Mapping connections in signaling networks with ambiguous modularity
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Autori:
Daniel Lill, Oleksii S. Rukhlenko, Anthony James Mc Elwee, Eugene Kashdan, Jens Timmer, Boris N. Kholodenko
Pubblicato in:
npj Systems Biology and Applications, Numero 5/1, 2019, ISSN 2056-7189
Editore:
Springer Nature
DOI:
10.1038/s41540-019-0096-1
Reconstructing static and dynamic models of signaling pathways using Modular Response Analysis
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Autori:
Tapesh Santra, Oleksii Rukhlenko, Vadim Zhernovkov, Boris N. Kholodenko
Pubblicato in:
Current Opinion in Systems Biology, Numero 9, 2018, Pagina/e 11-21, ISSN 2452-3100
Editore:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.coisb.2018.02.003
New insights into RAS biology reinvigorate interest in mathematical modeling of RAS signaling
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Autori:
Keesha E. Erickson, Oleksii S. Rukhlenko, Richard G. Posner, William S. Hlavacek, Boris N. Kholodenko
Pubblicato in:
Seminars in Cancer Biology, Numero 54, 2019, Pagina/e 162-173, ISSN 1044-579X
Editore:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.semcancer.2018.02.008
Dissecting RAF Inhibitor Resistance by Structure-based Modeling Reveals Ways to Overcome Oncogenic RAS Signaling
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Autori:
Oleksii S. Rukhlenko, Fahimeh Khorsand, Aleksandar Krstic, Jan Rozanc, Leonidas G. Alexopoulos, Nora Rauch, Keesha E. Erickson, William S. Hlavacek, Richard G. Posner, Silvia Gómez-Coca, Edina Rosta, Cheree Fitzgibbon, David Matallanas, Jens Rauch, Walter Kolch, Boris N. Kholodenko
Pubblicato in:
Cell Systems, Numero 7/2, 2018, Pagina/e 161-179.e14, ISSN 2405-4712
Editore:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.cels.2018.06.002
Impact of measurement noise, experimental design, and estimation methods on Modular Response Analysis based network reconstruction
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Autori:
Caterina Thomaseth, Dirk Fey, Tapesh Santra, Oleksii S. Rukhlenko, Nicole E. Radde, Boris N. Kholodenko
Pubblicato in:
Scientific Reports, Numero 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Editore:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-018-34353-3
Modeling cell line-specific recruitment of signaling proteins to the insulin-like growth factor 1 receptor
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Autori:
Keesha E. Erickson, Oleksii S. Rukhlenko, Md Shahinuzzaman, Kalina P. Slavkova, Yen Ting Lin, Ryan Suderman, Edward C. Stites, Marian Anghel, Richard G. Posner, Dipak Barua, Boris N. Kholodenko, William S. Hlavacek
Pubblicato in:
PLOS Computational Biology, Numero 15/1, 2019, Pagina/e e1006706, ISSN 1553-7358
Editore:
Public Library of Science (United States)
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1006706
