Mapping connections in signaling networks with ambiguous modularity
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Auteurs:
Daniel Lill, Oleksii S. Rukhlenko, Anthony James Mc Elwee, Eugene Kashdan, Jens Timmer, Boris N. Kholodenko
Publié dans:
npj Systems Biology and Applications, Numéro 5/1, 2019, ISSN 2056-7189
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.1038/s41540-019-0096-1
Reconstructing static and dynamic models of signaling pathways using Modular Response Analysis
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Auteurs:
Tapesh Santra, Oleksii Rukhlenko, Vadim Zhernovkov, Boris N. Kholodenko
Publié dans:
Current Opinion in Systems Biology, Numéro 9, 2018, Page(s) 11-21, ISSN 2452-3100
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.coisb.2018.02.003
New insights into RAS biology reinvigorate interest in mathematical modeling of RAS signaling
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Auteurs:
Keesha E. Erickson, Oleksii S. Rukhlenko, Richard G. Posner, William S. Hlavacek, Boris N. Kholodenko
Publié dans:
Seminars in Cancer Biology, Numéro 54, 2019, Page(s) 162-173, ISSN 1044-579X
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.semcancer.2018.02.008
Dissecting RAF Inhibitor Resistance by Structure-based Modeling Reveals Ways to Overcome Oncogenic RAS Signaling
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Auteurs:
Oleksii S. Rukhlenko, Fahimeh Khorsand, Aleksandar Krstic, Jan Rozanc, Leonidas G. Alexopoulos, Nora Rauch, Keesha E. Erickson, William S. Hlavacek, Richard G. Posner, Silvia Gómez-Coca, Edina Rosta, Cheree Fitzgibbon, David Matallanas, Jens Rauch, Walter Kolch, Boris N. Kholodenko
Publié dans:
Cell Systems, Numéro 7/2, 2018, Page(s) 161-179.e14, ISSN 2405-4712
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.cels.2018.06.002
Impact of measurement noise, experimental design, and estimation methods on Modular Response Analysis based network reconstruction
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Auteurs:
Caterina Thomaseth, Dirk Fey, Tapesh Santra, Oleksii S. Rukhlenko, Nicole E. Radde, Boris N. Kholodenko
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-018-34353-3
Modeling cell line-specific recruitment of signaling proteins to the insulin-like growth factor 1 receptor
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Auteurs:
Keesha E. Erickson, Oleksii S. Rukhlenko, Md Shahinuzzaman, Kalina P. Slavkova, Yen Ting Lin, Ryan Suderman, Edward C. Stites, Marian Anghel, Richard G. Posner, Dipak Barua, Boris N. Kholodenko, William S. Hlavacek
Publié dans:
PLOS Computational Biology, Numéro 15/1, 2019, Page(s) e1006706, ISSN 1553-7358
Éditeur:
Public Library of Science (United States)
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1006706
