Programmable BioMolecular Circuits: Emulating Regulatory Functions in Living Cells Using a Bottom-Up Approach

Projektinformationen

BioCircuit

ID Finanzhilfevereinbarung: 677313

DOI 10.3030/677313

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 8 März 2016

Startdatum 1 August 2016

Enddatum 31 Januar 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 887 180,00

EU-Beitrag € 1 887 180,00

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN
Netherlands

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (24)

Dynamic modulation of proximity-induced enzyme activity using supramolecular polymers

Autoren: Eva Magdalena Estirado, Bas J. H. M. Rosier, Tom F. A. de Greef and Luc Brunsveld
Veröffentlicht in: Chemical Communications, 2020, ISSN 1359-7345
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0cc02120b

Engineered Living Materials based on Adhesin-mediated Trapping of Programmable Cells

Autoren: Maxime C.M. van den Oetelaar; Maarten Merkx; Pim L. Joostens; Tim van der Hek; Yahav Rave; Mick P.A. Verhagen; Kees Verduin; Laura S. van Hazendonk; Guido J.M. Oerlemans; Shuaiqi Guo; Mariska Brüls; Sander R. Keij; Weizhou Xing; Emilien Dubuc; Jetske Stalpers; Simone A.E. Twisk; Bruno V. Eijkens; Roy J. E. A. Boonen; M Marieke Gerth; Ilja K. Voets; Tom F. A. de Greef; Manoj Sharma; Martijn Nijs
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2020, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1101/734350

Supramolecular interactions between catalytic species allow rational control over reaction kinetics

Autoren: Abraham J. P. Teunissen, Tim F. E. Paffen, Ivo A. W. Filot, Menno D. Lanting, Roy J. C. van der Haas,Tom F. A. de Greef, E. W. Meijer
Veröffentlicht in: Chemical Science, 2019, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c9sc02357g

Regulating Competing Supramolecular Interactions Using Ligand Concentration

Autoren: Abraham J. P. Teunissen; Tim F. E. Paffen; Gianfranco Ercolani; Tom F. A. de Greef; E. W. Meijer
Veröffentlicht in: VOLUME=138;ISSUE=21;STARTPAGE=6852;ENDPAGE=6860;ISSN=0002-7863;TITLE=Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 3, 2016, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.6b03421

Determinants of Ligand-Functionalized DNA Nanostructure-Cell Interactions

Autoren: Glenn A.O. Cremers; Bas J.H.M. Rosier; Ab Meijs; Ab Meijs; Nicholas B. Tito; Sander M.J. van Duijnhoven; Hans van Eenennaam; Lorenzo Albertazzi; Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 2, 2021, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.3929/ethz-b-000498818

A Multilayer Microfluidic Platform for the Conduction of Prolonged Cell-Free Gene Expression

Autoren: Ardjan J. van der Linden, Maaruthy Yelleswarapu, Pascal A. Pieters, Zoe Swank, Wilhelm T. S. Huck, Sebastian J. Maerkl, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, 2019, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/59655

Designed Asymmetric Protein Assembly on a Symmetric Scaffold

Autoren: Lenne J. M. Lemmens, Job A. L. Roodhuizen, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort, Luc Brunsveld
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, 2020, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202003626

Proximity-induced caspase-9 activation on a DNA origami-based synthetic apoptosome

Autoren: Bas J. H. M. Rosier, Albert J. Markvoort, Berta Gumí Audenis, Job A. L. Roodhuizen, Anniek den Hamer, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Nature Catalysis, Ausgabe 3/3, 2020, Seite(n) 295-306, ISSN 2520-1158
Herausgeber: Nature Springer
DOI: 10.1038/s41929-019-0403-7

Assembly of Dynamic Supramolecular Polymers on a DNA Origami Platform

Autoren: Jurgen Schill,Bas J. H. M. Rosier,Berta Gumí Audenis, Eva Magdalena Estirado,Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, 2021, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202016244

Hierarchical control of enzymatic actuators using DNA-based switchable memories

Autoren: Lenny H. H. Meijer, Alex Joesaar, Erik Steur, Wouter Engelen, Rutger A. van Santen, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01127-w

DNA-Based Nanodevices Controlled by Purely Entropic Linker Domains

Autoren: Davide Mariottini, Andrea Idili, Minke A. D. Nijenhuis, Tom F. A. de Greef, Francesco Ricci
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 140/44, 2018, Seite(n) 14725-14734, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.8b07640

Cell-free microcompartmentalised transcription–translation for the prototyping of synthetic communication networks

