Revealing Allele-level Regulation and Dynamics using Single-cell Gene Expression Analyses

Informazioni relative al progetto

Allelic Regulation

ID dell’accordo di sovvenzione: 648842

DOI 10.3030/648842

Progetto chiuso

Data della firma CE 26 Giugno 2015

Data di avvio 1 Luglio 2015

Data di completamento 31 Dicembre 2020

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 1 923 060,00

Contributo UE € 1 923 060,00

Coordinato da

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

Single-cell RNA counting at allele and isoform resolution using Smart-seq3

Autori: Michael Hagemann-Jensen, Christoph Ziegenhain, Ping Chen, Daniel Ramsköld, Gert-Jan Hendriks, Anton J. M. Larsson, Omid R. Faridani, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 38/6, 2020, Pagina/e 708-714, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0497-0

Genomic encoding of transcriptional burst kinetics

Autori: Anton J. M. Larsson, Per Johnsson, Michael Hagemann-Jensen, Leonard Hartmanis, Omid R. Faridani, Björn Reinius, Åsa Segerstolpe, Chloe M. Rivera, Bing Ren, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature, Numero 565/7738, 2019, Pagina/e 251-254, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0836-1

NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells

Autori: Gert-Jan Hendriks, Lisa A. Jung, Anton J. M. Larsson, Michael Lidschreiber, Oscar Andersson Forsman, Katja Lidschreiber, Patrick Cramer, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11028-9

Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes

Autori: Åsa Segerstolpe, Athanasia Palasantza, Pernilla Eliasson, Eva-Marie Andersson, Anne-Christine Andréasson, Xiaoyan Sun, Simone Picelli, Alan Sabirsh, Maryam Clausen, Magnus K. Bjursell, David M. Smith, Maria Kasper, Carina Ämmälä, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Cell Metabolism, Numero 24/4, 2016, Pagina/e 593-607, ISSN 1550-4131
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2016.08.020

Single-cell sequencing of the small-RNA transcriptome

Autori: Omid R Faridani, Ilgar Abdullayev, Michael Hagemann-Jensen, John P Schell, Fredrik Lanner, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 34/12, 2016, Pagina/e 1264-1266, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3701

Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA–seq

Autori: Björn Reinius, Jeff E Mold, Daniel Ramsköld, Qiaolin Deng, Per Johnsson, Jakob Michaëlsson, Jonas Frisén, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 48/11, 2016, Pagina/e 1430-1435, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ng.3678

Random monoallelic expression of autosomal genes: stochastic transcription and allele-level regulation

Autori: Björn Reinius, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, Numero 16/11, 2015, Pagina/e 653-664, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrg3888

Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos

Autori: Sophie Petropoulos, Daniel Edsgärd, Björn Reinius, Qiaolin Deng, Sarita Pauliina Panula, Simone Codeluppi, Alvaro Plaza Reyes, Sten Linnarsson, Rickard Sandberg, Fredrik Lanner
Pubblicato in: Cell, Numero 165/4, 2016, Pagina/e 1012-1026, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2016.03.023

scphaser: haplotype inference using single-cell RNA-seq data

Autori: Daniel Edsgärd, Björn Reinius, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 32/19, 2016, Pagina/e 3038-3040, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw484

Identification of spatial expression trends in single-cell gene expression data

Autori: Daniel Edsgärd, Per Johnsson, Rickard Sandberg
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15/5, 2018, Pagina/e 339-342, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4634