Tailored chemical complexity through evolution-inspired synthetic biology

Informations projet

SynPlex

N° de convention de subvention: 742739

DOI

10.3030/742739

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Mai 2017

Date de début 1 Août 2017

Date de fin 31 Juillet 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 495 755,00

Contribution de l’UE

€ 2 495 755,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (21)

A multiproducer microbiome generates chemical diversity in the marine sponge Mycale hentscheli

Auteurs: Michael Rust; Eric J. N. Helfrich; Michael F. Freeman; Pakjira Nanudorn; Christopher M. Field; Christian Rückert; Tomas Kündig; Michael J. Page; Victoria L. Webb; Jörn Kalinowski; Shinichi Sunagawa; Jörn Piel
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Numéro 2, 2020, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.3929/ethz-b-000413997

Modular Halogenation, α-Hydroxylation, and Acylation by a Remarkably Versatile Polyketide Synthase

Auteurs: Dr. Franziska Hemmerling,Dr. Roy A. Meoded,Dr. Amy E. Fraley,Hannah A. Minas,Cora L. Dieterich,Dr. Michael Rust,Dr. Reiko Ueoka,Dr. Katja Jensen,Prof. Dr. Eric J. N. Helfrich,Cedric Bergande,Maurice Biedermann,Dr. Nancy Magnus,Prof. Dr. Birgit Piechulla, Prof. Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, 2022, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202116614

Comparative Genomics Underlines Multiple Roles of Profftella, an Obligate Symbiont of Psyllids: Providing Toxins, Vitamins, and Carotenoids.

Auteurs: Atsushi Nakabachi; Jörn Piel; Igor Malenovský; Yuu Hirose
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 1, 2020, Page(s) 1975–1987, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.3929/ethz-b-000451415

In Vivo Production of Diverse beta-Amino Acid-Containing Proteins

Auteurs: Edgars Lakis; Sarolt Magyari; Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie. International Edition, 61 (29), Numéro 3, 2022, Page(s) e202202695, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202202695

Toblerols, Cyclopropanol-Containing Modulators of Methylobacterial Antibiosis Generated by an Unusual Polyketide Synthase

Auteurs: Ueoka, Reiko Bortfeld-Miller, Miriam Morinaka, Brandon I. Vorholt, Julia A. Piel, Jörn
Publié dans: Angewandte Chemie (international Edition), 2017, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201709056

Genome-based discovery and total synthesis of janustatins, potent cytotoxins from a plant-associated bacterium

Auteurs: Reiko Ueoka, Philipp Sondermann, Stefan Leopold-Messer, Yizhou Liu, Rei Suo, Agneya Bhushan, Lida Vadakumchery, Ute Greczmiel, Yoko Yashiroda, Hiromi Kimura, Shinichi Nishimura, Yojiro Hoshikawa, Minoru Yoshida, Annette Oxenius, Shigeki Matsunaga, R. Thomas Williamson, Erick M. Carreira, Jörn Piel
Publié dans: Nature Chemistry, 2022, ISSN 1755-4330
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-022-01020-0

Engineering the stambomycin modular polyketide synthase yields 37-membered mini-stambomycins

Auteurs: Li Su, Laurence Hôtel, Cédric Paris, Clara Chepkirui, Alexander O Brachmann, Jörn Piel, Christophe Jacob, Bertrand Aigle, Kira J Weissman
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-27955-z

Opening up the Single‐Cell Toolbox for Microbial Natural Products Research

Auteurs: Jackson K. B. Cahn; Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 4, 2021, Page(s) 18412-18428, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201900532

Genome Mining of Oxidation Modules in trans ‐Acyltransferase Polyketide Synthases Reveals a Culturable Source for Lobatamides

Auteurs: Reiko Ueoka, Roy A. Meoded, Alejandro Gran‐Scheuch, Agneya Bhushan, Marco W. Fraaije, Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 59/20, 2020, Page(s) 7761-7765, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201916005

A Polyketide Synthase Component for Oxygen Insertion into Polyketide Backbones

Auteurs: Roy A. Meoded, Reiko Ueoka, Eric J. N. Helfrich, Katja Jensen, Nancy Magnus, Birgit Piechulla, Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 57/36, 2018, Page(s) 11644-11648, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201805363

Bipartite interactions, antibiotic production and biosynthetic potential of the Arabidopsis leaf microbiome

