Mathematical and computational foundations for modeling cerebral fluid flow. | Waterscales | Project | Results | H2020 | CORDIS

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Veröffentlichungen

Intracranial pressure elevation alters CSF clearance pathways

Autoren: Vegard Vinje, Anders Eklund, Kent-Andre Mardal, Marie E. Rognes, Karen-Helene Støverud
Veröffentlicht in: Fluids and Barriers of the CNS, Ausgabe 17/1, 2020, ISSN 2045-8118
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12987-020-00189-1

Human intracranial pulsatility during the cardiac cycle: a computational modelling framework

Autoren: Marius Causemann, Vegard Vinje & Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Fluids and Barriers of the CNS, Ausgabe 19 (84), 2022, ISSN 2045-8118
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12987-022-00376-2

A scalable solver for a stochastic, hybrid cellular automaton model of personalized breast cancer therapy

Autoren: Xiaoran Lai, Håkon A. Taskén, Torgeir Mo, Simon W. Funke, Arnoldo Frigessi, Marie E. Rognes, Alvaro Köhn-Luque
Veröffentlicht in: International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, 2022, ISSN 2040-7947
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1002/cnm.3542

A posteriori error estimation and adaptivity for multiple-network poroelasticity

Autoren: Emilie Eliseussen, Marie E. Rognes, Travis B. Thompson
Veröffentlicht in: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, 2023, ISSN 2804-7214
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.1051/m2an/2023033

The mechanisms behind perivascular fluid flow

Autoren: Cécile Daversin-Catty, Vegard Vinje, Kent-André Mardal, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 15/12, 2020, Seite(n) e0244442, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0244442

The role of clearance in neurodegenerative diseases

Autoren: Georgia S. Brennan, Travis B. Thompson, Hadrien Oliveri, Marie E. Rognes, Alain Goriely
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, ISSN 1095-712X
Herausgeber: SIAM
DOI: 10.1101/2022.03.31.486533

Fast uncertainty quantification of tracer distribution in the brain interstitial fluid with multilevel and quasi Monte Carlo

Autoren: Matteo Croci, Vegard Vinje, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, Ausgabe 37/1, 2021, ISSN 2040-7939
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cnm.3412

Abstractions and Automated Algorithms for Mixed Domain Finite Element Methods

Autoren: Cécile Daversin-Catty, Chris N. Richardson, Ada J. Ellingsrud, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: ACM Transactions on Mathematical Software, Ausgabe 47/4, 2021, Seite(n) 1-36, ISSN 0098-3500
Herausgeber: Association for Computing Machinary, Inc.
DOI: 10.1145/3471138

Finite Element Simulation of Ionic Electrodiffusion in Cellular Geometries

Autoren: Ada J. Ellingsrud, Andreas Solbrå, Gaute T. Einevoll, Geir Halnes, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Frontiers in Neuroinformatics, Ausgabe 14, 2020, ISSN 1662-5196
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fninf.2020.00011

CSF circulation and dispersion yield rapid clearance from intracranial compartments

Autoren: Martin Hornkjøl, Lars Magnus Valnes, Geir Ringstad, Marie E. Rognes, Per-Kristian Eide, Kent-Andre Mardal, Vegard Vinje
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Ausgabe 10, 2022, ISSN 2296-4185
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fbioe.2022.932469

Geometrically Reduced Modelling of Pulsatile Flow in Perivascular Networks

Autoren: Cécile Daversin-Catty, Ingeborg Gjerde, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Frontiers in Physics, Ausgabe 10, 2022, ISSN 2296-424X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fphy.2022.882260

Uncertainty quantification of parenchymal tracer distribution using random diffusion and convective velocity fields

Autoren: Matteo Croci, Vegard Vinje, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Fluids and Barriers of the CNS, Ausgabe 16/1, 2019, ISSN 2045-8118
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12987-019-0152-7

Toward Personalized Computer Simulation of Breast Cancer Treatment: A Multiscale Pharmacokinetic and Pharmacodynamic Model Informed by Multitype Patient Data

Autoren: Xiaoran Lai, Oliver M. Geier, Thomas Fleischer, Øystein Garred, Elin Borgen, Simon W. Funke, Surendra Kumar, Marie E. Rognes, Therese Seierstad, Anne-Lise Børresen-Dale, Vessela N. Kristensen, Olav Engebraaten, Alvaro Köhn-Luque, Arnoldo Frigessi
Veröffentlicht in: Cancer Research, Ausgabe 79/16, 2019, Seite(n) 4293-4304, ISSN 0008-5472
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-1804

Accurate discretization of poroelasticity without Darcy stability

Autoren: Kent-Andre Mardal, Marie E. Rognes, Travis B. Thompson
Veröffentlicht in: BIT Numerical Mathematics, Ausgabe 61/3, 2021, Seite(n) 941-976, ISSN 0006-3835
Herausgeber: Lunds Universitet
DOI: 10.1007/s10543-021-00849-0

