Amorphous and Evolutionary DNA Nanotechnology

Projektinformationen

AEDNA

ID Finanzhilfevereinbarung: 694410

DOI 10.3030/694410

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Mai 2016

Startdatum 1 Juni 2016

Enddatum 31 Mai 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 2 157 697,50

EU-Beitrag € 2 157 697,50

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (30)

Establishing Communication Between Artificial Cells

Autoren: Lukas Aufinger, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Chemistry – A European Journal, Ausgabe 25/55, 2019, Seite(n) 12659-12670, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.201901726

Bacterial Growth, Communication, and Guided Chemotaxis in 3D-Bioprinted Hydrogel Environments

Autoren: Julia Müller, Anna C. Jäkel, Jonathan Richter, Markus Eder, Elisabeth Falgenhauer, and Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: ACS Applied Materials and Interfaces, 2022, ISSN 1944-8244
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsami.1c20836

Riboswitch-inspired toehold riboregulators for gene regulation in <i>Escherichia coli</i>

Autoren: Tianhe Wang; Friedrich C Simmel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 03051048, 2022, Seite(n) 4784–4798, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac275

Genetically Encoded Membranes for Bottom‐Up Biology

Autoren: Kilian Vogele, Tobias Pirzer, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: ChemSystemsChem, Ausgabe 1/4, 2019, ISSN 2570-4206
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/syst.201900016

Single Cell Characterization of a Synthetic Bacterial Clock with a Hybrid Feedback Loop Containing dCas9-sgRNA

Autoren: John Henningsen, Matthaeus Schwarz-Schilling, Andreas Leibl, Joaquı́n Gutiérrez, Sandra Sagredo, and Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: ACS Synthetic BIology, 2020, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00438

Programming Diffusion and Localization of DNA Signals in 3D‐Printed DNA‐Functionalized Hydrogels

Autoren: Julia Müller, Anna Christina Jäkel, Dominic Schwarz, Lukas Aufinger, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Small, Ausgabe 16/31, 2020, Seite(n) 2001815, ISSN 1613-6810
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.202001815

Single DNA Origami Detection by Nanoimpact Electrochemistry

Autoren: Evangelina Pensa, Yash Bogawat, Friedrich C. Simmel, Ibon Santiago
Veröffentlicht in: ChemElectroChem, 2022, ISSN 2196-0216
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/celc.202101696

A low-cost fluorescence reader for in vitro transcription and nucleic acid detection with Cas13a

Autoren: Florian Katzmeier, Lukas Aufinger, Aurore Dupin, Jorge Quintero, Matthias Lenz, Ludwig Bauer, Sven Klumpe, Dawafuti Sherpa, Benedikt Dürr, Maximilian Honemann, Igor Styazhkin, Friedrich C. Simmel, Michael Heymann
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 14/12, 2019, Seite(n) e0220091, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0220091

Emergence of Colloidal Patterns in ac Electric Fields

Autoren: Florian Katzmeier, Bernhard Altaner, Jonathan List, Ulrich Gerland, and Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Physical Review Letters, 2022, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.128.058002

Barcoded DNA origami structures for multiplexed optimization and enrichment of DNA-based protein-binding cavities

Autoren: Ali Aghebat Rafat, Sandra Sagredo, Melissa Thalhammer, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Nature Chemistry, Ausgabe 12/9, 2020, Seite(n) 852-859, ISSN 1755-4330
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-020-0504-6

Synthetic cell–based materials extract positional information from morphogen gradients

Autoren: Aurore Dupin, Lukas Aufinger, Igor Styazhkin, Florian Rothfischer, Benedikt K. Kaufmann, Sascha Schwarz, Nikolas Galensowske, Hauke Clausen-Schaumann, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abl9228

Steady-State Operationof a Cell-Free Genetic Band-Detection Circuit

Autoren: Anna Jäkel, Lukas Aufinger, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 21615063, 2022, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00195

Growth of Giant Peptide Vesicles Driven by Compartmentalized Transcription–Translation Activity

Autoren: Thomas Frank, Kilian Vogele, Aurore Dupin, Friedrich C. Simmel, Tobias Pirzer
Veröffentlicht in: Chemistry – A European Journal, Ausgabe 26/72, 2020, Seite(n) 17356-17360, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202003366

Transcriptional Interference in Toehold Switch-Based RNA Circuits

Autoren: Elisabeth Falgenhauer, Andrea Mückl, Matthaeus Schwarz-Schilling, and Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2022, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00486

