An integrated approach to understanding the impact of de novo mutations on the mammalian genome

Projektinformationen

DENOVOMUT

ID Finanzhilfevereinbarung: 694212

DOI

10.3030/694212

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 Mai 2016

Startdatum 1 Januar 2017

Enddatum 31 Juli 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 499 331,00

EU-Beitrag

€ 2 499 331,00

Koordiniert durch

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

De Novo Mutation Rate Variation and Its Determinants in Chlamydomonas

Autoren: Eugenio López-Cortegano; Rory J. Craig; Jobran Chebib; Toby Samuels; Andrew D. Morgan; Susanne A. Kraemer; Katharina B. Böndel; Rob W. Ness; Nick Colegrave; Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: López-Cortegano , E , Craig , R J , Chebib , J , Samuels , T , Morgan , A D , Kraemer , S A , Böndel , K B , Ness , R W , Colegrave , N , Keightley , P D & Hendrickson , H (ed.) 2021 , ' De novo mutation rate variation and its determinants in Chlamydomonas ' , Molecular Biology and Evolution , vol. 38 , no. 9 , msab140 , pp. 3709–3723 . https://doi.org/10.1093/molbev/msab140, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1537-1719
Herausgeber: OUP SMBE
DOI: 10.1093/molbev/msab140

Fitness decline under osmotic stress in Caenorhabditis elegans populations subjected to spontaneous mutation accumulation at varying population sizes.

Autoren: Katju, V., Packard, L. B. and Keightley, P. D.
Veröffentlicht in: Evolution, 2018, ISSN 1558-5646
Herausgeber: Wiley

Inferring the distribution of fitness effects of spontaneous mutations in Chlamydomonas reinhardtii

Autoren: Katharina B. Böndel, Susanne A. Kraemer, Toby Samuels, Deirdre McClean, Josianne Lachapelle, Rob W. Ness, Nick Colegrave, Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 17/6, 2019, Seite(n) e3000192, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000192

Variation in the Spectrum of New Mutations among Inbred Strains of Mice

Autoren: Eugenio López-Cortegano, Jobran Chebib, Anika Jonas, Anastasia Vock, Sven Künzel, Diethard Tautz, Peter D Keightley
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 41, 2024, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae163

Comparative genomics of Chlamydomonas.

Autoren: Craig, R. J., Hasan, A. R., Ness, R. W. and Keightley, P. D.
Veröffentlicht in: Plant Cell, 2021, ISSN 1040-4651
Herausgeber: American Society of Plant Biologists

The distribution of fitness effects of spontaneous mutations in Chlamydomonas reinhardtii inferred using frequency changes under experimental evolution

Autoren: Katharina B. Böndel; Toby Samuels; Rory J. Craig; Rob W. Ness; Nick Colegrave; Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: PLoS Genetics, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009840

Rates and spectra of de novo structural mutations in<i>Chlamydomonas reinhardtii</i>

Autoren: Eugenio López-Cortegano; Rory J. Craig; Jobran Chebib; Eniolaye J. Balogun; Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 2, 2021, ISSN 1549-5469
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.276957.122

Inbred lab mice are not isogenic: genetic variation within inbred strains used to infer the mutation rate per nucleotide site

Autoren: Jobran Chebib, Benjamin C. Jackson, Eugenio López-Cortegano, Diethard Tautz, Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: Heredity, Ausgabe 126, 2022, Seite(n) 107-116, ISSN 0018-067X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41437-020-00361-1

Inbred lab mice are not isogenic: genetic variation within inbred strains used to infer the mutation rate per nucleotide site.

Autoren: Chebib, J., Jackson, B. C., López-Cortegano, E., Tautz, D. and Keightley, P. D.
Veröffentlicht in: Heredity, 2020, ISSN 1365-2540
Herausgeber: Nature

Understanding the factors that shape patterns of nucleotide diversity in the house mouse genome

Autoren: Tom R. Booker; Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: Booker , T R & Keightley , P D 2018 , ' Understanding the factors that shape patterns of nucleotide diversity in the house mouse genome ' , Molecular Biology and Evolution . https://doi.org/10.1093/molbev/msy188, Ausgabe 1, 2018, ISSN 1537-1719
Herausgeber: OuP
DOI: 10.1101/275610

Patterns of population structure and complex haplotype sharing among field isolates of the green alga Chlamydomonas reinhardtii

Autoren: Rory J. Craig, Katharina B. Böndel, Kazuharu Arakawa, Takashi Nakada, Takuro Ito, Graham Bell, Nick Colegrave, Peter D. Keightley, Rob W. Ness
Veröffentlicht in: Molecular Ecology, Ausgabe 28/17, 2019, Seite(n) 3977-3993, ISSN 0962-1083
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.15193

Inferring the Probability of the Derived versus the Ancestral Allelic State at a Polymorphic Site

Autoren: Peter D. Keightley, Benjamin C. Jackson
Veröffentlicht in: Genetics, 2018, Seite(n) genetics.301120.2018, ISSN 0016-6731
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1534/genetics.118.301120

The Recombination Landscape in Wild House Mice Inferred Using Population Genomic Data

Autoren: Tom R. Booker, Rob W. Ness, Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: Genetics, Ausgabe 207/1, 2017, Seite(n) 297-309, ISSN 0016-6731
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1534/genetics.117.300063

Detecting positive selection in the genome

Autoren: Tom R. Booker, Benjamin C. Jackson, Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 15/1, 2017, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-017-0434-y

An estimate of fitness reduction from mutation accumulation in a mammal allows assessment of the consequences of relaxed selection

Autoren: Jobran Chebib, Anika Jonas, Eugenio López-Cortegano, Sven Künzel, Diethard Tautz, Peter D. Keightley
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) e3002795, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002795

The rate and spectrum of new mutations in mice inferred by long-read sequencing

Autoren: Eugenio López-Cortegano, Jobran Chebib, Anika Jonas, Anastasia Vock, Sven Künzel, Peter D. Keightley, Diethard Tautz
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 35, 2025, Seite(n) 43-54, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.279982.124