Autoren: Emilien Dubuc, Pascal A Pieters, Ardjan J van der Linden, Jan CM van Hest, Wilhelm TS Huck, Tom FA de Greef
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 58, 2019, Seite(n) 72-80, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.10.006

Sigma Factor-Mediated Tuning of Bacterial Cell-Free Synthetic Genetic Oscillators

Autoren: Maaruthy Yelleswarapu, Ardjan J. van der Linden, Bob van Sluijs, Pascal A. Pieters, Emilien Dubuc, Tom F. A. de Greef, Wilhelm T. S. Huck
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 7/12, 2018, Seite(n) 2879-2887, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00300

DNA-based communication in populations of synthetic protocells

Autoren: Alex Joesaar, Shuo Yang, Bas Bögels, Ardjan van der Linden, Pascal Pieters, B. V. V. S. Pavan Kumar, Neil Dalchau, Andrew Phillips, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Nature Nanotechnology, Ausgabe 14/4, 2019, Seite(n) 369-378, ISSN 1748-3387
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-019-0399-9

Pathway Control in Cooperative vs. Anti-Cooperative Supramolecular Polymers

Autoren: Lorena Herkert, Jörn Droste, Kalathil K. Kartha, Peter A. Korevaar, Tom F. A. de Greef, Michael Ryan Hansen, Gustavo Fernández
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, 2019, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201905064

Counterion-Dependent Mechanisms of DNA Origami Nanostructure Stabilization Revealed by Atomistic Molecular Simulation

Autoren: Job A. L. Roodhuizen, Philip J. T. M. Hendrikx, Peter A. J. Hilbers, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort
Veröffentlicht in: ACS Nano, 2019, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b05650

Incorporation of native antibodies and Fc-fusion proteins on DNA nanostructures via a modular conjugation strategy

Autoren: Bas J. H. M. Rosier, Glenn A. O. Cremers, Wouter Engelen, Maarten Merkx, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Chem. Commun., Ausgabe 53/53, 2017, Seite(n) 7393-7396, ISSN 1359-7345
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CC04178K

Small-Molecule-Induced and Cooperative Enzyme Assembly on a 14-3-3 Scaffold

Autoren: Anniek den Hamer, Lenne J. M. Lemmens, Minke A. D. Nijenhuis, Christian Ottmann, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Veröffentlicht in: ChemBioChem, Ausgabe 18/3, 2017, Seite(n) 331-335, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.201600631

Antibody-controlled actuation of DNA-based molecular circuits

Autoren: Wouter Engelen, Lenny H. H. Meijer, Bram Somers, Tom F. A. de Greef, Maarten Merkx
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8, 2017, Seite(n) 14473, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms14473

Non-equilibrium supramolecular polymerization

Autoren: Alessandro Sorrenti, Jorge Leira-Iglesias, Albert J. Markvoort, Tom F. A. de Greef, Thomas M. Hermans
Veröffentlicht in: Chem. Soc. Rev., 2017, ISSN 0306-0012
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CS00121E

A plug-and-play platform of ratiometric bioluminescent sensors for homogeneous immunoassays

Autoren: Yan Ni, Bas J. H. M. Rosier, Eva A. van Aalen, Eva T. L. Hanckmann, Lieuwe Biewenga, Anna-Maria Makri Pistikou, Bart Timmermans, Chris Vu, Sophie Roos, Remco Arts, Wentao Li, Tom F. A. de Greef, Marcel M. G. J. van Borren, Frank J. M. van Kuppeveld, Berend-Jan Bosch & Maarten Merkx
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24874-3

Efficient Small-Scale Conjugation of DNA to Primary Antibodies for Multiplexed Cellular Targeting

Autoren: Glenn A. O. Cremers, Bas J. H. M. Rosier, Roger Riera Brillas, Lorenzo Albertazzi, and Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: Bioconjugate Chem., 2019, ISSN 1043-1802
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.9b00490

Cell-Free Characterization of Coherent Feed-Forward Loop-Based Synthetic Genetic Circuits

Autoren: Pascal A. Pieters, Bryan L. Nathalia, Ardjan J. van der Linden, Peng Yin, Jongmin Kim, Wilhelm T. S. Huck, and Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2021, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1101/2021.01.11.426179

Light-Activated Signaling in DNA-Encoded Sender–Receiver Architectures

Autoren: Shuo Yang, Pascal A. Pieters, Alex Joesaar, Bas W. A. Bögels, Rens Brouwers, Iuliia Myrgorodska, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 14/11, 2020, Seite(n) 15992-16002, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c07537