Self-organizing materials built with DNA

Autoren: Friedrich C. Simmel, Rebecca Schulman
Veröffentlicht in: MRS Bulletin, Ausgabe 42/12, 2017, Seite(n) 913-919, ISSN 0883-7694
Herausgeber: Materials Research Society
DOI: 10.1557/mrs.2017.271

A DNA Nanorobot Uprises against Cancer

Autoren: Hari R. Singh, Enzo Kopperger, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Trends in Molecular Medicine, Ausgabe 24/7, 2018, Seite(n) 591-593, ISSN 1471-4914
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molmed.2018.05.001

Artificial Gel-Based Organelles for Spatial Organization of Cell-Free Gene Expression Reactions

Autoren: Lukas Aufinger, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 57/52, 2018, Seite(n) 17245-17248, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201809374

Towards synthetic cells using peptide-based reaction compartments

Autoren: Kilian Vogele, Thomas Frank, Lukas Gasser, Marisa A. Goetzfried, Mathias W. Hackl, Stephan A. Sieber, Friedrich C. Simmel, Tobias Pirzer
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-06379-8

Functional Surface-immobilization of Genes Using Multistep Strand Displacement Lithography

Autoren: Günther Pardatscher, Matthaeus Schwarz-Schilling, Sandra Sagredo, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 140, 2018, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/58634

Signalling and differentiation in emulsion-based multi-compartmentalized in vitro gene circuits

Autoren: Aurore Dupin, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Nature Chemistry, Ausgabe 11/1, 2019, Seite(n) 32-39, ISSN 1755-4330
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-018-0174-9

Out-of-Plane Aptamer Functionalization of RNA Three-Helix Tiles

Autoren: Aradhana Chopra, Sandra Sagredo, Guido Grossi, Ebbe Andersen, Friedrich Simmel
Veröffentlicht in: Nanomaterials, Ausgabe 9/4, 2019, Seite(n) 507, ISSN 2079-4991
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/nano9040507

Switching the activity of Cas12a using guide RNA strand displacement circuits

Autoren: Lukas Oesinghaus, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09953-w

Principles and Applications of Nucleic Acid Strand Displacement Reactions

Autoren: Friedrich C. Simmel, Bernard Yurke, Hari R. Singh
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, Ausgabe 119, 2019, Seite(n) 6326-6369, ISSN 0009-2665
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00580

Controlling Chirality across Length Scales using DNA

Autoren: Alessandro Cecconello, Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Small, Ausgabe 15, 2019, Seite(n) 1805419, ISSN 1613-6810
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.201805419

Algorithmic Design of 3D Wireframe RNA Polyhedra

Autoren: Antti Elonen, Ashwin Karthick Natarajan, Ibuki Kawamata, Lukas Oesinghaus, Abdulmelik Mohammed, Jani Seitsonen, Yuki Suzuki, Friedrich C. Simmel, Anton Kuzyk, and Pekka Orponen
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 19360851, 2022, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06035

Complex dynamics in a synchronized cell-free genetic clock

Autoren: Lukas Aufinger, Johann Brenner, Friedrich C. SImmel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30478-2

Rational design of hybrid DNA–RNA triplex structures as modulators of transcriptional activity <i>in vitro</i>

Autoren: Alessandro Cecconello; Massimiliano Magro; Fabio Vianello; Friedrich C Simmel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 50, 2023, Seite(n) 13172–13182, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1131

Controlling gene expression in mammalian cells using multiplexed conditional guide RNAs for Cas12a

Autoren: Lukas Oesinghaus; Friedrich C. Simmel
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie Int. Ed., Ausgabe 60, 2021, Seite(n) 23894-23902, ISSN 0044-8249
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1101/2021.04.16.440136

Small Antisense DNA-Based Gene Silencing Enables Cell-Free Bacteriophage Manipulation and Genome Replication

Autoren: Kilian Vogele, Elisabeth Falgenhauer, Sophie von Schönberg, Friedrich C. Simmel, Tobias Pirzer
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 10/3, 2021, Seite(n) 459-465, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00402

Evaluation of an E. coli cell extract prepared by lysozyme‐assisted sonication via gene expression, phage assembly and proteomics

Autoren: Elisabeth Falgenhauer, Sophie von Schönberg, Chen Meng, Andrea Mückl, Kilian Vogele, Quirin Emslander, Christina Ludwig, Friedrich Christian Simmel
Veröffentlicht in: ChemBioChem, 2021, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100257