Designer recombinases for efficient and safe genome surgery

Informazioni relative al progetto

GENSURGE

ID dell’accordo di sovvenzione: 742133

DOI

10.3030/742133

Progetto chiuso

Data della firma CE 27 Giugno 2017

Data di avvio 1 Gennaio 2018

Data di completamento 30 Giugno 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 380 425,00

Contributo UE

€ 2 380 425,00

Coordinato da

TECHNISCHE UNIVERSITAET DRESDEN
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (13)

Prediction of designer-recombinases for DNA editing with generative deep learning

Autori: Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Florian Jug, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35614-6

Quantification of evolved DNA-editing enzymes at scale with DEQSeq

Autori: Lukas Theo Schmitt, Aksana Schneider, Jonas Posorski, Felix Lansing, Milica Jelicic, Manavi Jain, Shady Sayed, Frank Buchholz, Duran Sürün
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 24, 2023, ISSN 1474-760X
Editore: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03097-3

Activation of recombinases at specific DNA loci by zinc-finger domain insertions

Autori: Liliya Mukhametzyanova, Lukas Theo Schmitt, Julia Torres-Rivera, Teresa Rojo-Romanos, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Heike Hollak, Melanie Brux, Martina Augsburg, Paul Martin Schneider, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 1 Feb 2024, 2024, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-02121-y

Discovery and characterization of novel Cre-type tyrosine site-specific recombinases for advanced genome engineering

Autori: Milica Jelicic, Lukas Theo Schmitt, Maciej Paszkowski-Rogacz, Angelika Walder, Nadja Schubert, Jenna Hoersten, Duran Sürün, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 51, 2023, Pagina/e 5285-5297, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad366

Engineering spacer specificity of the Cre/loxP system

Autori: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Maciej Paszkowski-Rogacz, Giorgio Gilioli, Pedro Manuel Guillem-Gloria, Felix Lansing, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 8017-8031, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae481

Conformational dynamics promotes disordered regions from function-dispensable to essential in evolved site-specific DNA recombinases

Autori: Carla Guillén-Pingarrón, Pedro M Guillem-Gloria, Anjali Soni, Gloria Ruiz-Gómez, Martina Augsburg, Frank Buchholz, Massimiliano Anselmi, M Teresa Pisabarro
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numero Volume 20, 2022, Pagina/e 989-1001, ISSN 2001-0370
Editore: Research Network of Computational and Structural
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.01.010

Pairing of single mutations yields obligate Cre-type site-specific recombinases

Autori: Jenna Hoersten, Gloria Ruiz-Gómez, Felix Lansing, Teresa Rojo-Romanos, Lukas Theo Schmitt, Jan Sonntag, M Teresa Pisabarro, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero Volume 50 Numero 2, 2022, Pagina/e 1174–1186, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1240

Precise excision of HTLV-1 provirus with a designer-recombinase

Autori: Teresa Rojo-Romanos, Janet Karpinski, Sebastian Millen, Niklas Beschorner, Florian Simon, Maciej Paszkowski-Rogacz, Felix Lansing, Paul Martin Schneider, Jan Sonntag, Joachim Hauber, Andrea K. Thoma-Kress, Frank Buchholz
Pubblicato in: Molecular Therapy, Numero 31, 2023, Pagina/e 2266-2285, ISSN 1525-0016
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.ymthe.2023.03.014

A single reporter mouse line for Vika, Flp, Dre, and Cre-recombination

Autori: Madina Karimova, Oliver Baker, Aylin Camgoz, Ronald Naumann, Frank Buchholz, Konstantinos Anastassiadis
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-32802-7

Efficient Generation and Correction of Mutations in Human iPS Cells Utilizing mRNAs of CRISPR Base Editors and Prime Editors

Autori: Duran Sürün, Aksana Schneider, Jovan Mircetic, Katrin Neumann, Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Vanessa Hänchen, Min Ae Lee-Kirsch, Frank Buchholz
Pubblicato in: Genes, Numero 11/5, 2020, Pagina/e 511, ISSN 2073-4425
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes11050511

A heterodimer of evolved designer-recombinases precisely excises a human genomic DNA locus

Autori: Felix Lansing, Maciej Paszkowski-Rogacz, Lukas Theo Schmitt, Paul Martin Schneider, Teresa Rojo Romanos, Jan Sonntag, Frank Buchholz
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 48/1, 2019, Pagina/e 472-485, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1078

Nearest-neighbor amino acids of specificity-determining residues influence the activity of engineered Cre-type recombinases

Autori: Anjali Soni, Martina Augsburg, Frank Buchholz, M. Teresa Pisabarro
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-70867-5

Correction of a Factor VIII genomic inversion with designer-recombinases

Autori: Felix Lansing, Liliya Mukhametzyanova, Teresa Rojo-Romanos, Kentaro Iwasawa, Masaki Kimura, Maciej Paszkowski-Rogacz, Janet Karpinski, Tobias Grass, Jan Sonntag, Paul Martin Schneider, Ceren Günes, Jenna Hoersten, Lukas Theo Schmitt, Natalia Rodriguez-Muela, Ralf Knöfler, Takanori Takebe & Frank Buchholz
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 422 (2022), 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28080-7