Mapping the retrotransposon-mediated layer of neuronal gene regulation in the human genome

Informations projet

PRIMATE-TE-IMPACT

N° de convention de subvention: 716035

DOI

10.3030/716035

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Juillet 2017

Date de début 1 Août 2017

Date de fin 31 Janvier 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (6)

ZNF91 deletion in human embryonic stem cells leads to ectopic activation of SVA retrotransposons and up-regulation of KRAB zinc finger gene clusters

Auteurs: Nina Haring, Judith Roels, Frank M J Jacobs
Publié dans: Genome REsearch, Numéro 2021 Apr; 31(4): 551–563, 2021, Page(s) 551–563, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.265348.120

Long Non-Coding RNAs in Neuronal Aging

Auteurs: Diana Pereira Fernandes, Mainá Bitar, Frank Jacobs, Guy Barry
Publié dans: Non-Coding RNA, Numéro 4/2, 2018, Page(s) 12, ISSN 2311-553X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/ncrna4020012

Human-Specific NOTCH2NL Genes Affect Notch Signaling and Cortical Neurogenesis

Auteurs: Ian T. Fiddes, Gerrald A. Lodewijk, Meghan Mooring, Colleen M. Bosworth, Adam D. Ewing, Gary L. Mantalas, Adam M. Novak, Anouk van den Bout, Alex Bishara, Jimi L. Rosenkrantz, Ryan Lorig-Roach, Andrew R. Field, Maximilian Haeussler, Lotte Russo, Aparna Bhaduri, Tomasz J. Nowakowski, Alex A. Pollen, Max L. Dougherty, Xander Nuttle, Marie-Claude Addor, Simon Zwolinski, Sol Katzman, Arnold Kriegstein
Publié dans: Cell, Numéro 173/6, 2018, Page(s) 1356-1369.e22, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.03.051

Widespread correlation of KRAB zinc finger protein binding with brain-developmental gene expression patterns

Auteurs: Grace Farmiloe, Gerrald A. Lodewijk, Stijn F. Robben, Elisabeth J. van Bree, Frank M. J. Jacobs
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 375/1795, 2020, Page(s) 20190333, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2019.0333

Evolution of Human Brain Size-Associated NOTCH2NL Genes Proceeds toward Reduced Protein Levels.

Auteurs: Gerrald A Lodewijk; Diana Pereira Fernandes; Iraklis Vretzakis; Jeanne E. Savage; Frank M. J. Jacobs
Publié dans: Molecular Biology and evolution, 37(9). Oxford University Press, Numéro 1, 2020, Page(s) 2531–2548, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa104

A hidden layer of structural variation in transposable elements reveals potential genetic modifiers in human disease-risk loci

Auteurs: "Elisabeth J van Bree # 1, Rita L F P Guimarães # 1 2 3, Mischa Lundberg 4, Elena R Blujdea 1, Jimi L Rosenkrantz 1, Fred T G White 1, Josse Poppinga 1, Paula Ferrer-Raventós 1, Anne-Fleur E Schneider 1, Isabella Clayton 1, David Haussler 5, Marcel J T Reinders 6, Henne Holstege 2 3 6 7, Adam D Ewing 4, Colette Moses 1, Frank M J Jacobs 1 7"
Publié dans: Genome Research, Numéro Apr;32(4):656-670, 2021, Page(s) 656-670, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.275515.121