 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 999 844,00

EU-Beitrag € 1 999 844,00

Koordiniert durch

INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE
France

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (12)

Evidence of the Reduced Abundance of Proline cis Conformation in Protein Poly Proline Tracts

Autoren: Annika Urbanek; Matija Popovic; Carlos A. Elena-Real; Anna Morató; Alejandro Estaña; Aurélie Fournet; Frédéric Allemand; Ana M. Gil; Carlos Cativiela; Juan Cortés; Ana I. Jiménez; Nathalie Sibille; Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 142, 2020, Seite(n) 7976, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c02263

Site-Specific Isotopic Labeling (SSIL): Access to High-Resolution Structural and Dynamic Information in Low-Complexity Proteins.

Autoren: Urbanek, Annika; Elena‐Real, Carlos A.; Popovic, Matija; Morató, Anna; Fournet, Aurélie; Allemand, Frédéric; Delbecq, Stephane; Sibille, Nathalie; Bernadó, Pau
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 5, 2020, Seite(n) 769-775, ISSN 1439-7633
Herausgeber: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/cbic.201900583

Realistic Ensemble Models of Intrinsically Disordered Proteins Using a Structure-Encoding Coil Database

Autoren: Alejandro Estaña, Nathalie Sibille, Elise Delaforge, Marc Vaisset, Juan Cortés, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 27, 2019, Seite(n) 381-391, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2018.10.016

Disentangling the complexity of low complexity proteins

Autoren: Pablo Mier, Lisanna Paladin, Stella Tamana, Sophia Petrosian, Borbála Hajdu-Soltész, Annika Urbanek, Aleksandra Gruca, Dariusz Plewczynski, Marcin Grynberg, Pau Bernadó, Zoltán Gáspári, Christos A Ouzounis, Vasilis J Promponas, Andrey V Kajava, John M Hancock, Silvio C E Tosatto, Zsuzsanna Dosztanyi, Miguel A Andrade-Navarro
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe 21, 2020, Seite(n) 458-472, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbz007

The importance of definitions in the study of polyQ regions: A tale of thresholds, impurities and sequence context.

Autoren: Pablo Mier; Carlos A. Elena-Real; Annika Urbanek; Pau Bernadó; Miguel A. Andrade-Navarro
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) 306-313, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.01.012

Flanking Regions Determine the Structure of the Poly-Glutamine in Huntingtin through Mechanisms Common among Glutamine-Rich Human Proteins

Autoren: Annika Urbanek, Matija Popovic, Anna Morató, Alejandro Estaña, Carlos A Elena-Real, Pablo Mier, Aurélie Fournet, Frédéric Allemand, Stephane Delbecq, Miguel A Andrade-Navarro, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Structure, Ausgabe 28, 2020, Seite(n) 733-746, ISSN 0969-2126
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2020.04.008

Robust Cell-Free Expression of Sub-Pathological and Pathological Huntingtin Exon-1 for NMR Studies. General Approaches for the Isotopic Labeling of Low-Complexity Proteins

Autoren: Anna Morató, Carlos A Elena-Real, Matija Popovic, Aurélie Fournet, Karen Zhang, Frédéric Allemand, Nathalie Sibille, Annika Urbanek, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 10, 2020, Seite(n) 1458, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom10101458

Investigating the Formation of Structural Elements in Proteins Using Local Sequence-Dependent Information and a Heuristic Search Algorithm

Autoren: Estaña, Alejandro; Ghallab, Malik; Bernadó, Pau; Cortés, Juan
Veröffentlicht in: Molecules, Ausgabe 24, 2019, Seite(n) 1150, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules24061150

Predicting Secondary Structure Propensities in IDPs Using Simple Statistics from Three-Residue Fragments

Autoren: Alejandro Estaña, Amélie Barozet, Assia Mouhand, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Pierre Fauret, Nathalie Sibille, Pau Bernadó, Juan Cortés
Veröffentlicht in: Journal of Molecuar Biology, Ausgabe 432, 2020, Seite(n) 5447-5459, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.07.026

A General Strategy to Access Structural Information at Atomic Resolution in Polyglutamine Homorepeats

Autoren: Annika Urbanek, Anna Morató, Frédéric Allemand, Elise Delaforge, Aurélie Fournet, Matija Popovic, Stephane Delbecq, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 57/14, 2018, Seite(n) 3598-3601, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201711530

Hybrid parallelization of a multi-tree path search algorithm: Application to highly-flexible biomolecules

Autoren: Alejandro Estaña, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Nathalie Sibille, Thierry Siméon, Pau Bernadó, Juan Cortés
Veröffentlicht in: Parallel Computing, Ausgabe 77, 2018, Seite(n) 84-100, ISSN 0167-8191
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.parco.2018.06.005

Small-angle scattering studies of intrinsically disordered proteins and their complexes

Autoren: Tiago N Cordeiro, Fátima Herranz-Trillo, Annika Urbanek, Alejandro Estaña, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 42, 2017, Seite(n) 15-23, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2016.10.011

Book chapters (1)

Structural Characterization of Highly Flexible Proteins by Small-Angle Scattering.

Autoren: Tiago N. Cordeiro, Fátima Herranz-Trillo, Annika Urbanek, Alejandro Estaña, Juan Cortés, Nathalie Sibille, Pau Bernadó
Veröffentlicht in: Advances in Experimental Medical Biology, 2017, Seite(n) 107-129
Herausgeber: Springer Singapore
DOI: 10.1007/978-981-10-6038-0_7