Programmable BioMolecular Circuits: Emulating Regulatory Functions in Living Cells Using a Bottom-Up Approach

Informacje na temat projektu

BioCircuit

Identyfikator umowy o grant: 677313

DOI 10.3030/677313

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 8 Marca 2016

Data rozpoczęcia 1 Sierpnia 2016

Data zakończenia 31 Stycznia 2022

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity € 1 887 180,00

Wkład UE € 1 887 180,00

Koordynowany przez

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN
Netherlands

Publikacje

Peer reviewed articles (24)

Dynamic modulation of proximity-induced enzyme activity using supramolecular polymers

Autorzy: Eva Magdalena Estirado, Bas J. H. M. Rosier, Tom F. A. de Greef and Luc Brunsveld
Opublikowane w: Chemical Communications, 2020, ISSN 1359-7345
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0cc02120b

Engineered Living Materials based on Adhesin-mediated Trapping of Programmable Cells

Autorzy: Maxime C.M. van den Oetelaar; Maarten Merkx; Pim L. Joostens; Tim van der Hek; Yahav Rave; Mick P.A. Verhagen; Kees Verduin; Laura S. van Hazendonk; Guido J.M. Oerlemans; Shuaiqi Guo; Mariska Brüls; Sander R. Keij; Weizhou Xing; Emilien Dubuc; Jetske Stalpers; Simone A.E. Twisk; Bruno V. Eijkens; Roy J. E. A. Boonen; M Marieke Gerth; Ilja K. Voets; Tom F. A. de Greef; Manoj Sharma; Martijn Nijs
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, 2020, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1101/734350

Supramolecular interactions between catalytic species allow rational control over reaction kinetics

Autorzy: Abraham J. P. Teunissen, Tim F. E. Paffen, Ivo A. W. Filot, Menno D. Lanting, Roy J. C. van der Haas,Tom F. A. de Greef, E. W. Meijer
Opublikowane w: Chemical Science, 2019, ISSN 2041-6520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c9sc02357g

Regulating Competing Supramolecular Interactions Using Ligand Concentration

Autorzy: Abraham J. P. Teunissen; Tim F. E. Paffen; Gianfranco Ercolani; Tom F. A. de Greef; E. W. Meijer
Opublikowane w: VOLUME=138;ISSUE=21;STARTPAGE=6852;ENDPAGE=6860;ISSN=0002-7863;TITLE=Journal of the American Chemical Society, Numer 3, 2016, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.6b03421

Determinants of Ligand-Functionalized DNA Nanostructure-Cell Interactions

Autorzy: Glenn A.O. Cremers; Bas J.H.M. Rosier; Ab Meijs; Ab Meijs; Nicholas B. Tito; Sander M.J. van Duijnhoven; Hans van Eenennaam; Lorenzo Albertazzi; Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 2, 2021, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.3929/ethz-b-000498818

A Multilayer Microfluidic Platform for the Conduction of Prolonged Cell-Free Gene Expression

Autorzy: Ardjan J. van der Linden, Maaruthy Yelleswarapu, Pascal A. Pieters, Zoe Swank, Wilhelm T. S. Huck, Sebastian J. Maerkl, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Journal of Visualized Experiments, 2019, ISSN 1940-087X
Wydawca: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/59655

Designed Asymmetric Protein Assembly on a Symmetric Scaffold

Autorzy: Lenne J. M. Lemmens, Job A. L. Roodhuizen, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort, Luc Brunsveld
Opublikowane w: Angewandte Chemie, 2020, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202003626

Proximity-induced caspase-9 activation on a DNA origami-based synthetic apoptosome

Autorzy: Bas J. H. M. Rosier, Albert J. Markvoort, Berta Gumí Audenis, Job A. L. Roodhuizen, Anniek den Hamer, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Nature Catalysis, Numer 3/3, 2020, Strona(/y) 295-306, ISSN 2520-1158
Wydawca: Nature Springer
DOI: 10.1038/s41929-019-0403-7

Assembly of Dynamic Supramolecular Polymers on a DNA Origami Platform

Autorzy: Jurgen Schill,Bas J. H. M. Rosier,Berta Gumí Audenis, Eva Magdalena Estirado,Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Opublikowane w: Angewandte Chemie, 2021, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202016244

Hierarchical control of enzymatic actuators using DNA-based switchable memories

Autorzy: Lenny H. H. Meijer, Alex Joesaar, Erik Steur, Wouter Engelen, Rutger A. van Santen, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01127-w

DNA-Based Nanodevices Controlled by Purely Entropic Linker Domains

Autorzy: Davide Mariottini, Andrea Idili, Minke A. D. Nijenhuis, Tom F. A. de Greef, Francesco Ricci
Opublikowane w: Journal of the American Chemical Society, Numer 140/44, 2018, Strona(/y) 14725-14734, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.8b07640

Cell-free microcompartmentalised transcription–translation for the prototyping of synthetic communication networks

