Chromatin Packing and Architectural Proteins in Plants

Informations projet

CHROMATADS

N° de convention de subvention: 757600

DOI 10.3030/757600

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Août 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 31 Decembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 498 216,00

Contribution de l’UE € 1 498 216,00

Coordonné par

UNIVERSITAET HOHENHEIM
Germany

Publications

Peer reviewed articles (14)

Identification of the sex-determining factor in the liverwort Marchantia polymorpha reveals unique evolution of sex chromosomes in a haploid system

Auteurs: Miyuki Iwasaki, Tomoaki Kajiwara, Yukiko Yasui, Yoshihiro Yoshitake, Motoki Miyazaki, Shogo Kawamura, Noriyuki Suetsugu, Ryuichi Nishihama, Shohei Yamaoka, Dierk Wanke, Kenji Hashimoto, Kazuyuki Kuchitsu, Sean A. Montgomery, Shilpi Singh, Yasuhiro Tanizawa, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasukazu Nakamura, Chang Liu, Frédéric Berger, Katsuyuki T. Yamato, John L. Bowman, Takayuki
Publié dans: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.023

Spatial features and functional implications of plant 3D genomes organization

Auteurs: Katherine Domb, Nan Wang, Guillaume Hummel, Chang Liu
Publié dans: Annual Review of Plant Biology, 2022, ISSN 1543-5008
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-arplant-102720-022810

Characterization of a Plant Nuclear Matrix Constituent Protein in Liverwort

Auteurs: Nan Wang, Ezgi Süheyla Karaaslan, Natalie Faiss, Kenneth Wayne Berendzen, Chang Liu
Publié dans: Frontiers in Plant Science, Numéro 12, 2021, ISSN 1664-462X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.670306

Polycomb-mediated repression of paternal chromosomes maintains haploid dosage in diploid embryos of Marchantia

Auteurs: Sean Akira Montgomery, Tetsuya Hisanaga, Nan Wang, Elin Axelsson, Svetlana Akimcheva, Milos Sramek, Chang Liu, Frédéric Berger
Publié dans: Elife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.79258

Isolation of Lineage Specific Nuclei Based on Distinct Endoreduplication Levels and Tissue-Specific Markers to Study Chromatin Accessibility Landscapes

Auteurs: Ezgi Süheyla Karaaslan, Natalie Faiß, Chang Liu, Kenneth Wayne Berendzen
Publié dans: Plants, Numéro 9/11, 2020, Page(s) 1478, ISSN 2223-7747
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/plants9111478

The plant nuclear lamina disassembles to regulate genome folding in stress conditions

Auteurs: Nan Wang, Zhidan Wang, Sofia Tzourtzou, Xu Wang, Xiuli Bi, Julia Leimeister, Linhao Xu, Takuya Sakamoto, Sachihiro Matsunaga, Andreas Schaller, Hua Jiang, and Chang Liu
Publié dans: Nature Plants, 2023, ISSN 2055-0278
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41477-023-01457-2

Organization and epigenomic control of RNA polymerase III-transcribed genes in plants

Auteurs: Guillaume Hummel, Chang Liu
Publié dans: Current Opinion in Plant Biology, 2022, ISSN 1369-5266
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pbi.2022.102199

Plant lamin-like proteins mediate chromatin tethering at the nuclear periphery

Auteurs: Bo Hu, Nan Wang, Xiuli Bi, Ezgi Süheyla Karaaslan, Anna-Lena Weber, Wangsheng Zhu, Kenneth Wayne Berendzen, Chang Liu
Publié dans: Genome Biology, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-019-1694-3

Three-dimensional chromatin packing and positioning of plant genomes

Auteurs: Ezgi Süheyla Doğan, Chang Liu
Publié dans: Nature Plants, Numéro 4/8, 2018, Page(s) 521-529, ISSN 2055-0278
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41477-018-0199-5

Implications of liquid–liquid phase separation in plant chromatin organization and transcriptional control

Auteurs: Nan Wang, Chang Liu
Publié dans: Current Opinion in Genetics & Development, Numéro 55, 2019, Page(s) 59-65, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.06.003

Chromatin domains in space and their functional implications

Auteurs: Frédéric Pontvianne, Chang Liu
Publié dans: Current Opinion in Plant Biology, Numéro 54, 2020, Page(s) 1-10, ISSN 1369-5266
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pbi.2019.11.005

Chromatin Organization in Early Land Plants Reveals an Ancestral Association between H3K27me3, Transposons, and Constitutive Heterochromatin

Auteurs: Sean A. Montgomery, Yasuhiro Tanizawa, Bence Galik, Nan Wang, Tasuku Ito, Takako Mochizuki, Svetlana Akimcheva, John L. Bowman, Valérie Cognat, Laurence Maréchal-Drouard, Heinz Ekker, Syuan-Fei Hong, Takayuki Kohchi, Shih-Shun Lin, Li-Yu Daisy Liu, Yasukazu Nakamura, Lia R. Valeeva, Eugene V. Shakirov, Dorothy E. Shippen, Wei-Lun Wei, Masaru Yagura, Shohei Yamaoka, Katsuyuki T. Yamato, Chang Liu
Publié dans: Current Biology, Numéro 30/4, 2020, Page(s) 573-588.e7, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.12.015

Tiding-up the plant nuclear space: domains, function and dynamics

Auteurs: Ana Paula Santos, Valérie Gaudin, Iva Mozgová, Frédéric Pontvianne, Daniel Schubert, Ahmet L Tek, Martina Dvořáčková, Chang Liu, Paul Fransz, Stefanie Rosa, Sara Farrona
Publié dans: Journal of Experimental Botany, 2020, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/eraa282

Marchantia TCP transcription factor activity correlates with three-dimensional chromatin structure

Auteurs: Ezgi Süheyla Karaaslan, Nan Wang, Natalie Faiß, Yuyu Liang, Sean A. Montgomery, Sascha Laubinger, Kenneth Wayne Berendzen, Frédéric Berger, Holger Breuninger, Chang Liu
Publié dans: Nature Plants, Numéro 6/10, 2020, Page(s) 1250-1261, ISSN 2055-0278
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41477-020-00766-0

Book chapters (1)

Study of Cell-Type-Specific Chromatin Organization: In Situ Hi-C Library Preparation for Low-Input Plant Materials

Auteurs: Nan Wang, Chang Liu
Publié dans: Plant Epigenetics and Epigenomics - Methods and Protocols, Numéro 2093, 2020, Page(s) 115-127, ISBN 978-1-0716-0178-5
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0179-2_9