Evolution of regulatory landscapes at multiple timescales

Informations projet

Evoland

N° de convention de subvention: 740041

DOI 10.3030/740041

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Juillet 2017

Date de début 1 Septembre 2017

Date de fin 31 Août 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 928 091,19

Contribution de l’UE € 1 928 091,19

Coordonné par

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

Publications

Peer reviewed articles (14)

Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures

Auteurs: Raquel García-Pérez, Paula Esteller-Cucala, Glòria Mas, Irene Lobón, Valerio Di Carlo, Meritxell Riera, Martin Kuhlwilm, Arcadi Navarro, Antoine Blancher, Luciano Di Croce, José Luis Gómez-Skarmeta, David Juan, Tomàs Marquès-Bonet
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23397-1

Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements

Auteurs: Lourdes Gallardo-Fuentes, José M. Santos-Pereira, Juan J. Tena
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2020.00339

Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications

Auteurs: María Touceda-Suárez, Elizabeth M Kita, Rafael D Acemel, Panos N Firbas, Marta S Magri, Silvia Naranjo, Juan J Tena, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Ignacio Maeso, Manuel Irimia
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 37/10, 2020, Page(s) 2857-2864, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa123

An evolutionary perspective of regulatory landscape dynamics in development and disease

Auteurs: Martin Franke, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Current Opinion in Cell Biology, Numéro 55, 2018, Page(s) 24-29, ISSN 0955-0674
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2018.06.009

Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation

Auteurs: Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de la Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra
Publié dans: Nature, Numéro 564/7734, 2018, Page(s) 64-70, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0734-6

Evolution of embryonic cis-regulatory landscapes between divergent Phallusia and Ciona ascidians

Auteurs: Alicia Madgwick, Marta Silvia Magri, Christelle Dantec, Damien Gailly, Ulla-Maj Fiuza, Léo Guignard, Sabrina Hettinger, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Patrick Lemaire
Publié dans: Developmental Biology, 2019, ISSN 0012-1606
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ydbio.2019.01.003

A conserved Shh cis-regulatory module highlights a common developmental origin of unpaired and paired fins

Auteurs: Joaquín Letelier, Elisa de la Calle-Mustienes, Joyce Pieretti, Silvia Naranjo, Ignacio Maeso, Tetsuya Nakamura, Juan Pascual-Anaya, Neil H. Shubin, Igor Schneider, Juan Ramón Martinez-Morales, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 50/4, 2018, Page(s) 504-509, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0080-5

4Cin: A computational pipeline for 3D genome modeling and virtual Hi-C analyses from 4C data

Auteurs: Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, Ignacio Maeso, José Luis Gómez-Skarmeta, Damien P. Devos
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 14/3, 2018, Page(s) e1006030, ISSN 1553-7358
Éditeur: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006030

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum

Auteurs: José Luis Ruiz, Juan J Tena, Cristina Bancells, Alfred Cortés, José Luis Gómez-Skarmeta, Elena Gómez-Díaz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/18, 2018, Page(s) 9414-9431, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky643

Genetic regulation of amphioxus somitogenesis informs the evolution of the vertebrate head mesoderm

Auteurs: Daniel Aldea, Lucie Subirana, Celine Keime, Lydvina Meister, Ignacio Maeso, Sylvain Marcellini, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 3/8, 2019, Page(s) 1233-1240, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0933-z

Assaying Chromatin Accessibility Using ATAC-Seq in Invertebrate Chordate Embryos

Auteurs: Marta Silvia Magri, Sandra Jiménez-Gancedo, Stephanie Bertrand, Alicia Madgwick, Hector Escrivà, Patrick Lemaire, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 7, 2020, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2019.00372

Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification

Auteurs: José M. Santos-Pereira, Lourdes Gallardo-Fuentes, Ana Neto, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11121-z

Conservative route to genome compaction in a miniature annelid

Auteurs: José M. Martín-Durán, Bruno C. Vellutini, Ferdinand Marlétaz, Viviana Cetrangolo, Nevena Cvetesic, Daniel Thiel, Simon Henriet, Xavier Grau-Bové, Allan M. Carrillo-Baltodano, Wenjia Gu, Alexandra Kerbl, Yamile Marquez, Nicolas Bekkouche, Daniel Chourrout, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Manuel Irimia, Boris Lenhard, Katrine Worsaae, Andreas Hejnol
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 5/2, 2021, Page(s) 231-242, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01327-6

CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression

Auteurs: Martin Franke, Elisa De la Calle-Mustienes, Ana Neto, María Almuedo-Castillo, Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, José M. Santos-Pereira, José L. Gómez-Skarmeta
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25604-5

Non-peer reviewed articles (1)

Gain of gene regulatory network interconnectivity at the origin of vertebrates

Auteurs: Alejandro Gil-Gálvez; Sandra Jiménez-Gancedo; Rafael D. Acemel; Stéphanie Bertrand; Michael Schubert; Hector Escriva; Juan J. Tena; José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: BioRxiv, Numéro April 27, 2020, 2020, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.04.25.061077