An integrated approach to understanding the impact of de novo mutations on the mammalian genome

Informations projet

DENOVOMUT

N° de convention de subvention: 694212

DOI

10.3030/694212

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Mai 2016

Date de début 1 Janvier 2017

Date de fin 31 Juillet 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 499 331,00

Contribution de l’UE

€ 2 499 331,00

Coordonné par

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (16)

De Novo Mutation Rate Variation and Its Determinants in Chlamydomonas

Auteurs: Eugenio López-Cortegano; Rory J. Craig; Jobran Chebib; Toby Samuels; Andrew D. Morgan; Susanne A. Kraemer; Katharina B. Böndel; Rob W. Ness; Nick Colegrave; Peter D. Keightley
Publié dans: López-Cortegano , E , Craig , R J , Chebib , J , Samuels , T , Morgan , A D , Kraemer , S A , Böndel , K B , Ness , R W , Colegrave , N , Keightley , P D & Hendrickson , H (ed.) 2021 , ' De novo mutation rate variation and its determinants in Chlamydomonas ' , Molecular Biology and Evolution , vol. 38 , no. 9 , msab140 , pp. 3709–3723 . https://doi.org/10.1093/molbev/msab140, Numéro 1, 2021, ISSN 1537-1719
Éditeur: OUP SMBE
DOI: 10.1093/molbev/msab140

Fitness decline under osmotic stress in Caenorhabditis elegans populations subjected to spontaneous mutation accumulation at varying population sizes.

Auteurs: Katju, V., Packard, L. B. and Keightley, P. D.
Publié dans: Evolution, 2018, ISSN 1558-5646
Éditeur: Wiley

Inferring the distribution of fitness effects of spontaneous mutations in Chlamydomonas reinhardtii

Auteurs: Katharina B. Böndel, Susanne A. Kraemer, Toby Samuels, Deirdre McClean, Josianne Lachapelle, Rob W. Ness, Nick Colegrave, Peter D. Keightley
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 17/6, 2019, Page(s) e3000192, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000192

Variation in the Spectrum of New Mutations among Inbred Strains of Mice

Auteurs: Eugenio López-Cortegano, Jobran Chebib, Anika Jonas, Anastasia Vock, Sven Künzel, Diethard Tautz, Peter D Keightley
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 41, 2024, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae163

Comparative genomics of Chlamydomonas.

Auteurs: Craig, R. J., Hasan, A. R., Ness, R. W. and Keightley, P. D.
Publié dans: Plant Cell, 2021, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists

The distribution of fitness effects of spontaneous mutations in Chlamydomonas reinhardtii inferred using frequency changes under experimental evolution

Auteurs: Katharina B. Böndel; Toby Samuels; Rory J. Craig; Rob W. Ness; Nick Colegrave; Peter D. Keightley
Publié dans: PLoS Genetics, Numéro 3, 2022, ISSN 1553-7404
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009840

Rates and spectra of de novo structural mutations in<i>Chlamydomonas reinhardtii</i>

Auteurs: Eugenio López-Cortegano; Rory J. Craig; Jobran Chebib; Eniolaye J. Balogun; Peter D. Keightley
Publié dans: Genome Research, Numéro 2, 2021, ISSN 1549-5469
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276957.122

Inbred lab mice are not isogenic: genetic variation within inbred strains used to infer the mutation rate per nucleotide site

Auteurs: Jobran Chebib, Benjamin C. Jackson, Eugenio López-Cortegano, Diethard Tautz, Peter D. Keightley
Publié dans: Heredity, Numéro 126, 2022, Page(s) 107-116, ISSN 0018-067X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41437-020-00361-1

Inbred lab mice are not isogenic: genetic variation within inbred strains used to infer the mutation rate per nucleotide site.

Auteurs: Chebib, J., Jackson, B. C., López-Cortegano, E., Tautz, D. and Keightley, P. D.
Publié dans: Heredity, 2020, ISSN 1365-2540
Éditeur: Nature

Understanding the factors that shape patterns of nucleotide diversity in the house mouse genome

Auteurs: Tom R. Booker; Peter D. Keightley
Publié dans: Booker , T R & Keightley , P D 2018 , ' Understanding the factors that shape patterns of nucleotide diversity in the house mouse genome ' , Molecular Biology and Evolution . https://doi.org/10.1093/molbev/msy188, Numéro 1, 2018, ISSN 1537-1719
Éditeur: OuP
DOI: 10.1101/275610

Patterns of population structure and complex haplotype sharing among field isolates of the green alga Chlamydomonas reinhardtii

Auteurs: Rory J. Craig, Katharina B. Böndel, Kazuharu Arakawa, Takashi Nakada, Takuro Ito, Graham Bell, Nick Colegrave, Peter D. Keightley, Rob W. Ness
Publié dans: Molecular Ecology, Numéro 28/17, 2019, Page(s) 3977-3993, ISSN 0962-1083
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.15193

Inferring the Probability of the Derived versus the Ancestral Allelic State at a Polymorphic Site

Auteurs: Peter D. Keightley, Benjamin C. Jackson
Publié dans: Genetics, 2018, Page(s) genetics.301120.2018, ISSN 0016-6731
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1534/genetics.118.301120

The Recombination Landscape in Wild House Mice Inferred Using Population Genomic Data

Auteurs: Tom R. Booker, Rob W. Ness, Peter D. Keightley
Publié dans: Genetics, Numéro 207/1, 2017, Page(s) 297-309, ISSN 0016-6731
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1534/genetics.117.300063

Detecting positive selection in the genome

Auteurs: Tom R. Booker, Benjamin C. Jackson, Peter D. Keightley
Publié dans: BMC Biology, Numéro 15/1, 2017, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-017-0434-y

An estimate of fitness reduction from mutation accumulation in a mammal allows assessment of the consequences of relaxed selection

Auteurs: Jobran Chebib, Anika Jonas, Eugenio López-Cortegano, Sven Künzel, Diethard Tautz, Peter D. Keightley
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002795, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002795

The rate and spectrum of new mutations in mice inferred by long-read sequencing

Auteurs: Eugenio López-Cortegano, Jobran Chebib, Anika Jonas, Anastasia Vock, Sven Künzel, Peter D. Keightley, Diethard Tautz
Publié dans: Genome Research, Numéro 35, 2025, Page(s) 43-54, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.279982.124