Pan-cancer functional evaluation of non-coding DNA mutations

Información del proyecto

PCFENCM

Identificador del acuerdo de subvención: 703543

DOI

10.3030/703543

Proyecto finalizado el 31 Mayo 2019

Fecha de la firma de la CE 31 Marzo 2016

Fecha de inicio 1 Enero 2017

Fecha de finalización 31 Diciembre 2019

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coste total

€ 251 857,80

Aportación de la UE

€ 251 857,80

Coordinado por

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Publicaciones

Peer reviewed articles (4)

Elucidating Compound Mechanism of Action and Predicting Cytotoxicity Using Machine Learning Approaches, Taking Prediction Confidence into Account

Autores: Georgios Drakakis, Isidro Cortés‐Ciriano, Ben Alexander‐Dann, Andreas Bender
Publicado en: Current Protocols in Chemical Biology, Edición 11/3, 2019, ISSN 2160-4762
Editor: John Wiley and Sons Ltd
DOI: 10.1002/cpch.73

Accurate detection of mosaic variants in sequencing data without matched controls

Autores: Yanmei Dou, Minseok Kwon, Rachel E. Rodin, Isidro Cortés-Ciriano, Ryan Doan, Lovelace J. Luquette, Alon Galor, Craig Bohrson, Christopher A. Walsh, Peter J. Park
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 38/3, 2020, Página(s) 314-319, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-019-0368-8

Reliable Prediction Errors for Deep Neural Networks Using Test-Time Dropout

Autores: Isidro Cortés-Ciriano, Andreas Bender
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 59/7, 2019, Página(s) 3330-3339, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00297

Deep Confidence: A Computationally Efficient Framework for Calculating Reliable Prediction Errors for Deep Neural Networks

Autores: Isidro Cortés-Ciriano, Andreas Bender
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 59/3, 2018, Página(s) 1269-1281, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00542

Other (2)

KekuleScope: improved prediction of cancer cell line sensitivity using convolutional neural networks trained on compound images

Autores: Isidro Cortes Ciriano and Andreas Bender
Publicado en: 2018
Editor: bioArxiv

Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing

Autores: Isidro Cortes-Ciriano, June-Koo Lee, Ruibin Xi, Dhawal Jain, Youngsook L Jung, Lixing Yang, Dmitry Gordenin, Leszek J Klimczak, Cheng-Zhong Zhang, David S Pellman, Peter J Park, PCAWG Structural Variation Working Group, ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Network
Publicado en: 2018
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/333617

Book chapters (1)

Chapter 5. Concepts and Applications of Conformal Prediction in Computational Drug Discovery

Autores: Isidro Cortés-Ciriano, Andreas Bender
Publicado en: Artificial Intelligence in Drug Discovery, 2020, Página(s) 63-101, ISBN 978-1-78801-547-9
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/9781788016841-00063