Mapping the retrotransposon-mediated layer of neuronal gene regulation in the human genome

Informazioni relative al progetto

PRIMATE-TE-IMPACT

ID dell’accordo di sovvenzione: 716035

DOI

10.3030/716035

Progetto chiuso

Data della firma CE 14 Luglio 2017

Data di avvio 1 Agosto 2017

Data di completamento 31 Gennaio 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 500 000,00

Contributo UE

€ 1 500 000,00

Coordinato da

UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (6)

ZNF91 deletion in human embryonic stem cells leads to ectopic activation of SVA retrotransposons and up-regulation of KRAB zinc finger gene clusters

Autori: Nina Haring, Judith Roels, Frank M J Jacobs
Pubblicato in: Genome REsearch, Numero 2021 Apr; 31(4): 551–563, 2021, Pagina/e 551–563, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.265348.120

Long Non-Coding RNAs in Neuronal Aging

Autori: Diana Pereira Fernandes, Mainá Bitar, Frank Jacobs, Guy Barry
Pubblicato in: Non-Coding RNA, Numero 4/2, 2018, Pagina/e 12, ISSN 2311-553X
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/ncrna4020012

Human-Specific NOTCH2NL Genes Affect Notch Signaling and Cortical Neurogenesis

Autori: Ian T. Fiddes, Gerrald A. Lodewijk, Meghan Mooring, Colleen M. Bosworth, Adam D. Ewing, Gary L. Mantalas, Adam M. Novak, Anouk van den Bout, Alex Bishara, Jimi L. Rosenkrantz, Ryan Lorig-Roach, Andrew R. Field, Maximilian Haeussler, Lotte Russo, Aparna Bhaduri, Tomasz J. Nowakowski, Alex A. Pollen, Max L. Dougherty, Xander Nuttle, Marie-Claude Addor, Simon Zwolinski, Sol Katzman, Arnold Kriegstein
Pubblicato in: Cell, Numero 173/6, 2018, Pagina/e 1356-1369.e22, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.03.051

Widespread correlation of KRAB zinc finger protein binding with brain-developmental gene expression patterns

Autori: Grace Farmiloe, Gerrald A. Lodewijk, Stijn F. Robben, Elisabeth J. van Bree, Frank M. J. Jacobs
Pubblicato in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 375/1795, 2020, Pagina/e 20190333, ISSN 0962-8436
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2019.0333

Evolution of Human Brain Size-Associated NOTCH2NL Genes Proceeds toward Reduced Protein Levels.

Autori: Gerrald A Lodewijk; Diana Pereira Fernandes; Iraklis Vretzakis; Jeanne E. Savage; Frank M. J. Jacobs
Pubblicato in: Molecular Biology and evolution, 37(9). Oxford University Press, Numero 1, 2020, Pagina/e 2531–2548, ISSN 1537-1719
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa104

A hidden layer of structural variation in transposable elements reveals potential genetic modifiers in human disease-risk loci

Autori: "Elisabeth J van Bree # 1, Rita L F P Guimarães # 1 2 3, Mischa Lundberg 4, Elena R Blujdea 1, Jimi L Rosenkrantz 1, Fred T G White 1, Josse Poppinga 1, Paula Ferrer-Raventós 1, Anne-Fleur E Schneider 1, Isabella Clayton 1, David Haussler 5, Marcel J T Reinders 6, Henne Holstege 2 3 6 7, Adam D Ewing 4, Colette Moses 1, Frank M J Jacobs 1 7"
Pubblicato in: Genome Research, Numero Apr;32(4):656-670, 2021, Pagina/e 656-670, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.275515.121