European Network linking informatics and genomics of helper T cells

Projektinformationen

ENLIGHT-TEN

ID Finanzhilfevereinbarung: 675395

DOI 10.3030/675395

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 August 2015

Startdatum 1 Oktober 2015

Enddatum 30 September 2019

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten € 3 354 685,32

EU-Beitrag € 3 354 685,20

Koordiniert durch

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Electronic newsletter

NA

Betaversion of website

NA

Other (3)

International Symposium

NA

Midterm review meeting

Compulsory deliverable

Conference attendance

NA

Documents, reports (4)

Network of stakeholders

NA

Binding site prediction algorithm

NA

Awarding of PhD/doctoral degrees

NA

Certificates for ESRs on completion of various courses

NA

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Cellular Stress in the Context of an Inflammatory Environment Supports TGF-β-Independent T Helper-17 Differentiation

Autoren: Verena Brucklacher-Waldert, Cristina Ferreira, Marisa Stebegg, Olivier Fesneau, Silvia Innocentin, Julien C. Marie, Marc Veldhoen
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 19/11, 2017, Seite(n) 2357-2370, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2017.05.052

ROTS: An R package for reproducibility-optimized statistical testing

Autoren: Tomi Suomi, Fatemeh Seyednasrollah, Maria K. Jaakkola, Thomas Faux, Laura L. Elo
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 13/5, 2017, Seite(n) e1005562, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005562

Follicular T Helper Cells: A New Marker of Type 1 Diabetes Risk?

Autoren: Frank Heuts, Natalie M. Edner, Lucy S.K. Walker
Veröffentlicht in: Diabetes, Ausgabe 66/2, 2017, Seite(n) 258-260, ISSN 0012-1797
Herausgeber: American Diabetes Association
DOI: 10.2337/dbi16-0062

Regulation of the Germinal Center Response

Autoren: Marisa Stebegg, Saumya D. Kumar, Alyssa Silva-Cayetano, Valter R. Fonseca, Michelle A. Linterman, Luis Graca
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02469

Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation

Autoren: Ricardo J. Miragaia, Tomás Gomes, Agnieszka Chomka, Laura Jardine, Angela Riedel, Ahmed N. Hegazy, Natasha Whibley, Andrea Tucci, Xi Chen, Ida Lindeman, Guy Emerton, Thomas Krausgruber, Jacqueline Shields, Muzlifah Haniffa, Fiona Powrie, Sarah A. Teichmann
Veröffentlicht in: Immunity, Ausgabe 50/2, 2019, Seite(n) 493-504.e7, ISSN 1074-7613
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2019.01.001

Genome-wide analyses reveal the IRE1a-XBP1 pathway promotes T helper cell differentiation by resolving secretory stress and accelerating proliferation

Autoren: Jhuma Pramanik, Xi Chen, Gozde Kar, Johan Henriksson, Tomás Gomes, Jong-Eun Park, Kedar Natarajan, Kerstin B. Meyer, Zhichao Miao, Andrew N. J. McKenzie, Bidesh Mahata, Sarah A. Teichmann
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 10/1, 2018, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-018-0589-3

Genome-wide CRISPR Screens in T Helper Cells Reveal Pervasive Crosstalk between Activation and Differentiation

Autoren: Johan Henriksson, Xi Chen, Tomás Gomes, Ubaid Ullah, Kerstin B. Meyer, Ricardo Miragaia, Graham Duddy, Jhuma Pramanik, Kosuke Yusa, Riitta Lahesmaa, Sarah A. Teichmann
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 176/4, 2019, Seite(n) 882-896.e18, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.044

CTLA-4–mediated transendocytosis of costimulatory molecules primarily targets migratory dendritic cells

Autoren: Vitalijs Ovcinnikovs, Ellen M. Ross, Lina Petersone, Natalie M. Edner, Frank Heuts, Elisavet Ntavli, Alexandros Kogimtzis, Alan Kennedy, Chun Jing Wang, Clare L. Bennett, David M. Sansom, Lucy S. K. Walker
Veröffentlicht in: Science Immunology, Ausgabe 4/35, 2019, Seite(n) eaaw0902, ISSN 2470-9468
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.aaw0902

T Cell/B Cell Collaboration and Autoimmunity: An Intimate Relationship

Autoren: Lina Petersone, Natalie M. Edner, Vitalijs Ovcinnikovs, Frank Heuts, Ellen M. Ross, Elisavet Ntavli, Chun J. Wang, Lucy S. K. Walker
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01941

Heterochronic faecal transplantation boosts gut germinal centres in aged mice

Autoren: Marisa Stebegg, Alyssa Silva-Cayetano, Silvia Innocentin, Timothy P. Jenkins, Cinzia Cantacessi, Colin Gilbert, Michelle A. Linterman
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10430-7

RepViz: a replicate-driven R tool for visualizing genomic regions

Autoren: Thomas Faux, Kalle T. Rytkönen, Asta Laiho, Laura L. Elo
Veröffentlicht in: BMC Research Notes, Ausgabe 12/1, 2019, ISSN 1756-0500
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13104-019-4473-z

Molecular Markers Distinguishing T Cell Subtypes With TSDR Strand-Bias Methylation

Autoren: Ekaterina Minskaia, Barbara C. Saraiva, Maria M. V. Soares, Rita I. Azevedo, Ruy M. Ribeiro, Saumya D. Kumar, Ana I. S. Vieira, João F. Lacerda
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02540

Immune Cell Dynamics Unfolded by Single-Cell Technologies

Autoren: Daniel J. Kunz, Tomás Gomes, Kylie R. James
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01435

Immunology Driven by Large-Scale Single-Cell Sequencing

Autoren: Tomás Gomes, Sarah A. Teichmann, Carlos Talavera-López
Veröffentlicht in: Trends in Immunology, Ausgabe 40/11, 2019, Seite(n) 1011-1021, ISSN 1471-4906
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.it.2019.09.004

Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation

Autoren: Yi-Ling Chen, Tomas Gomes, Clare S. Hardman, Felipe A. Vieira Braga, Danuta Gutowska-Owsiak, Maryam Salimi, Nicki Gray, David A. Duncan, Gary Reynolds, David Johnson, Mariolina Salio, Vincenzo Cerundolo, Jillian L. Barlow, Andrew N.J. McKenzie, Sarah A. Teichmann, Muzlifah Haniffa, Graham Ogg
Veröffentlicht in: The Journal of Experimental Medicine, Ausgabe 217/3, 2020, ISSN 0022-1007
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1084/jem.20190811

Metabolic pathways in T cell activation and lineage differentiation

Autoren: Luís Almeida, Matthias Lochner, Luciana Berod, Tim Sparwasser
Veröffentlicht in: Seminars in Immunology, Ausgabe 28/5, 2016, Seite(n) 514-524, ISSN 1044-5323
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.smim.2016.10.009