Auteurs: Eric J. N. Helfrich, Christine M. Vogel, Reiko Ueoka, Martin Schäfer, Florian Ryffel, Daniel B. Müller, Silke Probst, Markus Kreuzer, Jörn Piel, Julia A. Vorholt
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 3/8, 2018, Page(s) 909-919, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s41564-018-0200-0

Natural noncanonical protein splicing yields products with diverse β-amino acid residues

Auteurs: Brandon I. Morinaka, Edgars Lakis, Marjan Verest, Maximilian J. Helf, Thibault Scalvenzi, Anna L. Vagstad, James Sims, Shinichi Sunagawa, Muriel Gugger, Jörn Piel
Publié dans: Science, Numéro 359/6377, 2018, Page(s) 779-782, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao0157

Genome-Based Identification of a Plant-Associated Marine Bacterium as a Rich Natural Product Source

Auteurs: Reiko Ueoka, Agneya Bhushan, Silke I. Probst, Walter M. Bray, R. Scott Lokey, Roger G. Linington, Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 57/44, 2018, Page(s) 14519-14523, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201805673

Structural and Functional Studies of a Pyran Synthase Domain from a trans -Acyltransferase Assembly Line

Auteurs: Drew T. Wagner, Zhicheng Zhang, Roy A. Meoded, Alexis J. Cepeda, Jörn Piel, Adrian T. Keatinge-Clay
Publié dans: ACS Chemical Biology, Numéro 13/4, 2018, Page(s) 975-983, ISSN 1554-8929
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.8b00049

Automated structure prediction of trans-acyltransferase polyketide synthase products

Auteurs: Eric J. N. Helfrich, Reiko Ueoka, Alon Dolev, Michael Rust, Roy A. Meoded, Agneya Bhushan, Gianmaria Califano, Rodrigo Costa, Muriel Gugger, Christoph Steinbeck, Pablo Moreno, Jörn Piel
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 15/8, 2019, Page(s) 813-821, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0313-7

Effect of tolytoxin on tunneling nanotube formation and function

Auteurs: Aysegul Dilsizoglu Senol, Anna Pepe, Clara Grudina, Nathalie Sassoon, Ueoka Reiko, Luc Bousset, Ronald Melki, Jörn Piel, Muriel Gugger, Chiara Zurzolo
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-42161-6

Genome mining- and synthetic biology-enabled production of hypermodified peptides

Auteurs: Agneya Bhushan, Peter J. Egli, Eike E. Peters, Michael F. Freeman, Jörn Piel
Publié dans: Nature Chemistry, Numéro 11/10, 2019, Page(s) 931-939, ISSN 1755-4330
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41557-019-0323-9

The hidden enzymology of bacterial natural product biosynthesis

Auteurs: Thomas A. Scott, Jörn Piel
Publié dans: Nature Reviews Chemistry, Numéro 3/7, 2019, Page(s) 404-425, ISSN 2397-3358
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s41570-019-0107-1

Structure of a Promiscuous Thioesterase Domain Responsible for Branching Acylation in Polyketide Biosynthesis

Auteurs: Amy E. Fraley, Cora L. Dieterich, Mathijs F. J. Mabesoone, Hannah A. Minas, Roy A Meoded, Franziska Hemmerling, Jörn Piel
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, 2022, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202206385

Evolution of combinatorial diversity in trans-acyltransferase polyketide synthase assembly lines across bacteria

Auteurs: Eric J. N. Helfrich, Reiko Ueoka, Marc G. Chevrette, Franziska Hemmerling, Xiaowen Lu, Stefan Leopold-Messer, Hannah A. Minas, Adrien Y. Burch, Steven E. Lindow, Jörn Piel & Marnix H. Medema
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21163-x

Strategies to access biosynthetic novelty in bacterial genomes for drug discovery

Auteurs: Franziska Hemmerling; Jörn Piel
Publié dans: Nature Reviews Drug Discovery, 21 (5), Numéro 2, 2022, ISSN 1474-1776
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41573-022-00414-6

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

USE OF RADICAL S-ADENOSYL METHIONINE (SAM) ENZYMES FOR INTRODUCING α-KETO-β3-AMINO ACIDS INTO (POLY)PEPTIDES

Numéro de demande/publication: 20 18050225
Date: 2018-01-05
Demandeur(s): EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH