Algorithms and experimental tools for integrating very large-scale single cell genomics data

Informacje na temat projektu

scAssembly

Identyfikator umowy o grant: 724824

DOI

10.3030/724824

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 3 Lipca 2017

Data rozpoczęcia 1 Grudnia 2017

Data zakończenia 31 Maja 2023

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 437 500,00

Wkład UE

€ 2 437 500,00

Koordynowany przez

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (8)

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation

Autorzy: Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Saifeng Cheng, Raz Ben-Yair, Ron Hadas, Yoach Rais, Elad Chomsky, Netta Reines,Anna Uzonyi, Lior Lumerman,Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel,Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay,, Yonatan Stelzer
Opublikowane w: Cell, Numer 184(11), 2021, Strona(/y) 2825–2842.e22, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

DNA methyltransferases 3A and 3B target specific sequences during mouse gastrulation.

Autorzy: Zohar Mukamel, Aviezer Lifshitz, Markus Mittnenzweig, Elad Chomsky, Omer Schwartzman, Oren Ben-Kiki, Mirie Zerbib
Opublikowane w: Nat Struct Mol Biol, Numer 29, 2022, Strona(/y) 1252–1265, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00885-6

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Autorzy: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Opublikowane w: Cell, Numer 176/4, 2019, Strona(/y) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq

Autorzy: Arnau Sebé-Pedrós, Baptiste Saudemont, Elad Chomsky, Flora Plessier, Marie-Pierre Mailhé, Justine Renno, Yann Loe-Mie, Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel, Sandrine Schmutz, Sophie Novault, Patrick R.H. Steinmetz, François Spitz, Amos Tanay, Heather Marlow
Opublikowane w: Cell, Numer 173/6, 2018, Strona(/y) 1520-1534.e20, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.019

Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation

Autorzy: Arnau Sebé-Pedrós, Elad Chomsky, Kevin Pang, David Lara-Astiaso, Federico Gaiti, Zohar Mukamel, Ido Amit, Andreas Hejnol, Bernard M. Degnan, Amos Tanay
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 2/7, 2018, Strona(/y) 1176-1188, ISSN 2397-334X
Wydawca: NPG
DOI: 10.1038/s41559-018-0575-6

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Autorzy: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay, Ido Amit
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer 38/5, 2020, Strona(/y) 629-637, ISSN 1087-0156
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells

Autorzy: Zohar Meir, Zohar Mukamel, Elad Chomsky, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 52/7, 2020, Strona(/y) 709-718, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0645-y

MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions

Autorzy: Yael Baran, Akhiad Bercovich, Arnau Sebe-Pedros, Yaniv Lubling, Amir Giladi, Elad Chomsky, Zohar Meir, Michael Hoichman, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Wydawca: Biomed central
DOI: 10.1186/s13059-019-1812-2