Optimization of Hopf bifurcation points

Autoren: Nicolas Boullé, Patrick E. Farrell, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, 2023, ISSN 1095-7197
Herausgeber: SIAM
DOI: 10.48550/arxiv.2201.11684

Validating a Computational Framework for Ionic Electrodiffusion with Cortical Spreading Depression as a Case Study

Autoren: Ada J. Ellingsrud, Didrik B. Dukefoss, Rune Enger, Geir Halnes, Klas Pettersen and Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: eNeuro, Ausgabe 9(2), 2022, ISSN 2373-2822
Herausgeber: Society for Neuroscience
DOI: 10.1523/eneuro.0408-21.2022

Parameter Robust Preconditioning by Congruence for Multiple-Network Poroelasticity

Autoren: E. Piersanti, J. J. Lee, T. Thompson, K.-A. Mardal, M. E. Rognes
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, Ausgabe 43/4, 2021, Seite(n) B984-B1007, ISSN 1064-8275
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m1326751

Robust Approximation of Generalized Biot-Brinkman Problems

Autoren: Qingguo Hong, Johannes Kraus, Miroslav Kuchta, Maria Lymbery, Kent-André Mardal, and Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Journal of Scientific Computing, Ausgabe 93 (77), 2022, ISSN 1573-7691
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/s10915-022-02029-w

Accurate numerical simulation of electrodiffusion and water movement in brain tissue

Autoren: Ellingsrud, Ada J.; Boullé, Nicolas; Farrell, Patrick E.; Rognes, Marie E.
Veröffentlicht in: IMA Mathematical Medicine & Biology, Ausgabe 13, 2021, ISSN 1477-8602
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imammb/dqab016

Neural activity induces strongly coupled electro-chemo-mechanical interactions and fluid flow in astrocyte networks and extracellular space – a computational study

Autoren: Marte J. Sætra, Ada J. Ellingsrud, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.03.06.531247

Brain solute transport is more rapid in periarterial than perivenous spaces

Autoren: Vegard Vinje; Erik NTP Bakker; Marie E Rognes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 5, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-361955/v1

A Cell-Based Model for Ionic Electrodiffusion in Excitable Tissue

Autoren: Ada J. Ellingsrud, Cecile Daversin-Catty and Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Modeling Excitable Tissue, 2021
Herausgeber: Springer Nature

Solving the EMI Equations using Finite Element Methods

Autoren: Solving the EMI Equations using Finite Element Methods
Veröffentlicht in: Modeling Excitable Tissue, 2021
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-3-030-61157-6_5

Astrocytic Ion Dynamics: Implications for Potassium Buffering and Liquid Flow

Autoren: Geir Halnes, Klas H. Pettersen, Leiv Øyehaug, Marie E. Rognes, Gaute T. Einevoll
Veröffentlicht in: Computational Glioscience, Ausgabe 1, 2019, Seite(n) 363-391
Herausgeber: Springer Nature

Inducing Flow Instabilities in Aneurysm Geometries via the Reynolds-Orr Method

Autoren: Alessandro Contri, Christina Taylor, Justin Tso, Ingeborg Gjerde
Veröffentlicht in: Computational Physiology Simula Summer School 2022, 2023
Herausgeber: Springer Nature

A Computational Study of Flow Instabilities in Aneurysms

Autoren: Nanna Berre, Gabriela Castro, Henrik Kjeldsberg, Rami Masri, Ingeborg Gjerde
Veröffentlicht in: Computational Physiology Simula Summer School 2021, 2022
Herausgeber: Springer Nature

A mixed framework for topological model reduction of coupled PDEs

Autoren: Ingeborg G. Gjerde, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: Proceedings of the IX International Conference on Computational Methods for Coupled Problems in Science and Engineering, 2021
Herausgeber: N/A

Parameter Robust Preconditioning for Multi-Compartmental Darcy Equations

Autoren: Eleonora Piersanti, Marie E. Rognes, Kent-Andre Mardal
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computational Science and Engineering book series (LNCSE,volume 139), 2020
Herausgeber: Springer Nature

Parametric exploration of cellular swelling in a computational model of cortical spreading depression

Autoren: Barbara Genocchi, Andre Cunha, Soumil Jain, Jari Hyttinen, Kerstin Lenk, Ada Johanne Ellingsrud
Veröffentlicht in: 2020 42nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC), 2020
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/embc44109.2020.9175306

Human brain solute transport quantified by glymphatic MRI-informed biophysics during sleep and sleep deprivation

Autoren: Vegard Vinje, Bastian Zapf, Geir Ringstad, Per Kristian Eide, Marie E. Rognes, Kent-Andre Mardal
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.01.01.522190

Graphnics: Combining FEniCS and NetworkX to simulate flow in complex networks

Autoren: Ingeborg G. Gjerde
Veröffentlicht in: arXiv, 2022, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2212.02916

Are brain displacements and pressures within the parenchyma induced by surface pressure differences? A computational modelling study

Autoren: Eleonora Piersanti, Marie E. Rognes, Vegard Vinje
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.09.07.506967

