Algorithms and experimental tools for integrating very large-scale single cell genomics data

Projektinformationen

scAssembly

ID Finanzhilfevereinbarung: 724824

DOI

10.3030/724824

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 3 Juli 2017

Startdatum 1 Dezember 2017

Enddatum 31 Mai 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 437 500,00

EU-Beitrag

€ 2 437 500,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation

Autoren: Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Saifeng Cheng, Raz Ben-Yair, Ron Hadas, Yoach Rais, Elad Chomsky, Netta Reines,Anna Uzonyi, Lior Lumerman,Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel,Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay,, Yonatan Stelzer
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 184(11), 2021, Seite(n) 2825–2842.e22, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

DNA methyltransferases 3A and 3B target specific sequences during mouse gastrulation.

Autoren: Zohar Mukamel, Aviezer Lifshitz, Markus Mittnenzweig, Elad Chomsky, Omer Schwartzman, Oren Ben-Kiki, Mirie Zerbib
Veröffentlicht in: Nat Struct Mol Biol, Ausgabe 29, 2022, Seite(n) 1252–1265, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00885-6

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Autoren: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 176/4, 2019, Seite(n) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

Cnidarian Cell Type Diversity and Regulation Revealed by Whole-Organism Single-Cell RNA-Seq

Autoren: Arnau Sebé-Pedrós, Baptiste Saudemont, Elad Chomsky, Flora Plessier, Marie-Pierre Mailhé, Justine Renno, Yann Loe-Mie, Aviezer Lifshitz, Zohar Mukamel, Sandrine Schmutz, Sophie Novault, Patrick R.H. Steinmetz, François Spitz, Amos Tanay, Heather Marlow
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 173/6, 2018, Seite(n) 1520-1534.e20, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.019

Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation

Autoren: Arnau Sebé-Pedrós, Elad Chomsky, Kevin Pang, David Lara-Astiaso, Federico Gaiti, Zohar Mukamel, Ido Amit, Andreas Hejnol, Bernard M. Degnan, Amos Tanay
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 2/7, 2018, Seite(n) 1176-1188, ISSN 2397-334X
Herausgeber: NPG
DOI: 10.1038/s41559-018-0575-6

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Autoren: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay, Ido Amit
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 38/5, 2020, Seite(n) 629-637, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells

Autoren: Zohar Meir, Zohar Mukamel, Elad Chomsky, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 52/7, 2020, Seite(n) 709-718, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0645-y

MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions

Autoren: Yael Baran, Akhiad Bercovich, Arnau Sebe-Pedros, Yaniv Lubling, Amir Giladi, Elad Chomsky, Zohar Meir, Michael Hoichman, Aviezer Lifshitz, Amos Tanay
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Biomed central
DOI: 10.1186/s13059-019-1812-2