Single-Molecule And Structural Studies Of ATP-Dependent Chromatin Remodelling

Información del proyecto

ChromatinRemodelling

Identificador del acuerdo de subvención: 714068

DOI

10.3030/714068

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 19 Octubre 2016

Fecha de inicio 1 Marzo 2017

Fecha de finalización 31 Agosto 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 498 954,00

Aportación de la UE

€ 1 498 954,00

Coordinado por

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

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Publicaciones

Peer reviewed articles (12)

Structure and dynamics of the chromatin remodeler ALC1 bound to a PARylated nucleosome

Autores: Luka Bacic; Guillaume Gaullier; Anton Sabantsev; Laura C. Lehmann; Klaus Brackmann; Despoina Dimakou; Mario Halic; Graeme Hewitt; Simon J. Boulton; Sebastian Deindl
Publicado en: eLife, Edición 2, 2021, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71420

Spatiotemporally controlled generation of NTPs for single-molecule studies

Autores: Anton Sabantsev, Guanzhong Mao, Javier Aguirre Rivera, Mikhail Panfilov, Anatolii Arseniev, Oanh Ho, Mikhail Khodorkovskiy & Sebastian Deindl
Publicado en: Nature Chemical Biology, Edición 15524469, 2022, ISSN 1552-4469
Editor: Nature
DOI: 10.1038/s41589-022-01100-9

Defective ALC1 nucleosome remodeling confers PARPi sensitization and synthetic lethality with HRD

Autores: Graeme Hewitt, Valerie Borel, Sandra Segura-Bayona, Tohru Takaki, Phil Ruis, Roberto Bellelli, Laura C. Lehmann, Lucia Sommerova, Aleksandra Vancevska, Antonia Tomas-Loba, Kang Zhu, Christopher Cooper, Kasper Fugger, Harshil Patel, Robert Goldstone, Deborah Schneider-Luftman, Ellie Herbert, Gordon Stamp, Rachel Brough, Stephen Pettitt, Christopher J. Lord, Stephen C. West, Ivan Ahel, Dragana Ahel,
Publicado en: Molecular Cell, Edición 81/4, 2021, Página(s) 767-783.e11, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.12.006

Mechanistic Insights into Regulation of the ALC1 Remodeler by the Nucleosome Acidic Patch

Autores: Laura C. Lehmann, Luka Bacic, Graeme Hewitt, Klaus Brackmann, Anton Sabantsev, Guillaume Gaullier, Sofia Pytharopoulou, Gianluca Degliesposti, Hanneke Okkenhaug, Song Tan, Alessandro Costa, J. Mark Skehel, Simon J. Boulton, Sebastian Deindl
Publicado en: Cell Reports, Edición 33/12, 2020, Página(s) 108529, ISSN 2211-1247
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108529

Structure-guided approach to site-specific fluorophore labeling of the lac repressor LacI

Autores: Kalle Kipper, Nadja Eremina, Emil Marklund, Sumera Tubasum, Guanzhong Mao, Laura Christina Lehmann, Johan Elf, Sebastian Deindl
Publicado en: PLOS ONE, Edición 13/6, 2018, Página(s) e0198416, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0198416

New enzymatic and mass spectrometric methodology for the selective investigation of gut microbiota-derived metabolites

Autores: Caroline Ballet, Mário S. P. Correia, Louis P. Conway, Theresa L. Locher, Laura C. Lehmann, Neeraj Garg, Miroslav Vujasinovic, Sebastian Deindl, J.-Matthias Löhr, Daniel Globisch
Publicado en: Chemical Science, Edición 9/29, 2018, Página(s) 6233-6239, ISSN 2041-6520
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8sc01502c

Mechanistic Insights into Autoinhibition of the Oncogenic Chromatin Remodeler ALC1

Autores: Laura C. Lehmann, Graeme Hewitt, Shintaro Aibara, Alexander Leitner, Emil Marklund, Sarah L. Maslen, Varun Maturi, Yang Chen, David van der Spoel, J. Mark Skehel, Aristidis Moustakas, Simon J. Boulton, Sebastian Deindl
Publicado en: Molecular Cell, Edición 68/5, 2017, Página(s) 847-859.e7, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2017.10.017

Direct observation of coordinated DNA movements on the nucleosome during chromatin remodelling

Autores: Anton Sabantsev, Robert F. Levendosky, Xiaowei Zhuang, Gregory D. Bowman, Sebastian Deindl
Publicado en: Nature Communications, Edición 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09657-1

The ribosomal protein S1-dependent standby site in tisB mRNA consists of a single-stranded region and a 5′ structure element

Autores: Cédric Romilly, Sebastian Deindl, E. Gerhart H. Wagner
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 116/32, 2019, Página(s) 15901-15906, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1904309116

Sequence specificity in DNA binding is mainly governed by association

Autores: E. Marklund, G. Mao, J. Yan, S. Zikrin, E. Abdurakhmanov, S. Deindl, J. Elf
Publicado en: Science, Edición Vol 375, Edición 6579, 2022, Página(s) 442-445, ISSN 1095-9203
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abg7427

DNA surface exploration and operator bypassing during target search

Autores: Emil Marklund, Brad van Oosten, Guanzhong Mao, Elias Amselem, Kalle Kipper, Anton Sabantsev, Andrew Emmerich, Daniel Globisch, Xuan Zheng, Laura C. Lehmann, Otto G. Berg, Magnus Johansson, Johan Elf, Sebastian Deindl
Publicado en: Nature, Edición 583/7818, 2020, Página(s) 858-861, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2413-7

Recent advances in single-molecule fluorescence microscopy render structural biology dynamic

Autores: Luka Bacic, Anton Sabantsev, Sebastian Deindl
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición 65, 2020, Página(s) 61-68, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.05.006

Non-peer reviewed articles (1)

Remodeling the genome with DNA twists

Autores: GREGORY D. BOWMAN AND SEBASTIAN DEINDL
Publicado en: Science, Edición 10959203, 2019, Página(s) 35-36, ISSN 1095-9203
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aay4317