Cracking the epitranscriptome

Información del proyecto

CrackEpitranscriptom

Identificador del acuerdo de subvención: 714023

DOI

10.3030/714023

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 25 Octubre 2016

Fecha de inicio 1 Noviembre 2016

Fecha de finalización 30 Abril 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 402 666,00

Aportación de la UE

€ 1 402 666,00

Coordinado por

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publicaciones

Peer reviewed articles (10)

Quantitative nucleotide resolution profiling of RNA cytidine acetylation by ac4C-seq

Autores: Supuni Thalalla Gamage, Aldema Sas-Chen, Schraga Schwartz, Jordan L. Meier
Publicado en: Nature Protocols, Edición 16/4, 2021, Página(s) 2286-2307, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-021-00501-9

Multiplexed profiling facilitates robust m6A quantification at site, gene and sample resolution.

Autores: David Dierks, Miguel Angel Garcia-Campos, Anna Uzonyi, Modi Safra, Sarit Edelheit, Alice Rossi, Theodora Sideri, Radhika A. Varier, Alexander Brandis, Yonatan Stelzer, Folkert van Werven, Ruth Scherz-Shouval & Schraga Schwartz
Publicado en: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7105
Editor: Nature Methods
DOI: 10.1038/s41592-021-01242-z

The m1A landscape on cytosolic and mitochondrial mRNA at single-base resolution

Autores: Modi Safra, Aldema Sas-Chen, Ronit Nir, Roni Winkler, Aharon Nachshon, Dan Bar-Yaacov, Matthias Erlacher, Walter Rossmanith, Noam Stern-Ginossar, Schraga Schwartz
Publicado en: Nature, 2017, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature24456

TRUB1 is the predominant pseudouridine synthase acting on mammalian mRNA via a predictable and conserved code

Autores: Modi Safra, Ronit Nir, Daneyal Farouq, Ilya Vainberg Slutskin, Schraga Schwartz
Publicado en: Genome Research, Edición 27/3, 2017, Página(s) 393-406, ISSN 1088-9051
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.207613.116

Variants in PUS7 Cause Intellectual Disability with Speech Delay, Microcephaly, Short Stature, and Aggressive Behavior

Autores: Arjan P.M. de Brouwer, Rami Abou Jamra, Nadine Körtel, Clara Soyris, Daniel L. Polla, Modi Safra, Avia Zisso, Christopher A. Powell, Pedro Rebelo-Guiomar, Nadja Dinges, Violeta Morin, Michael Stock, Mureed Hussain, Mohsin Shahzad, Saima Riazuddin, Zubair M. Ahmed, Rolph Pfundt, Franziska Schwarz, Lonneke de Boer, André Reis, Detilina Grozeva, F. Lucy Raymond, Sheikh Riazuddin, David A. Koolen, M
Publicado en: The American Journal of Human Genetics, Edición 103/6, 2018, Página(s) 1045-1052, ISSN 0002-9297
Editor: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.10.026

m6A modification controls the innate immune response to infection by targeting type I interferons

Autores: Roni Winkler, Ella Gillis, Lior Lasman, Modi Safra, Shay Geula, Clara Soyris, Aharon Nachshon, Julie Tai-Schmiedel, Nehemya Friedman, Vu Thuy Khanh Le-Trilling, Mirko Trilling, Michal Mandelboim, Jacob H. Hanna, Schraga Schwartz, Noam Stern-Ginossar
Publicado en: Nature Immunology, Edición 20/2, 2019, Página(s) 173-182, ISSN 1529-2908
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41590-018-0275-z

Context-dependent functional compensation between Ythdf m6A reader proteins

Autores: Lior Lasman, Vladislav Krupalnik, Shay Geula, Mirie Zerbib, Sergey Viukov, Nofar Mor, Alejandro Aguilera Castrejon, Orel Mizrahi, Sathe Shashank, Aharon Nachshon, Dan Schneir, Stefan Aigner, Archana Shankar, Jasmine Mueller, Noam Stern-Ginossar, Gene W Yeo, Noa Novershtern, Jacob H Hanna
Publicado en: Genes and Development, Edición Vol.34 (19-20), 2020, Página(s) 1373-1391, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/2020.06.03.131441

Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping

Autores: Aldema Sas-Chen, Justin M. Thomas, Donna Matzov, Masato Taoka, Kellie D. Nance, Ronit Nir, Keri M. Bryson, Ran Shachar, Geraldy L. S. Liman, Brett W. Burkhart, Supuni Thalalla Gamage, Yuko Nobe, Chloe A. Briney, Michaella J. Levy, Ryan T. Fuchs, G. Brett Robb, Jesse Hartmann, Sunny Sharma, Qishan Lin, Laurence Florens, Michael P. Washburn, Toshiaki Isobe, Thomas J. Santangelo, Moran Shalev-Benami,
Publicado en: Nature, Edición 583/7817, 2020, Página(s) 638-643, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2418-2

Deciphering the “m6A Code” via Antibody-Independent Quantitative Profiling

Autores: Miguel Angel Garcia-Campos, Sarit Edelheit, Ursula Toth, Modi Safra, Ran Shachar, Sergey Viukov, Roni Winkler, Ronit Nir, Lior Lasman, Alexander Brandis, Jacob H. Hanna, Walter Rossmanith, Schraga Schwartz
Publicado en: Cell, Edición 178/3, 2019, Página(s) 731-747.e16, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.06.013

m 1 A within cytoplasmic mRNAs at single nucleotide resolution: a reconciled transcriptome-wide map

Autores: Schraga Schwartz
Publicado en: RNA, Edición 24/11, 2018, Página(s) 1427-1436, ISSN 1355-8382
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.067348.118