Evolution of regulatory landscapes at multiple timescales

Informacje na temat projektu

Evoland

Identyfikator umowy o grant: 740041

DOI 10.3030/740041

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 20 Lipca 2017

Data rozpoczęcia 1 Września 2017

Data zakończenia 31 Sierpnia 2021

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity € 1 928 091,19

Wkład UE € 1 928 091,19

Koordynowany przez

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

Publikacje

Peer reviewed articles (14)

Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures

Autorzy: Raquel García-Pérez, Paula Esteller-Cucala, Glòria Mas, Irene Lobón, Valerio Di Carlo, Meritxell Riera, Martin Kuhlwilm, Arcadi Navarro, Antoine Blancher, Luciano Di Croce, José Luis Gómez-Skarmeta, David Juan, Tomàs Marquès-Bonet
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23397-1

Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements

Autorzy: Lourdes Gallardo-Fuentes, José M. Santos-Pereira, Juan J. Tena
Opublikowane w: Frontiers in Genetics, Numer 11, 2020, ISSN 1664-8021
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2020.00339

Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications

Autorzy: María Touceda-Suárez, Elizabeth M Kita, Rafael D Acemel, Panos N Firbas, Marta S Magri, Silvia Naranjo, Juan J Tena, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Ignacio Maeso, Manuel Irimia
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, Numer 37/10, 2020, Strona(/y) 2857-2864, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa123

An evolutionary perspective of regulatory landscape dynamics in development and disease

Autorzy: Martin Franke, José Luis Gómez-Skarmeta
Opublikowane w: Current Opinion in Cell Biology, Numer 55, 2018, Strona(/y) 24-29, ISSN 0955-0674
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2018.06.009

Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation

Autorzy: Ferdinand Marlétaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de la Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra
Opublikowane w: Nature, Numer 564/7734, 2018, Strona(/y) 64-70, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0734-6

Evolution of embryonic cis-regulatory landscapes between divergent Phallusia and Ciona ascidians

Autorzy: Alicia Madgwick, Marta Silvia Magri, Christelle Dantec, Damien Gailly, Ulla-Maj Fiuza, Léo Guignard, Sabrina Hettinger, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Patrick Lemaire
Opublikowane w: Developmental Biology, 2019, ISSN 0012-1606
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ydbio.2019.01.003

A conserved Shh cis-regulatory module highlights a common developmental origin of unpaired and paired fins

Autorzy: Joaquín Letelier, Elisa de la Calle-Mustienes, Joyce Pieretti, Silvia Naranjo, Ignacio Maeso, Tetsuya Nakamura, Juan Pascual-Anaya, Neil H. Shubin, Igor Schneider, Juan Ramón Martinez-Morales, José Luis Gómez-Skarmeta
Opublikowane w: Nature Genetics, Numer 50/4, 2018, Strona(/y) 504-509, ISSN 1061-4036
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-018-0080-5

4Cin: A computational pipeline for 3D genome modeling and virtual Hi-C analyses from 4C data

Autorzy: Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, Ignacio Maeso, José Luis Gómez-Skarmeta, Damien P. Devos
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 14/3, 2018, Strona(/y) e1006030, ISSN 1553-7358
Wydawca: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006030

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum

Autorzy: José Luis Ruiz, Juan J Tena, Cristina Bancells, Alfred Cortés, José Luis Gómez-Skarmeta, Elena Gómez-Díaz
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 46/18, 2018, Strona(/y) 9414-9431, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky643

Genetic regulation of amphioxus somitogenesis informs the evolution of the vertebrate head mesoderm

Autorzy: Daniel Aldea, Lucie Subirana, Celine Keime, Lydvina Meister, Ignacio Maeso, Sylvain Marcellini, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 3/8, 2019, Strona(/y) 1233-1240, ISSN 2397-334X
Wydawca: Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0933-z

Assaying Chromatin Accessibility Using ATAC-Seq in Invertebrate Chordate Embryos

Autorzy: Marta Silvia Magri, Sandra Jiménez-Gancedo, Stephanie Bertrand, Alicia Madgwick, Hector Escrivà, Patrick Lemaire, José Luis Gómez-Skarmeta
Opublikowane w: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numer 7, 2020, ISSN 2296-634X
Wydawca: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2019.00372

Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification

Autorzy: José M. Santos-Pereira, Lourdes Gallardo-Fuentes, Ana Neto, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11121-z

Conservative route to genome compaction in a miniature annelid

Autorzy: José M. Martín-Durán, Bruno C. Vellutini, Ferdinand Marlétaz, Viviana Cetrangolo, Nevena Cvetesic, Daniel Thiel, Simon Henriet, Xavier Grau-Bové, Allan M. Carrillo-Baltodano, Wenjia Gu, Alexandra Kerbl, Yamile Marquez, Nicolas Bekkouche, Daniel Chourrout, Jose Luis Gómez-Skarmeta, Manuel Irimia, Boris Lenhard, Katrine Worsaae, Andreas Hejnol
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 5/2, 2021, Strona(/y) 231-242, ISSN 2397-334X
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01327-6

CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression

Autorzy: Martin Franke, Elisa De la Calle-Mustienes, Ana Neto, María Almuedo-Castillo, Ibai Irastorza-Azcarate, Rafael D. Acemel, Juan J. Tena, José M. Santos-Pereira, José L. Gómez-Skarmeta
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25604-5

Non-peer reviewed articles (1)

Gain of gene regulatory network interconnectivity at the origin of vertebrates

Autorzy: Alejandro Gil-Gálvez; Sandra Jiménez-Gancedo; Rafael D. Acemel; Stéphanie Bertrand; Michael Schubert; Hector Escriva; Juan J. Tena; José Luis Gómez-Skarmeta
Opublikowane w: BioRxiv, Numer April 27, 2020, 2020, ISSN 2692-8205
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.04.25.061077