Noise and robustness in the evolution of novel protein phenotypes

Informations projet

NoiseRobustEvo

N° de convention de subvention: 739874

DOI

10.3030/739874

Projet clôturé

Date de signature de la CE 24 Mai 2017

Date de début 1 Octobre 2017

Date de fin 31 Mars 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 383 444,00

Contribution de l’UE

€ 2 383 444,00

Coordonné par

UNIVERSITAT ZURICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (21)

Signaling pathways have an inherent need for noise to acquire information.

Auteurs: Azpeitia, Eugenio; Balanzario, Eugenio P; Wagner, Andreas (
Publié dans: BMC Bioinformatics, 21:462, 2020, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03778-x

Gene expression noise can promote the fixation of beneficial mutations in fluctuating environments.

Auteurs: Schmutzer, Michael; Wagner, Andreas
Publié dans: PLoS Computational Biology, 16(10):e1007727, 2020, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1101/2020.02.13.947275

The length scale of multivalent interactions is evolutionarily conserved in fungal and vertebrate phase-separating proteins.

Auteurs: Pouria Dasmeh; Pouria Dasmeh; Pouria Dasmeh; Roman Doronin; Roman Doronin; Andreas Wagner
Publié dans: Genetics, 220(1):iyab184, Numéro 35, 2022, ISSN 0016-6731
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/genetics/iyab184

Natural Selection on the Phase-Separation Properties of FUS during 160 My of Mammalian Evolution

Auteurs: Dasmeh, Pouria; Wagner, Andreas
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro Volume 38, Numéro 3, 2021, Page(s) 940–951, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa258

Mistranslation Reduces Mutation Load in Evolving Proteins through Negative Epistasis with DNA Mutations.

Auteurs: Jia Zheng; Jia Zheng; Ning Guo; Andreas Wagner; Andreas Wagner; Andreas Wagner
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 46, 2021, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab206

Selection enhances protein evolvability by increasing mutational robustness and foldability.

Auteurs: Jia Zheng; Jia Zheng; Ning Guo; Andreas Wagner; Andreas Wagner; Andreas Wagner
Publié dans: Science, 370(6521):eabb5962, Numéro 40, 2020, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abb5962

Yeast Proteins may Reversibly Aggregate like Amphiphilic Molecules.

Auteurs: Pouria Dasmeh; Pouria Dasmeh; Pouria Dasmeh; Andreas Wagner
Publié dans: Journal of Molecular Biology, 434(2):167352, Numéro 38, 2022, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167352

Adaptive gene misregulation.

Auteurs: Andreas Wagner
Publié dans: Genetics, 217(3):iyaa044, Numéro 37, 2021, ISSN 0016-6731
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/genetics/iyaa044

Mistranslation can promote the exploration of alternative evolutionary trajectories in enzyme evolution

Auteurs: Zheng, Jia; Bratulic, Sinisa; Licher, Heidi E.L.; Wagner, Andreas
Publié dans: Journal of Evolutionary Biology, Numéro Volume 34, issue 8, 2021, Page(s) 1302-1315, ISSN 1010-061X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jeb.13892

RNA-mediated gene regulation is less evolvable than transcriptional regulation

Auteurs: Payne, Joshua L; Khalid, Fahad; Wagner, Andreas
Publié dans: PNAS, Numéro 3, 2018, ISSN 1091-6490
Éditeur: Highwire Press
DOI: 10.5167/uzh-167214

The architecture of an empirical genotype-phenotype map

Auteurs: Aguilar-Rodríguez, José; Peel, Leto; Stella, Massimo; Wagner, Andreas; Payne, Joshua L.
Publié dans: Evolution, 72 (6), Numéro 11, 2018, ISSN 1558-5646
Éditeur: Wiley
DOI: 10.3929/ethz-b-000274406

High mutation rates limit evolutionary adaptation in Escherichia coli

Auteurs: Kathleen Sprouffske, José Aguilar-Rodríguez, Paul Sniegowski, Andreas Wagner
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 14/4, 2018, Page(s) e1007324, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007324

Cryptic genetic variation accelerates evolution by opening access to diverse adaptive peaks

Auteurs: Jia Zheng, Joshua L. Payne, Andreas Wagner
Publié dans: Science, Numéro 365/6451, 2019, Page(s) 347-353, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax1837

The causes of evolvability and their evolution

Auteurs: Joshua L. Payne, Andreas Wagner
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 20/1, 2019, Page(s) 24-38, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-018-0069-z

Chaperonin overproduction and metabolic erosion caused by mutation accumulation in Escherichia coli

Auteurs: Aguilar-Rodríguez, José; Fares, Mario A; Wagner, Andreas
Publié dans: Aguilar-Rodríguez, José; Fares, Mario A; Wagner, Andreas (2019). Chaperonin overproduction and metabolic erosion caused by mutation accumulation in Escherichia coli. FEMS Microbiology Letters, 366(10):fnz121., Numéro 1, 2019, ISSN 0378-1097
Éditeur: Blackwell
DOI: 10.5167/uzh-182142

GroEL/S Overexpression Helps to Purge Deleterious Mutations and Reduce Genetic Diversity during Adaptive Protein Evolution

Auteurs: Iyengar, Bharat Ravi; Wagner, Andreas
Publié dans: Moelecular Biology and Evolution, Numéro Volume 39, 2022, Page(s) Numéro 6, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msac047

Short Residence Times of DNA-Bound Transcription Factors Can Reduce Gene Expression Noise and Increase the Transmission of Information in a Gene Regulation System

Auteurs: Eugenio Azpeitia, Andreas Wagner
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 7, 2020, ISSN 2296-889X
Éditeur: frontiers in molecular biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2020.00067

Low protein expression enhances phenotypic evolvability by intensifying selection on folding stability

Auteurs: Karve, Shraddha; Dasmeh, Pouria; Zheng, Jia; Wagner, Andreas
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 6, 2022, Page(s) 1155–1164, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-022-01797-w

Adaptive evolvability through direct selection instead of indirect, second-order selection.

Auteurs: Wagner, Andreas
Publié dans: Journal of Experimental Zoology. Part B: Molecular and Developmental Evolution:Epub ahead of print., Numéro 42, 2021, ISSN 1552-5007
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/jez.b.23071

Information theory can help quantify the potential of new phenotypes to originate as exaptations.

Auteurs: Wagner, Andreas
Publié dans: Frontiers in Ecology and Evolution, 8:564071., 2020, ISSN 2296-701X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fevo.2020.564071

Bacterial Hsp90 predominantly buffers but does not potentiate the phenotypic effects of deleterious mutations during fluorescent protein evolution.

Auteurs: Iyengar, Bharat Ravi; Wagner, Andreas
Publié dans: Genetics, Numéro Vol. 222, Numéro 4, December 2022, 2022, Page(s) iyac154, ISSN 1943-2631
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/genetics/iyac154