Mapping the retrotransposon-mediated layer of neuronal gene regulation in the human genome

Projektinformationen

PRIMATE-TE-IMPACT

ID Finanzhilfevereinbarung: 716035

DOI

10.3030/716035

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 14 Juli 2017

Startdatum 1 August 2017

Enddatum 31 Januar 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 500 000,00

EU-Beitrag

€ 1 500 000,00

Koordiniert durch

UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (6)

ZNF91 deletion in human embryonic stem cells leads to ectopic activation of SVA retrotransposons and up-regulation of KRAB zinc finger gene clusters

Autoren: Nina Haring, Judith Roels, Frank M J Jacobs
Veröffentlicht in: Genome REsearch, Ausgabe 2021 Apr; 31(4): 551–563, 2021, Seite(n) 551–563, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.265348.120

Long Non-Coding RNAs in Neuronal Aging

Autoren: Diana Pereira Fernandes, Mainá Bitar, Frank Jacobs, Guy Barry
Veröffentlicht in: Non-Coding RNA, Ausgabe 4/2, 2018, Seite(n) 12, ISSN 2311-553X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/ncrna4020012

Human-Specific NOTCH2NL Genes Affect Notch Signaling and Cortical Neurogenesis

Autoren: Ian T. Fiddes, Gerrald A. Lodewijk, Meghan Mooring, Colleen M. Bosworth, Adam D. Ewing, Gary L. Mantalas, Adam M. Novak, Anouk van den Bout, Alex Bishara, Jimi L. Rosenkrantz, Ryan Lorig-Roach, Andrew R. Field, Maximilian Haeussler, Lotte Russo, Aparna Bhaduri, Tomasz J. Nowakowski, Alex A. Pollen, Max L. Dougherty, Xander Nuttle, Marie-Claude Addor, Simon Zwolinski, Sol Katzman, Arnold Kriegstein
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 173/6, 2018, Seite(n) 1356-1369.e22, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.03.051

Widespread correlation of KRAB zinc finger protein binding with brain-developmental gene expression patterns

Autoren: Grace Farmiloe, Gerrald A. Lodewijk, Stijn F. Robben, Elisabeth J. van Bree, Frank M. J. Jacobs
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 375/1795, 2020, Seite(n) 20190333, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2019.0333

Evolution of Human Brain Size-Associated NOTCH2NL Genes Proceeds toward Reduced Protein Levels.

Autoren: Gerrald A Lodewijk; Diana Pereira Fernandes; Iraklis Vretzakis; Jeanne E. Savage; Frank M. J. Jacobs
Veröffentlicht in: Molecular Biology and evolution, 37(9). Oxford University Press, Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 2531–2548, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa104

A hidden layer of structural variation in transposable elements reveals potential genetic modifiers in human disease-risk loci

Autoren: "Elisabeth J van Bree # 1, Rita L F P Guimarães # 1 2 3, Mischa Lundberg 4, Elena R Blujdea 1, Jimi L Rosenkrantz 1, Fred T G White 1, Josse Poppinga 1, Paula Ferrer-Raventós 1, Anne-Fleur E Schneider 1, Isabella Clayton 1, David Haussler 5, Marcel J T Reinders 6, Henne Holstege 2 3 6 7, Adam D Ewing 4, Colette Moses 1, Frank M J Jacobs 1 7"
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe Apr;32(4):656-670, 2021, Seite(n) 656-670, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.275515.121