Single-Molecule And Structural Studies Of ATP-Dependent Chromatin Remodelling

Informations projet

ChromatinRemodelling

N° de convention de subvention: 714068

DOI

10.3030/714068

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Octobre 2016

Date de début 1 Mars 2017

Date de fin 31 Août 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 498 954,00

Contribution de l’UE

€ 1 498 954,00

Coordonné par

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

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Publications

Peer reviewed articles (12)

Structure and dynamics of the chromatin remodeler ALC1 bound to a PARylated nucleosome

Auteurs: Luka Bacic; Guillaume Gaullier; Anton Sabantsev; Laura C. Lehmann; Klaus Brackmann; Despoina Dimakou; Mario Halic; Graeme Hewitt; Simon J. Boulton; Sebastian Deindl
Publié dans: eLife, Numéro 2, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71420

Spatiotemporally controlled generation of NTPs for single-molecule studies

Auteurs: Anton Sabantsev, Guanzhong Mao, Javier Aguirre Rivera, Mikhail Panfilov, Anatolii Arseniev, Oanh Ho, Mikhail Khodorkovskiy & Sebastian Deindl
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 15524469, 2022, ISSN 1552-4469
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41589-022-01100-9

Defective ALC1 nucleosome remodeling confers PARPi sensitization and synthetic lethality with HRD

Auteurs: Graeme Hewitt, Valerie Borel, Sandra Segura-Bayona, Tohru Takaki, Phil Ruis, Roberto Bellelli, Laura C. Lehmann, Lucia Sommerova, Aleksandra Vancevska, Antonia Tomas-Loba, Kang Zhu, Christopher Cooper, Kasper Fugger, Harshil Patel, Robert Goldstone, Deborah Schneider-Luftman, Ellie Herbert, Gordon Stamp, Rachel Brough, Stephen Pettitt, Christopher J. Lord, Stephen C. West, Ivan Ahel, Dragana Ahel,
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 81/4, 2021, Page(s) 767-783.e11, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.12.006

Mechanistic Insights into Regulation of the ALC1 Remodeler by the Nucleosome Acidic Patch

Auteurs: Laura C. Lehmann, Luka Bacic, Graeme Hewitt, Klaus Brackmann, Anton Sabantsev, Guillaume Gaullier, Sofia Pytharopoulou, Gianluca Degliesposti, Hanneke Okkenhaug, Song Tan, Alessandro Costa, J. Mark Skehel, Simon J. Boulton, Sebastian Deindl
Publié dans: Cell Reports, Numéro 33/12, 2020, Page(s) 108529, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108529

Structure-guided approach to site-specific fluorophore labeling of the lac repressor LacI

Auteurs: Kalle Kipper, Nadja Eremina, Emil Marklund, Sumera Tubasum, Guanzhong Mao, Laura Christina Lehmann, Johan Elf, Sebastian Deindl
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 13/6, 2018, Page(s) e0198416, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0198416

New enzymatic and mass spectrometric methodology for the selective investigation of gut microbiota-derived metabolites

Auteurs: Caroline Ballet, Mário S. P. Correia, Louis P. Conway, Theresa L. Locher, Laura C. Lehmann, Neeraj Garg, Miroslav Vujasinovic, Sebastian Deindl, J.-Matthias Löhr, Daniel Globisch
Publié dans: Chemical Science, Numéro 9/29, 2018, Page(s) 6233-6239, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8sc01502c

Mechanistic Insights into Autoinhibition of the Oncogenic Chromatin Remodeler ALC1

Auteurs: Laura C. Lehmann, Graeme Hewitt, Shintaro Aibara, Alexander Leitner, Emil Marklund, Sarah L. Maslen, Varun Maturi, Yang Chen, David van der Spoel, J. Mark Skehel, Aristidis Moustakas, Simon J. Boulton, Sebastian Deindl
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 68/5, 2017, Page(s) 847-859.e7, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2017.10.017

Direct observation of coordinated DNA movements on the nucleosome during chromatin remodelling

Auteurs: Anton Sabantsev, Robert F. Levendosky, Xiaowei Zhuang, Gregory D. Bowman, Sebastian Deindl
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09657-1

The ribosomal protein S1-dependent standby site in tisB mRNA consists of a single-stranded region and a 5′ structure element

Auteurs: Cédric Romilly, Sebastian Deindl, E. Gerhart H. Wagner
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/32, 2019, Page(s) 15901-15906, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1904309116

Sequence specificity in DNA binding is mainly governed by association

Auteurs: E. Marklund, G. Mao, J. Yan, S. Zikrin, E. Abdurakhmanov, S. Deindl, J. Elf
Publié dans: Science, Numéro Vol 375, Numéro 6579, 2022, Page(s) 442-445, ISSN 1095-9203
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abg7427

DNA surface exploration and operator bypassing during target search

Auteurs: Emil Marklund, Brad van Oosten, Guanzhong Mao, Elias Amselem, Kalle Kipper, Anton Sabantsev, Andrew Emmerich, Daniel Globisch, Xuan Zheng, Laura C. Lehmann, Otto G. Berg, Magnus Johansson, Johan Elf, Sebastian Deindl
Publié dans: Nature, Numéro 583/7818, 2020, Page(s) 858-861, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2413-7

Recent advances in single-molecule fluorescence microscopy render structural biology dynamic

Auteurs: Luka Bacic, Anton Sabantsev, Sebastian Deindl
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 65, 2020, Page(s) 61-68, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.05.006

Non-peer reviewed articles (1)

Remodeling the genome with DNA twists

Auteurs: GREGORY D. BOWMAN AND SEBASTIAN DEINDL
Publié dans: Science, Numéro 10959203, 2019, Page(s) 35-36, ISSN 1095-9203
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aay4317