Cracking the epitranscriptome

Informazioni relative al progetto

CrackEpitranscriptom

ID dell’accordo di sovvenzione: 714023

DOI

10.3030/714023

Progetto chiuso

Data della firma CE 25 Ottobre 2016

Data di avvio 1 Novembre 2016

Data di completamento 30 Aprile 2022

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 402 666,00

Contributo UE

€ 1 402 666,00

Coordinato da

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

Quantitative nucleotide resolution profiling of RNA cytidine acetylation by ac4C-seq

Autori: Supuni Thalalla Gamage, Aldema Sas-Chen, Schraga Schwartz, Jordan L. Meier
Pubblicato in: Nature Protocols, Numero 16/4, 2021, Pagina/e 2286-2307, ISSN 1754-2189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-021-00501-9

Multiplexed profiling facilitates robust m6A quantification at site, gene and sample resolution.

Autori: David Dierks, Miguel Angel Garcia-Campos, Anna Uzonyi, Modi Safra, Sarit Edelheit, Alice Rossi, Theodora Sideri, Radhika A. Varier, Alexander Brandis, Yonatan Stelzer, Folkert van Werven, Ruth Scherz-Shouval & Schraga Schwartz
Pubblicato in: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7105
Editore: Nature Methods
DOI: 10.1038/s41592-021-01242-z

The m1A landscape on cytosolic and mitochondrial mRNA at single-base resolution

Autori: Modi Safra, Aldema Sas-Chen, Ronit Nir, Roni Winkler, Aharon Nachshon, Dan Bar-Yaacov, Matthias Erlacher, Walter Rossmanith, Noam Stern-Ginossar, Schraga Schwartz
Pubblicato in: Nature, 2017, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature24456

TRUB1 is the predominant pseudouridine synthase acting on mammalian mRNA via a predictable and conserved code

Autori: Modi Safra, Ronit Nir, Daneyal Farouq, Ilya Vainberg Slutskin, Schraga Schwartz
Pubblicato in: Genome Research, Numero 27/3, 2017, Pagina/e 393-406, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.207613.116

Variants in PUS7 Cause Intellectual Disability with Speech Delay, Microcephaly, Short Stature, and Aggressive Behavior

Autori: Arjan P.M. de Brouwer, Rami Abou Jamra, Nadine Körtel, Clara Soyris, Daniel L. Polla, Modi Safra, Avia Zisso, Christopher A. Powell, Pedro Rebelo-Guiomar, Nadja Dinges, Violeta Morin, Michael Stock, Mureed Hussain, Mohsin Shahzad, Saima Riazuddin, Zubair M. Ahmed, Rolph Pfundt, Franziska Schwarz, Lonneke de Boer, André Reis, Detilina Grozeva, F. Lucy Raymond, Sheikh Riazuddin, David A. Koolen, M
Pubblicato in: The American Journal of Human Genetics, Numero 103/6, 2018, Pagina/e 1045-1052, ISSN 0002-9297
Editore: University of Chicago Press
DOI: 10.1016/j.ajhg.2018.10.026

m6A modification controls the innate immune response to infection by targeting type I interferons

Autori: Roni Winkler, Ella Gillis, Lior Lasman, Modi Safra, Shay Geula, Clara Soyris, Aharon Nachshon, Julie Tai-Schmiedel, Nehemya Friedman, Vu Thuy Khanh Le-Trilling, Mirko Trilling, Michal Mandelboim, Jacob H. Hanna, Schraga Schwartz, Noam Stern-Ginossar
Pubblicato in: Nature Immunology, Numero 20/2, 2019, Pagina/e 173-182, ISSN 1529-2908
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41590-018-0275-z

Context-dependent functional compensation between Ythdf m6A reader proteins

Autori: Lior Lasman, Vladislav Krupalnik, Shay Geula, Mirie Zerbib, Sergey Viukov, Nofar Mor, Alejandro Aguilera Castrejon, Orel Mizrahi, Sathe Shashank, Aharon Nachshon, Dan Schneir, Stefan Aigner, Archana Shankar, Jasmine Mueller, Noam Stern-Ginossar, Gene W Yeo, Noa Novershtern, Jacob H Hanna
Pubblicato in: Genes and Development, Numero Vol.34 (19-20), 2020, Pagina/e 1373-1391, ISSN 0890-9369
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/2020.06.03.131441

Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping

Autori: Aldema Sas-Chen, Justin M. Thomas, Donna Matzov, Masato Taoka, Kellie D. Nance, Ronit Nir, Keri M. Bryson, Ran Shachar, Geraldy L. S. Liman, Brett W. Burkhart, Supuni Thalalla Gamage, Yuko Nobe, Chloe A. Briney, Michaella J. Levy, Ryan T. Fuchs, G. Brett Robb, Jesse Hartmann, Sunny Sharma, Qishan Lin, Laurence Florens, Michael P. Washburn, Toshiaki Isobe, Thomas J. Santangelo, Moran Shalev-Benami,
Pubblicato in: Nature, Numero 583/7817, 2020, Pagina/e 638-643, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2418-2

Deciphering the “m6A Code” via Antibody-Independent Quantitative Profiling

Autori: Miguel Angel Garcia-Campos, Sarit Edelheit, Ursula Toth, Modi Safra, Ran Shachar, Sergey Viukov, Roni Winkler, Ronit Nir, Lior Lasman, Alexander Brandis, Jacob H. Hanna, Walter Rossmanith, Schraga Schwartz
Pubblicato in: Cell, Numero 178/3, 2019, Pagina/e 731-747.e16, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.06.013

m 1 A within cytoplasmic mRNAs at single nucleotide resolution: a reconciled transcriptome-wide map

Autori: Schraga Schwartz
Pubblicato in: RNA, Numero 24/11, 2018, Pagina/e 1427-1436, ISSN 1355-8382
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1261/rna.067348.118