Algorithms and experimental tools for integrating very large-scale single cell genomics data

Informazioni relative al progetto

scAssembly

ID dell’accordo di sovvenzione: 724824

DOI

10.3030/724824

Progetto chiuso

Data della firma CE 3 Luglio 2017

Data di avvio 1 Dicembre 2017

Data di completamento 31 Maggio 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 437 500,00

Contributo UE

€ 2 437 500,00

Coordinato da

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (8)

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation

Autori: Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Saifeng Cheng, Raz Ben-Yair, Ron Hadas, Yoach Rais, Elad Chomsky, Netta Reines,Anna Uzonyi, Lior Lumerman,Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel,Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay,, Yonatan Stelzer
Pubblicato in: Cell, Numero 184(11), 2021, Pagina/e 2825–2842.e22, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

DNA methyltransferases 3A and 3B target specific sequences during mouse gastrulation.

Autori: Zohar Mukamel, Aviezer Lifshitz, Markus Mittnenzweig, Elad Chomsky, Omer Schwartzman, Oren Ben-Kiki, Mirie Zerbib
Pubblicato in: Nat Struct Mol Biol, Numero 29, 2022, Pagina/e 1252–1265, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00885-6

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Autori: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Pubblicato in: Cell, Numero 176/4, 2019, Pagina/e 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq

Autori: Arnau Sebé-Pedrós, Baptiste Saudemont, Elad Chomsky, Flora Plessier, Marie-Pierre Mailhé, Justine Renno, Yann Loe-Mie, Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel, Sandrine Schmutz, Sophie Novault, Patrick R.H. Steinmetz, François Spitz, Amos Tanay, Heather Marlow
Pubblicato in: Cell, Numero 173/6, 2018, Pagina/e 1520-1534.e20, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.019

Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation

Autori: Arnau Sebé-Pedrós, Elad Chomsky, Kevin Pang, David Lara-Astiaso, Federico Gaiti, Zohar Mukamel, Ido Amit, Andreas Hejnol, Bernard M. Degnan, Amos Tanay
Pubblicato in: Nature Ecology & Evolution, Numero 2/7, 2018, Pagina/e 1176-1188, ISSN 2397-334X
Editore: NPG
DOI: 10.1038/s41559-018-0575-6

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Autori: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay, Ido Amit
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 38/5, 2020, Pagina/e 629-637, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells

Autori: Zohar Meir, Zohar Mukamel, Elad Chomsky, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 52/7, 2020, Pagina/e 709-718, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0645-y

MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions

Autori: Yael Baran, Akhiad Bercovich, Arnau Sebe-Pedros, Yaniv Lubling, Amir Giladi, Elad Chomsky, Zohar Meir, Michael Hoichman, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Editore: Biomed central
DOI: 10.1186/s13059-019-1812-2