Algorithms and experimental tools for integrating very large-scale single cell genomics data

Información del proyecto

scAssembly

Identificador del acuerdo de subvención: 724824

DOI

10.3030/724824

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 3 Julio 2017

Fecha de inicio 1 Diciembre 2017

Fecha de finalización 31 Mayo 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 437 500,00

Aportación de la UE

€ 2 437 500,00

Coordinado por

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publicaciones

Peer reviewed articles (8)

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation

Autores: Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Saifeng Cheng, Raz Ben-Yair, Ron Hadas, Yoach Rais, Elad Chomsky, Netta Reines,Anna Uzonyi, Lior Lumerman,Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel,Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay,, Yonatan Stelzer
Publicado en: Cell, Edición 184(11), 2021, Página(s) 2825–2842.e22, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

DNA methyltransferases 3A and 3B target specific sequences during mouse gastrulation.

Autores: Zohar Mukamel, Aviezer Lifshitz, Markus Mittnenzweig, Elad Chomsky, Omer Schwartzman, Oren Ben-Kiki, Mirie Zerbib
Publicado en: Nat Struct Mol Biol, Edición 29, 2022, Página(s) 1252–1265, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00885-6

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Autores: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Publicado en: Cell, Edición 176/4, 2019, Página(s) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq

Autores: Arnau Sebé-Pedrós, Baptiste Saudemont, Elad Chomsky, Flora Plessier, Marie-Pierre Mailhé, Justine Renno, Yann Loe-Mie, Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel, Sandrine Schmutz, Sophie Novault, Patrick R.H. Steinmetz, François Spitz, Amos Tanay, Heather Marlow
Publicado en: Cell, Edición 173/6, 2018, Página(s) 1520-1534.e20, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.019

Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation

Autores: Arnau Sebé-Pedrós, Elad Chomsky, Kevin Pang, David Lara-Astiaso, Federico Gaiti, Zohar Mukamel, Ido Amit, Andreas Hejnol, Bernard M. Degnan, Amos Tanay
Publicado en: Nature Ecology & Evolution, Edición 2/7, 2018, Página(s) 1176-1188, ISSN 2397-334X
Editor: NPG
DOI: 10.1038/s41559-018-0575-6

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Autores: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay, Ido Amit
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 38/5, 2020, Página(s) 629-637, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells

Autores: Zohar Meir, Zohar Mukamel, Elad Chomsky, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Publicado en: Nature Genetics, Edición 52/7, 2020, Página(s) 709-718, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0645-y

MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions

Autores: Yael Baran, Akhiad Bercovich, Arnau Sebe-Pedros, Yaniv Lubling, Amir Giladi, Elad Chomsky, Zohar Meir, Michael Hoichman, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Publicado en: Genome Biology, Edición 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Editor: Biomed central
DOI: 10.1186/s13059-019-1812-2