Designer recombinases for efficient and safe genome surgery

Projektinformationen

GENSURGE

ID Finanzhilfevereinbarung: 742133

DOI

10.3030/742133

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 27 Juni 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 30 Juni 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 380 425,00

EU-Beitrag

€ 2 380 425,00

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITAET DRESDEN
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (13)

Prediction of designer-recombinases for DNA editing with generative deep learning

Autoren: Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Florian Jug, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35614-6

Quantification of evolved DNA-editing enzymes at scale with DEQSeq

Autoren: Lukas Theo Schmitt, Aksana Schneider, Jonas Posorski, Felix Lansing, Milica Jelicic, Manavi Jain, Shady Sayed, Frank Buchholz, Duran Sürün
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03097-3

Activation of recombinases at specific DNA loci by zinc-finger domain insertions

Autoren: Liliya Mukhametzyanova, Lukas Theo Schmitt, Julia Torres-Rivera, Teresa Rojo-Romanos, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Heike Hollak, Melanie Brux, Martina Augsburg, Paul Martin Schneider, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 1 Feb 2024, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-02121-y

Discovery and characterization of novel Cre-type tyrosine site-specific recombinases for advanced genome engineering

Autoren: Milica Jelicic, Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Angelika Walder, Nadja Schubert, Jenna Hoersten, Duran Sürün, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 51, 2023, Seite(n) 5285-5297, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad366

Engineering spacer specificity of the Cre/loxP system

Autoren: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Maciej Paszkowski-Rogacz, Giorgio Gilioli, Pedro Manuel Guillem-Gloria, Felix Lansing, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 8017-8031, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae481

Conformational dynamics promotes disordered regions from function-dispensable to essential in evolved site-specific DNA recombinases

Autoren: Carla Guillén-Pingarrón, Pedro M Guillem-Gloria, Anjali Soni, Gloria Ruiz-Gómez, Martina Augsburg, Frank Buchholz, Massimiliano Anselmi, M Teresa Pisabarro
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe Volume 20, 2022, Seite(n) 989-1001, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Research Network of Computational and Structural
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.01.010

Pairing of single mutations yields obligate Cre-type site-specific recombinases

Autoren: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Felix Lansing, Teresa Rojo-Romanos, Lukas Theo Schmitt, Jan Sonntag, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe Volume 50 Ausgabe 2, 2022, Seite(n) 1174–1186, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1240

Precise excision of HTLV-1 provirus with a designer-recombinase

Autoren: Teresa Rojo-Romanos, Janet Karpinski, Sebastian Millen, Niklas Beschorner, Florian Simon, Maciej Paszkowski-Rogacz, Felix Lansing, Paul Martin Schneider, Jan Sonntag, Joachim Hauber, Andrea K. Thoma-Kress, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Molecular Therapy, Ausgabe 31, 2023, Seite(n) 2266-2285, ISSN 1525-0016
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.ymthe.2023.03.014

A single reporter mouse line for Vika, Flp, Dre, and Cre-recombination

Autoren: Madina Karimova, Oliver Baker, Aylin Camgoz, Ronald Naumann, Frank Buchholz, Konstantinos Anastassiadis
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-32802-7

Efficient Generation and Correction of Mutations in Human iPS Cells Utilizing mRNAs of CRISPR Base Editors and Prime Editors

Autoren: Duran Sürün, Aksana Schneider, Jovan Mircetic, Katrin Neumann, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Vanessa Hänchen, Min Ae Lee-Kirsch, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Genes, Ausgabe 11/5, 2020, Seite(n) 511, ISSN 2073-4425
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes11050511

A heterodimer of evolved designer-recombinases precisely excises a human genomic DNA locus

Autoren: Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Lukas Theo Schmitt, Paul Martin Schneider, Teresa Rojo Romanos, Jan Sonntag, Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/1, 2019, Seite(n) 472-485, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1078

Nearest-neighbor amino acids of specificity-determining residues influence the activity of engineered Cre-type recombinases

Autoren: Anjali Soni, Martina Augsburg, Frank Buchholz, M. Teresa Pisabarro
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-70867-5

Correction of a Factor VIII genomic inversion with designer-recombinases

Autoren: Felix Lansing, Liliya Mukhametzyanova, Teresa Rojo-Romanos, Kentaro Iwasawa, Masaki Kimura, Maciej Paszkowski-Rogacz, Janet Karpinski, Tobias Grass, Jan Sonntag, Paul Martin Schneider, Ceren Günes, Jenna Hoersten, Lukas Theo Schmitt, Natalia Rodriguez-Muela, Ralf Knöfler, Takanori Takebe & Frank Buchholz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 422 (2022), 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28080-7