Programmable BioMolecular Circuits: Emulating Regulatory Functions in Living Cells Using a Bottom-Up Approach

Informations projet

BioCircuit

N° de convention de subvention: 677313

DOI 10.3030/677313

Projet clôturé

Date de signature de la CE 8 Mars 2016

Date de début 1 Août 2016

Date de fin 31 Janvier 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 887 180,00

Contribution de l’UE € 1 887 180,00

Coordonné par

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN
Netherlands

Publications

Peer reviewed articles (24)

Dynamic modulation of proximity-induced enzyme activity using supramolecular polymers

Auteurs: Eva Magdalena Estirado, Bas J. H. M. Rosier, Tom F. A. de Greef and Luc Brunsveld
Publié dans: Chemical Communications, 2020, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0cc02120b

Engineered Living Materials based on Adhesin-mediated Trapping of Programmable Cells

Auteurs: Maxime C.M. van den Oetelaar; Maarten Merkx; Pim L. Joostens; Tim van der Hek; Yahav Rave; Mick P.A. Verhagen; Kees Verduin; Laura S. van Hazendonk; Guido J.M. Oerlemans; Shuaiqi Guo; Mariska Brüls; Sander R. Keij; Weizhou Xing; Emilien Dubuc; Jetske Stalpers; Simone A.E. Twisk; Bruno V. Eijkens; Roy J. E. A. Boonen; M Marieke Gerth; Ilja K. Voets; Tom F. A. de Greef; Manoj Sharma; Martijn Nijs
Publié dans: ACS Synthetic Biology, 2020, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1101/734350

Supramolecular interactions between catalytic species allow rational control over reaction kinetics

Auteurs: Abraham J. P. Teunissen, Tim F. E. Paffen, Ivo A. W. Filot, Menno D. Lanting, Roy J. C. van der Haas,Tom F. A. de Greef, E. W. Meijer
Publié dans: Chemical Science, 2019, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c9sc02357g

Regulating Competing Supramolecular Interactions Using Ligand Concentration

Auteurs: Abraham J. P. Teunissen; Tim F. E. Paffen; Gianfranco Ercolani; Tom F. A. de Greef; E. W. Meijer
Publié dans: VOLUME=138;ISSUE=21;STARTPAGE=6852;ENDPAGE=6860;ISSN=0002-7863;TITLE=Journal of the American Chemical Society, Numéro 3, 2016, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.6b03421

Determinants of Ligand-Functionalized DNA Nanostructure-Cell Interactions

Auteurs: Glenn A.O. Cremers; Bas J.H.M. Rosier; Ab Meijs; Ab Meijs; Nicholas B. Tito; Sander M.J. van Duijnhoven; Hans van Eenennaam; Lorenzo Albertazzi; Tom F. A. de Greef
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 2, 2021, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.3929/ethz-b-000498818

A Multilayer Microfluidic Platform for the Conduction of Prolonged Cell-Free Gene Expression

Auteurs: Ardjan J. van der Linden, Maaruthy Yelleswarapu, Pascal A. Pieters, Zoe Swank, Wilhelm T. S. Huck, Sebastian J. Maerkl, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Journal of Visualized Experiments, 2019, ISSN 1940-087X
Éditeur: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/59655

Designed Asymmetric Protein Assembly on a Symmetric Scaffold

Auteurs: Lenne J. M. Lemmens, Job A. L. Roodhuizen, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort, Luc Brunsveld
Publié dans: Angewandte Chemie, 2020, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202003626

Proximity-induced caspase-9 activation on a DNA origami-based synthetic apoptosome

Auteurs: Bas J. H. M. Rosier, Albert J. Markvoort, Berta Gumí Audenis, Job A. L. Roodhuizen, Anniek den Hamer, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Nature Catalysis, Numéro 3/3, 2020, Page(s) 295-306, ISSN 2520-1158
Éditeur: Nature Springer
DOI: 10.1038/s41929-019-0403-7

Assembly of Dynamic Supramolecular Polymers on a DNA Origami Platform

Auteurs: Jurgen Schill,Bas J. H. M. Rosier,Berta Gumí Audenis, Eva Magdalena Estirado,Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Publié dans: Angewandte Chemie, 2021, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202016244

Hierarchical control of enzymatic actuators using DNA-based switchable memories

Auteurs: Lenny H. H. Meijer, Alex Joesaar, Erik Steur, Wouter Engelen, Rutger A. van Santen, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01127-w

DNA-Based Nanodevices Controlled by Purely Entropic Linker Domains

Auteurs: Davide Mariottini, Andrea Idili, Minke A. D. Nijenhuis, Tom F. A. de Greef, Francesco Ricci
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 140/44, 2018, Page(s) 14725-14734, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.8b07640

