Evolution of regulatory landscapes at multiple timescales

Projektinformationen

Evoland

ID Finanzhilfevereinbarung: 740041

DOI 10.3030/740041

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Juli 2017

Startdatum 1 September 2017

Enddatum 31 August 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 1 928 091,19

EU-Beitrag € 1 928 091,19

Koordiniert durch

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures

Autoren: Raquel García-Pérez, Paula Esteller-Cucala, Glòria Mas, Irene Lobón, Valerio Di Carlo, Meritxell Riera, Martin Kuhlwilm, Arcadi Navarro, Antoine Blancher, Luciano Di Croce, José Luis Gómez-Skarmeta, David Juan, Tomàs Marquès-Bonet
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23397-1

Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements

Autoren: Lourdes Gallardo-Fuentes, José M. Santos-Pereira, Juan J. Tena
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 11, 2020, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2020.00339

Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications

Autoren: María Touceda-Suárez, Elizabeth M Kita, Rafael D Acemel, Panos N Firbas, Marta S Magri, Silvia Naranjo, Juan J Tena, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Ignacio Maeso, Manuel Irimia
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 37/10, 2020, Seite(n) 2857-2864, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa123

An evolutionary perspective of regulatory landscape dynamics in development and disease

Autoren: Martin Franke, José Luis Gómez-Skarmeta
Veröffentlicht in: Current Opinion in Cell Biology, Ausgabe 55, 2018, Seite(n) 24-29, ISSN 0955-0674
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2018.06.009

Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation

Autoren: Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de la Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 564/7734, 2018, Seite(n) 64-70, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0734-6

Evolution of embryonic cis-regulatory landscapes between divergent Phallusia and Ciona ascidians

Autoren: Alicia Madgwick, Marta Silvia Magri, Christelle Dantec, Damien Gailly, Ulla-Maj Fiuza, Léo Guignard, Sabrina Hettinger, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Patrick Lemaire
Veröffentlicht in: Developmental Biology, 2019, ISSN 0012-1606
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ydbio.2019.01.003

A conserved Shh cis-regulatory module highlights a common developmental origin of unpaired and paired fins

Autoren: Joaquín Letelier, Elisa de la Calle-Mustienes, Joyce Pieretti, Silvia Naranjo, Ignacio Maeso, Tetsuya Nakamura, Juan Pascual-Anaya, Neil H. Shubin, Igor Schneider, Juan Ramón Martinez-Morales, José Luis Gómez-Skarmeta
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 50/4, 2018, Seite(n) 504-509, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0080-5

4Cin: A computational pipeline for 3D genome modeling and virtual Hi-C analyses from 4C data

Autoren: Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, Ignacio Maeso, José Luis Gómez-Skarmeta, Damien P. Devos
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 14/3, 2018, Seite(n) e1006030, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006030

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum

Autoren: José Luis Ruiz, Juan J Tena, Cristina Bancells, Alfred Cortés, José Luis Gómez-Skarmeta, Elena Gómez-Díaz
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/18, 2018, Seite(n) 9414-9431, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky643

Genetic regulation of amphioxus somitogenesis informs the evolution of the vertebrate head mesoderm

Autoren: Daniel Aldea, Lucie Subirana, Celine Keime, Lydvina Meister, Ignacio Maeso, Sylvain Marcellini, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 3/8, 2019, Seite(n) 1233-1240, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0933-z

Assaying Chromatin Accessibility Using ATAC-Seq in Invertebrate Chordate Embryos

Autoren: Marta Silvia Magri, Sandra Jiménez-Gancedo, Stephanie Bertrand, Alicia Madgwick, Hector Escrivà, Patrick Lemaire, José Luis Gómez-Skarmeta
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 7, 2020, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2019.00372

Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification

Autoren: José M. Santos-Pereira, Lourdes Gallardo-Fuentes, Ana Neto, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11121-z

Conservative route to genome compaction in a miniature annelid

Autoren: José M. Martín-Durán, Bruno C. Vellutini, Ferdinand Marlétaz, Viviana Cetrangolo, Nevena Cvetesic, Daniel Thiel, Simon Henriet, Xavier Grau-Bové, Allan M. Carrillo-Baltodano, Wenjia Gu, Alexandra Kerbl, Yamile Marquez, Nicolas Bekkouche, Daniel Chourrout, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Manuel Irimia, Boris Lenhard, Katrine Worsaae, Andreas Hejnol
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 5/2, 2021, Seite(n) 231-242, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01327-6

CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression

Autoren: Martin Franke, Elisa De la Calle-Mustienes, Ana Neto, María Almuedo-Castillo, Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, José M. Santos-Pereira, José L. Gómez-Skarmeta
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25604-5

Non-peer reviewed articles (1)

Gain of gene regulatory network interconnectivity at the origin of vertebrates

Autoren: Alejandro Gil-Gálvez; Sandra Jiménez-Gancedo; Rafael D. Acemel; Stéphanie Bertrand; Michael Schubert; Hector Escriva; Juan J. Tena; José Luis Gómez-Skarmeta
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe April 27, 2020, 2020, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.04.25.061077