Cracking the epitranscriptome

Projektinformationen

CrackEpitranscriptom

ID Finanzhilfevereinbarung: 714023

DOI

10.3030/714023

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Oktober 2016

Startdatum 1 November 2016

Enddatum 30 April 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 402 666,00

EU-Beitrag

€ 1 402 666,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

Quantitative nucleotide resolution profiling of RNA cytidine acetylation by ac4C-seq

Autoren: Supuni Thalalla Gamage, Aldema Sas-Chen, Schraga Schwartz, Jordan L. Meier
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 16/4, 2021, Seite(n) 2286-2307, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-021-00501-9

Multiplexed profiling facilitates robust m6A quantification at site, gene and sample resolution.

Autoren: David Dierks, Miguel Angel Garcia-Campos, Anna Uzonyi, Modi Safra, Sarit Edelheit, Alice Rossi, Theodora Sideri, Radhika A. Varier, Alexander Brandis, Yonatan Stelzer, Folkert van Werven, Ruth Scherz-Shouval & Schraga Schwartz
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Nature Methods
DOI: 10.1038/s41592-021-01242-z

The m1A landscape on cytosolic and mitochondrial mRNA at single-base resolution

Autoren: Modi Safra, Aldema Sas-Chen, Ronit Nir, Roni Winkler, Aharon Nachshon, Dan Bar-Yaacov, Matthias Erlacher, Walter Rossmanith, Noam Stern-Ginossar, Schraga Schwartz
Veröffentlicht in: Nature, 2017, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature24456

TRUB1 is the predominant pseudouridine synthase acting on mammalian mRNA via a predictable and conserved code

Autoren: Modi Safra, Ronit Nir, Daneyal Farouq, Ilya Vainberg Slutskin, Schraga Schwartz
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 27/3, 2017, Seite(n) 393-406, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.207613.116

Variants in PUS7 Cause Intellectual Disability with Speech Delay, Microcephaly, Short Stature, and Aggressive Behavior

Autoren: Arjan P.M. de Brouwer, Rami Abou Jamra, Nadine Körtel, Clara Soyris, Daniel L. Polla, Modi Safra, Avia Zisso, Christopher A. Powell, Pedro Rebelo-Guiomar, Nadja Dinges, Violeta Morin, Michael Stock, Mureed Hussain, Mohsin Shahzad, Saima Riazuddin, Zubair M. Ahmed, Rolph Pfundt, Franziska Schwarz, Lonneke de Boer, André Reis, Detilina Grozeva, F. Lucy Raymond, Sheikh Riazuddin, David A. Koolen, M
Veröffentlicht in: The American Journal of Human Genetics, Ausgabe 103/6, 2018, Seite(n) 1045-1052, ISSN 0002-9297
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.10.026

m6A modification controls the innate immune response to infection by targeting type I interferons

Autoren: Roni Winkler, Ella Gillis, Lior Lasman, Modi Safra, Shay Geula, Clara Soyris, Aharon Nachshon, Julie Tai-Schmiedel, Nehemya Friedman, Vu Thuy Khanh Le-Trilling, Mirko Trilling, Michal Mandelboim, Jacob H. Hanna, Schraga Schwartz, Noam Stern-Ginossar
Veröffentlicht in: Nature Immunology, Ausgabe 20/2, 2019, Seite(n) 173-182, ISSN 1529-2908
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41590-018-0275-z

Context-dependent functional compensation between Ythdf m6A reader proteins

Autoren: Lior Lasman, Vladislav Krupalnik, Shay Geula, Mirie Zerbib, Sergey Viukov, Nofar Mor, Alejandro Aguilera Castrejon, Orel Mizrahi, Sathe Shashank, Aharon Nachshon, Dan Schneir, Stefan Aigner, Archana Shankar, Jasmine Mueller, Noam Stern-Ginossar, Gene W Yeo, Noa Novershtern, Jacob H Hanna
Veröffentlicht in: Genes and Development, Ausgabe Vol.34 (19-20), 2020, Seite(n) 1373-1391, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/2020.06.03.131441

Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping

Autoren: Aldema Sas-Chen, Justin M. Thomas, Donna Matzov, Masato Taoka, Kellie D. Nance, Ronit Nir, Keri M. Bryson, Ran Shachar, Geraldy L. S. Liman, Brett W. Burkhart, Supuni Thalalla Gamage, Yuko Nobe, Chloe A. Briney, Michaella J. Levy, Ryan T. Fuchs, G. Brett Robb, Jesse Hartmann, Sunny Sharma, Qishan Lin, Laurence Florens, Michael P. Washburn, Toshiaki Isobe, Thomas J. Santangelo, Moran Shalev-Benami,
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 583/7817, 2020, Seite(n) 638-643, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2418-2

Deciphering the “m6A Code” via Antibody-Independent Quantitative Profiling

Autoren: Miguel Angel Garcia-Campos, Sarit Edelheit, Ursula Toth, Modi Safra, Ran Shachar, Sergey Viukov, Roni Winkler, Ronit Nir, Lior Lasman, Alexander Brandis, Jacob H. Hanna, Walter Rossmanith, Schraga Schwartz
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 178/3, 2019, Seite(n) 731-747.e16, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.06.013

m 1 A within cytoplasmic mRNAs at single nucleotide resolution: a reconciled transcriptome-wide map

Autoren: Schraga Schwartz
Veröffentlicht in: RNA, Ausgabe 24/11, 2018, Seite(n) 1427-1436, ISSN 1355-8382
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.067348.118