Cell-free microcompartmentalised transcription–translation for the prototyping of synthetic communication networks

Auteurs: Emilien Dubuc, Pascal A Pieters, Ardjan J van der Linden, Jan CM van Hest, Wilhelm TS Huck, Tom FA de Greef
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 58, 2019, Page(s) 72-80, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.10.006

Sigma Factor-Mediated Tuning of Bacterial Cell-Free Synthetic Genetic Oscillators

Auteurs: Maaruthy Yelleswarapu, Ardjan J. van der Linden, Bob van Sluijs, Pascal A. Pieters, Emilien Dubuc, Tom F. A. de Greef, Wilhelm T. S. Huck
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 7/12, 2018, Page(s) 2879-2887, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00300

DNA-based communication in populations of synthetic protocells

Auteurs: Alex Joesaar, Shuo Yang, Bas Bögels, Ardjan van der Linden, Pascal Pieters, B. V. V. S. Pavan Kumar, Neil Dalchau, Andrew Phillips, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Nature Nanotechnology, Numéro 14/4, 2019, Page(s) 369-378, ISSN 1748-3387
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-019-0399-9

Pathway Control in Cooperative vs. Anti-Cooperative Supramolecular Polymers

Auteurs: Lorena Herkert, Jörn Droste, Kalathil K. Kartha, Peter A. Korevaar, Tom F. A. de Greef, Michael Ryan Hansen, Gustavo Fernández
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, 2019, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201905064

Counterion-Dependent Mechanisms of DNA Origami Nanostructure Stabilization Revealed by Atomistic Molecular Simulation

Auteurs: Job A. L. Roodhuizen, Philip J. T. M. Hendrikx, Peter A. J. Hilbers, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort
Publié dans: ACS Nano, 2019, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b05650

Incorporation of native antibodies and Fc-fusion proteins on DNA nanostructures via a modular conjugation strategy

Auteurs: Bas J. H. M. Rosier, Glenn A. O. Cremers, Wouter Engelen, Maarten Merkx, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Chem. Commun., Numéro 53/53, 2017, Page(s) 7393-7396, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CC04178K

Small-Molecule-Induced and Cooperative Enzyme Assembly on a 14-3-3 Scaffold

Auteurs: Anniek den Hamer, Lenne J. M. Lemmens, Minke A. D. Nijenhuis, Christian Ottmann, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Publié dans: ChemBioChem, Numéro 18/3, 2017, Page(s) 331-335, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.201600631

Antibody-controlled actuation of DNA-based molecular circuits

Auteurs: Wouter Engelen, Lenny H. H. Meijer, Bram Somers, Tom F. A. de Greef, Maarten Merkx
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8, 2017, Page(s) 14473, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms14473

Non-equilibrium supramolecular polymerization

Auteurs: Alessandro Sorrenti, Jorge Leira-Iglesias, Albert J. Markvoort, Tom F. A. de Greef, Thomas M. Hermans
Publié dans: Chem. Soc. Rev., 2017, ISSN 0306-0012
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CS00121E

A plug-and-play platform of ratiometric bioluminescent sensors for homogeneous immunoassays

Auteurs: Yan Ni, Bas J. H. M. Rosier, Eva A. van Aalen, Eva T. L. Hanckmann, Lieuwe Biewenga, Anna-Maria Makri Pistikou, Bart Timmermans, Chris Vu, Sophie Roos, Remco Arts, Wentao Li, Tom F. A. de Greef, Marcel M. G. J. van Borren, Frank J. M. van Kuppeveld, Berend-Jan Bosch & Maarten Merkx
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24874-3

Efficient Small-Scale Conjugation of DNA to Primary Antibodies for Multiplexed Cellular Targeting

Auteurs: Glenn A. O. Cremers, Bas J. H. M. Rosier, Roger Riera Brillas, Lorenzo Albertazzi, and Tom F. A. de Greef
Publié dans: Bioconjugate Chem., 2019, ISSN 1043-1802
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.9b00490

Cell-Free Characterization of Coherent Feed-Forward Loop-Based Synthetic Genetic Circuits

Auteurs: Pascal A. Pieters, Bryan L. Nathalia, Ardjan J. van der Linden, Peng Yin, Jongmin Kim, Wilhelm T. S. Huck, and Tom F. A. de Greef
Publié dans: ACS Synthetic Biology, 2021, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1101/2021.01.11.426179

Light-Activated Signaling in DNA-Encoded Sender–Receiver Architectures

Auteurs: Shuo Yang, Pascal A. Pieters, Alex Joesaar, Bas W. A. Bögels, Rens Brouwers, Iuliia Myrgorodska, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Publié dans: ACS Nano, Numéro 14/11, 2020, Page(s) 15992-16002, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c07537