Algorithms and experimental tools for integrating very large-scale single cell genomics data

Informations projet

scAssembly

N° de convention de subvention: 724824

DOI

10.3030/724824

Projet clôturé

Date de signature de la CE 3 Juillet 2017

Date de début 1 Decembre 2017

Date de fin 31 Mai 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 437 500,00

Contribution de l’UE

€ 2 437 500,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (8)

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation

Auteurs: Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Saifeng Cheng, Raz Ben-Yair, Ron Hadas, Yoach Rais, Elad Chomsky, Netta Reines,Anna Uzonyi, Lior Lumerman,Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel,Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay,, Yonatan Stelzer
Publié dans: Cell, Numéro 184(11), 2021, Page(s) 2825–2842.e22, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

DNA methyltransferases 3A and 3B target specific sequences during mouse gastrulation.

Auteurs: Zohar Mukamel, Aviezer Lifshitz, Markus Mittnenzweig, Elad Chomsky, Omer Schwartzman, Oren Ben-Kiki, Mirie Zerbib
Publié dans: Nat Struct Mol Biol, Numéro 29, 2022, Page(s) 1252–1265, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00885-6

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Auteurs: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Publié dans: Cell, Numéro 176/4, 2019, Page(s) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq

Auteurs: Arnau Sebé-Pedrós, Baptiste Saudemont, Elad Chomsky, Flora Plessier, Marie-Pierre Mailhé, Justine Renno, Yann Loe-Mie, Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel, Sandrine Schmutz, Sophie Novault, Patrick R.H. Steinmetz, François Spitz, Amos Tanay, Heather Marlow
Publié dans: Cell, Numéro 173/6, 2018, Page(s) 1520-1534.e20, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.019

Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation

Auteurs: Arnau Sebé-Pedrós, Elad Chomsky, Kevin Pang, David Lara-Astiaso, Federico Gaiti, Zohar Mukamel, Ido Amit, Andreas Hejnol, Bernard M. Degnan, Amos Tanay
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 2/7, 2018, Page(s) 1176-1188, ISSN 2397-334X
Éditeur: NPG
DOI: 10.1038/s41559-018-0575-6

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Auteurs: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay, Ido Amit
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 38/5, 2020, Page(s) 629-637, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells

Auteurs: Zohar Meir, Zohar Mukamel, Elad Chomsky, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 52/7, 2020, Page(s) 709-718, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0645-y

MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions

Auteurs: Yael Baran, Akhiad Bercovich, Arnau Sebe-Pedros, Yaniv Lubling, Amir Giladi, Elad Chomsky, Zohar Meir, Michael Hoichman, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: Biomed central
DOI: 10.1186/s13059-019-1812-2