Autorzy: Emilien Dubuc, Pascal A Pieters, Ardjan J van der Linden, Jan CM van Hest, Wilhelm TS Huck, Tom FA de Greef
Opublikowane w: Current Opinion in Biotechnology, Numer 58, 2019, Strona(/y) 72-80, ISSN 0958-1669
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.10.006

Sigma Factor-Mediated Tuning of Bacterial Cell-Free Synthetic Genetic Oscillators

Autorzy: Maaruthy Yelleswarapu, Ardjan J. van der Linden, Bob van Sluijs, Pascal A. Pieters, Emilien Dubuc, Tom F. A. de Greef, Wilhelm T. S. Huck
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, Numer 7/12, 2018, Strona(/y) 2879-2887, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00300

DNA-based communication in populations of synthetic protocells

Autorzy: Alex Joesaar, Shuo Yang, Bas Bögels, Ardjan van der Linden, Pascal Pieters, B. V. V. S. Pavan Kumar, Neil Dalchau, Andrew Phillips, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Nature Nanotechnology, Numer 14/4, 2019, Strona(/y) 369-378, ISSN 1748-3387
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41565-019-0399-9

Pathway Control in Cooperative vs. Anti-Cooperative Supramolecular Polymers

Autorzy: Lorena Herkert, Jörn Droste, Kalathil K. Kartha, Peter A. Korevaar, Tom F. A. de Greef, Michael Ryan Hansen, Gustavo Fernández
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, 2019, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201905064

Counterion-Dependent Mechanisms of DNA Origami Nanostructure Stabilization Revealed by Atomistic Molecular Simulation

Autorzy: Job A. L. Roodhuizen, Philip J. T. M. Hendrikx, Peter A. J. Hilbers, Tom F. A. de Greef, Albert J. Markvoort
Opublikowane w: ACS Nano, 2019, ISSN 1936-0851
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.9b05650

Incorporation of native antibodies and Fc-fusion proteins on DNA nanostructures via a modular conjugation strategy

Autorzy: Bas J. H. M. Rosier, Glenn A. O. Cremers, Wouter Engelen, Maarten Merkx, Luc Brunsveld, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Chem. Commun., Numer 53/53, 2017, Strona(/y) 7393-7396, ISSN 1359-7345
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CC04178K

Small-Molecule-Induced and Cooperative Enzyme Assembly on a 14-3-3 Scaffold

Autorzy: Anniek den Hamer, Lenne J. M. Lemmens, Minke A. D. Nijenhuis, Christian Ottmann, Maarten Merkx, Tom F. A. de Greef, Luc Brunsveld
Opublikowane w: ChemBioChem, Numer 18/3, 2017, Strona(/y) 331-335, ISSN 1439-4227
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.201600631

Antibody-controlled actuation of DNA-based molecular circuits

Autorzy: Wouter Engelen, Lenny H. H. Meijer, Bram Somers, Tom F. A. de Greef, Maarten Merkx
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 8, 2017, Strona(/y) 14473, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms14473

Non-equilibrium supramolecular polymerization

Autorzy: Alessandro Sorrenti, Jorge Leira-Iglesias, Albert J. Markvoort, Tom F. A. de Greef, Thomas M. Hermans
Opublikowane w: Chem. Soc. Rev., 2017, ISSN 0306-0012
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7CS00121E

A plug-and-play platform of ratiometric bioluminescent sensors for homogeneous immunoassays

Autorzy: Yan Ni, Bas J. H. M. Rosier, Eva A. van Aalen, Eva T. L. Hanckmann, Lieuwe Biewenga, Anna-Maria Makri Pistikou, Bart Timmermans, Chris Vu, Sophie Roos, Remco Arts, Wentao Li, Tom F. A. de Greef, Marcel M. G. J. van Borren, Frank J. M. van Kuppeveld, Berend-Jan Bosch & Maarten Merkx
Opublikowane w: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24874-3

Efficient Small-Scale Conjugation of DNA to Primary Antibodies for Multiplexed Cellular Targeting

Autorzy: Glenn A. O. Cremers, Bas J. H. M. Rosier, Roger Riera Brillas, Lorenzo Albertazzi, and Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: Bioconjugate Chem., 2019, ISSN 1043-1802
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.9b00490

Cell-Free Characterization of Coherent Feed-Forward Loop-Based Synthetic Genetic Circuits

Autorzy: Pascal A. Pieters, Bryan L. Nathalia, Ardjan J. van der Linden, Peng Yin, Jongmin Kim, Wilhelm T. S. Huck, and Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, 2021, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1101/2021.01.11.426179

Light-Activated Signaling in DNA-Encoded Sender–Receiver Architectures

Autorzy: Shuo Yang, Pascal A. Pieters, Alex Joesaar, Bas W. A. Bögels, Rens Brouwers, Iuliia Myrgorodska, Stephen Mann, Tom F. A. de Greef
Opublikowane w: ACS Nano, Numer 14/11, 2020, Strona(/y) 15992-16002, ISSN 1936-0851
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.0c07537