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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Evolution of regulatory landscapes at multiple timescales

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Raquel García-Pérez, Paula Esteller-Cucala, Glòria Mas, Irene Lobón, Valerio Di Carlo, Meritxell Riera, Martin Kuhlwilm, Arcadi Navarro, Antoine Blancher, Luciano Di Croce, José Luis Gómez-Skarmeta, David Juan, Tomàs Marquès-Bonet
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23397-1

Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lourdes Gallardo-Fuentes, José M. Santos-Pereira, Juan J. Tena
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2020.00339

Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: María Touceda-Suárez, Elizabeth M Kita, Rafael D Acemel, Panos N Firbas, Marta S Magri, Silvia Naranjo, Juan J Tena, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Ignacio Maeso, Manuel Irimia
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 37/10, 2020, Page(s) 2857-2864, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa123

An evolutionary perspective of regulatory landscape dynamics in development and disease (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Martin Franke, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Current Opinion in Cell Biology, Numéro 55, 2018, Page(s) 24-29, ISSN 0955-0674
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2018.06.009

Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de la Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra
Publié dans: Nature, Numéro 564/7734, 2018, Page(s) 64-70, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0734-6

Evolution of embryonic cis-regulatory landscapes between divergent Phallusia and Ciona ascidians (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Alicia Madgwick, Marta Silvia Magri, Christelle Dantec, Damien Gailly, Ulla-Maj Fiuza, Léo Guignard, Sabrina Hettinger, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Patrick Lemaire
Publié dans: Developmental Biology, 2019, ISSN 0012-1606
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ydbio.2019.01.003

A conserved Shh cis-regulatory module highlights a common developmental origin of unpaired and paired fins (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Joaquín Letelier, Elisa de la Calle-Mustienes, Joyce Pieretti, Silvia Naranjo, Ignacio Maeso, Tetsuya Nakamura, Juan Pascual-Anaya, Neil H. Shubin, Igor Schneider, Juan Ramón Martinez-Morales, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 50/4, 2018, Page(s) 504-509, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0080-5

4Cin: A computational pipeline for 3D genome modeling and virtual Hi-C analyses from 4C data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, Ignacio Maeso, José Luis Gómez-Skarmeta, Damien P. Devos
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 14/3, 2018, Page(s) e1006030, ISSN 1553-7358
Éditeur: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006030

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: José Luis Ruiz, Juan J Tena, Cristina Bancells, Alfred Cortés, José Luis Gómez-Skarmeta, Elena Gómez-Díaz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/18, 2018, Page(s) 9414-9431, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky643

Genetic regulation of amphioxus somitogenesis informs the evolution of the vertebrate head mesoderm (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Daniel Aldea, Lucie Subirana, Celine Keime, Lydvina Meister, Ignacio Maeso, Sylvain Marcellini, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 3/8, 2019, Page(s) 1233-1240, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0933-z

Assaying Chromatin Accessibility Using ATAC-Seq in Invertebrate Chordate Embryos (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Marta Silvia Magri, Sandra Jiménez-Gancedo, Stephanie Bertrand, Alicia Madgwick, Hector Escrivà, Patrick Lemaire, José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 7, 2020, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2019.00372

Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: José M. Santos-Pereira, Lourdes Gallardo-Fuentes, Ana Neto, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11121-z

Conservative route to genome compaction in a miniature annelid (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: José M. Martín-Durán, Bruno C. Vellutini, Ferdinand Marlétaz, Viviana Cetrangolo, Nevena Cvetesic, Daniel Thiel, Simon Henriet, Xavier Grau-Bové, Allan M. Carrillo-Baltodano, Wenjia Gu, Alexandra Kerbl, Yamile Marquez, Nicolas Bekkouche, Daniel Chourrout, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Manuel Irimia, Boris Lenhard, Katrine Worsaae, Andreas Hejnol
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 5/2, 2021, Page(s) 231-242, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01327-6

CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Martin Franke, Elisa De la Calle-Mustienes, Ana Neto, María Almuedo-Castillo, Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, José M. Santos-Pereira, José L. Gómez-Skarmeta
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25604-5

Gain of gene regulatory network interconnectivity at the origin of vertebrates (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Alejandro Gil-Gálvez; Sandra Jiménez-Gancedo; Rafael D. Acemel; Stéphanie Bertrand; Michael Schubert; Hector Escriva; Juan J. Tena; José Luis Gómez-Skarmeta
Publié dans: BioRxiv, Numéro April 27, 2020, 2020, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.04.25.061077

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