Designer recombinases for efficient and safe genome surgery

Informations projet

GENSURGE

N° de convention de subvention: 742133

DOI

10.3030/742133

Projet clôturé

Date de signature de la CE 27 Juin 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 30 Juin 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 380 425,00

Contribution de l’UE

€ 2 380 425,00

Coordonné par

TECHNISCHE UNIVERSITAET DRESDEN
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (13)

Prediction of designer-recombinases for DNA editing with generative deep learning

Auteurs: Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Florian Jug, Frank Buchholz
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35614-6

Quantification of evolved DNA-editing enzymes at scale with DEQSeq

Auteurs: Lukas Theo Schmitt, Aksana Schneider, Jonas Posorski, Felix Lansing, Milica Jelicic, Manavi Jain, Shady Sayed, Frank Buchholz, Duran Sürün
Publié dans: Genome Biology, Numéro 24, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03097-3

Activation of recombinases at specific DNA loci by zinc-finger domain insertions

Auteurs: Liliya Mukhametzyanova, Lukas Theo Schmitt, Julia Torres-Rivera, Teresa Rojo-Romanos, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Heike Hollak, Melanie Brux, Martina Augsburg, Paul Martin Schneider, Frank Buchholz
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 1 Feb 2024, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-02121-y

Discovery and characterization of novel Cre-type tyrosine site-specific recombinases for advanced genome engineering

Auteurs: Milica Jelicic, Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Angelika Walder, Nadja Schubert, Jenna Hoersten, Duran Sürün, Frank Buchholz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 51, 2023, Page(s) 5285-5297, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad366

Engineering spacer specificity of the Cre/loxP system

Auteurs: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Maciej Paszkowski-Rogacz, Giorgio Gilioli, Pedro Manuel Guillem-Gloria, Felix Lansing, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 8017-8031, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae481

Conformational dynamics promotes disordered regions from function-dispensable to essential in evolved site-specific DNA recombinases

Auteurs: Carla Guillén-Pingarrón, Pedro M Guillem-Gloria, Anjali Soni, Gloria Ruiz-Gómez, Martina Augsburg, Frank Buchholz, Massimiliano Anselmi, M Teresa Pisabarro
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro Volume 20, 2022, Page(s) 989-1001, ISSN 2001-0370
Éditeur: Research Network of Computational and Structural
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.01.010

Pairing of single mutations yields obligate Cre-type site-specific recombinases

Auteurs: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Felix Lansing, Teresa Rojo-Romanos, Lukas Theo Schmitt, Jan Sonntag, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro Volume 50 Numéro 2, 2022, Page(s) 1174–1186, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1240

Precise excision of HTLV-1 provirus with a designer-recombinase

Auteurs: Teresa Rojo-Romanos, Janet Karpinski, Sebastian Millen, Niklas Beschorner, Florian Simon, Maciej Paszkowski-Rogacz, Felix Lansing, Paul Martin Schneider, Jan Sonntag, Joachim Hauber, Andrea K. Thoma-Kress, Frank Buchholz
Publié dans: Molecular Therapy, Numéro 31, 2023, Page(s) 2266-2285, ISSN 1525-0016
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.ymthe.2023.03.014

A single reporter mouse line for Vika, Flp, Dre, and Cre-recombination

Auteurs: Madina Karimova, Oliver Baker, Aylin Camgoz, Ronald Naumann, Frank Buchholz, Konstantinos Anastassiadis
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-32802-7

Efficient Generation and Correction of Mutations in Human iPS Cells Utilizing mRNAs of CRISPR Base Editors and Prime Editors

Auteurs: Duran Sürün, Aksana Schneider, Jovan Mircetic, Katrin Neumann, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Vanessa Hänchen, Min Ae Lee-Kirsch, Frank Buchholz
Publié dans: Genes, Numéro 11/5, 2020, Page(s) 511, ISSN 2073-4425
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes11050511

A heterodimer of evolved designer-recombinases precisely excises a human genomic DNA locus

Auteurs: Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Lukas Theo Schmitt, Paul Martin Schneider, Teresa Rojo Romanos, Jan Sonntag, Frank Buchholz
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/1, 2019, Page(s) 472-485, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1078

Nearest-neighbor amino acids of specificity-determining residues influence the activity of engineered Cre-type recombinases

Auteurs: Anjali Soni, Martina Augsburg, Frank Buchholz, M. Teresa Pisabarro
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-70867-5

Correction of a Factor VIII genomic inversion with designer-recombinases

Auteurs: Felix Lansing, Liliya Mukhametzyanova, Teresa Rojo-Romanos, Kentaro Iwasawa, Masaki Kimura, Maciej Paszkowski-Rogacz, Janet Karpinski, Tobias Grass, Jan Sonntag, Paul Martin Schneider, Ceren Günes, Jenna Hoersten, Lukas Theo Schmitt, Natalia Rodriguez-Muela, Ralf Knöfler, Takanori Takebe & Frank Buchholz
Publié dans: Nature Communications, Numéro 422 (2022), 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28080-7