The modelling error in multi-dimensional time-dependent solute transport models

Autoren: Rami Masri, Marius Zeinhofer, Miroslav Kuchta, Marie E. Rognes
Veröffentlicht in: arXiv, 2023, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2303.17999

Mathematical Modeling of the Human Brain: From Magnetic Resonance Images to Finite Element Simulation

Autoren: Kent-André Mardal, Marie E. Rognes, Travis B. Thompson, Lars Magnus Valnes
Veröffentlicht in: Simula SpringerBriefs on Computing, Ausgabe 10, 2022, ISSN 2512-1685
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-3-030-95136-8

Datensätze

Human intracranial pulsatility during the cardiac cycle: a computational modelling framework

Autoren: Causemann, Marius; Vinje, Vegard; Rognes, Marie E.
Veröffentlicht in: figshare

Example meshes for 'Human brain solute transport quantified by glymphatic MRI-informed biophysics during sleep and sleep deprivation'

Autoren: Vinje, Vegard; Zapf, Bastian; Ringstad, Geir; Eide, Per Kristian; Rognes, Marie E.; Mardal, Kent-Andre
Veröffentlicht in: Zenodo

MRI2FEM data set

Autoren: Kent-Andre Mardal; Marie E. Rognes; Travis B. Thompson; Lars Magnus Valnes
Veröffentlicht in: Zenodo

Uncertainty quantification of parenchymal tracer distribution using random diffusion and convective velocity fields (data sets)

Autoren: Matteo Croci; Marie E. Rognes; Vegard Vinje
Veröffentlicht in: Zenodo

Intracranial pressure elevation alters CSF clearance pathways

Autoren: Vinje, Vegard; Eklund, Anders; Kent-Andre Mardal; Rognes, Marie E.; Karen-Helene Støverud
Veröffentlicht in: figshare

Uncertainty quantification of parenchymal tracer distribution using random diffusion and convective velocity fields

Autoren: Croci, Matteo; Vinje, Vegard; Rognes, Marie
Veröffentlicht in: figshare

Software

Supplementary material (code) for Chapter 2 in 'EMI: Cell based mathematical model of excitable cells'

Autoren: Ada Johanne Ellingsrud
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3709177

mechanisms-behind-pvs-flow-v1.0

Autoren: Cécile Daversin-Catty; Vegard Vinje; Kent-André Mardal; Marie E. Rognes
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3890132; 10.5281/zenodo.3890133

Mixed-dimensional-examples v2019.1

Autoren: Cécile Daversin-Catty; Chris N. Richardson; Ada J. Ellingsrud; Marie E. Rognes
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3525000; 10.5281/zenodo.3525001

Supplementary material (code) for Chapter 2 in 'Modeling excitable tissue - the EMI framework'

Autoren: Ada Johanne Ellingsrud
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3709176; 10.5281/zenodo.3767058

Human intracranial pulsatility during the cardiac cycle: a computational modelling framework

Autoren: Marius Causemann; Vegard Vinje; Marie E. Rognes
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.6553789; 10.5281/zenodo.6553790

Supplementary material (code) for Finite element simulation of ionic electrodiffusion in cellular geometries

Autoren: Ada Johanne Ellingsrud; Andreas Solbrå
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3238373; 10.5281/zenodo.3492075; 10.5281/zenodo.3696773; 10.5281/zenodo.6718451; 10.5281/zenodo.3696787; 10.5281/zenodo.3696780

Software for Mathematical modeling of the human brain - from magnetic resonance images to finite element simulation

Autoren: Kent-Andre Mardal; Marie E Rognes; Travis B. Thompson; Lars Magnus Valnes
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.4386998; 10.5281/zenodo.4386999; 10.5281/zenodo.4899490

geometrically-reduced-PVS-flow-v1.0

Autoren: Daversin-Catty, C��cile; Gjerde, Ingeborg G.; Rognes, Marie E.
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5729457; 10.5281/zenodo.5729483

geometrically-reduced-PVS-flow-v1.0

Autoren: Cécile Daversin-Catty; Ingeborg G. Gjerde; Marie E. Rognes
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.5729484; 10.5281/zenodo.5729458

Weitere Forschungsprodukte

Graphnics: Combining FEniCS and NetworkX to simulate flow in complex networks

Autoren: Gjerde, Ingeborg G.
Veröffentlicht in: arXiv

Modelling ionic electrodiffusion in brain tissue - the KNP-EMI framework

Autoren: Ada Johanne Ellingsrud
Veröffentlicht in: Zenodo

The modelling error in multi-dimensional time-dependent solute transport models

Autoren: Masri, Rami; Zeinhofer, Marius; Kuchta, Miroslav; Rognes, Marie E.
Veröffentlicht in: arXiv

Additional file 1 of Intracranial pressure elevation alters CSF clearance pathways

Autoren: Vinje, Vegard; Eklund, Anders; Kent-Andre Mardal; Rognes, Marie E.; Karen-Helene Støverud
Veröffentlicht in: figshare

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Weitere Forschungsprodukte

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