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Epigenetic Diversity in Ecology

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Fact sheets and email list

Ecological Epigenetics fact sheets and email list

Veröffentlichungen

EpiDiverse Toolkit: a pipeline suite for the analysis of bisulfite sequencing data in ecological plant epigenetics

Autoren: Adam Nunn, Sultan Nilay Can, Christian Otto, Mario Fasold, Bárbara Díez Rodríguez, Noé Fernández-Pozo, Stefan A Rensing, Peter F Stadler, David Langenberger
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, Ausgabe Volume 3, Ausgabe 4, 2021, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford Academic

ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta

Autoren: Anis Meschichi; Mathieu Ingouff; Claire Picart; Marie Mirouze; Sophie Desset; Franck Gallardo; Kerstin Bystricky; Nathalie Picault; Stefanie Rosa; Frédéric Pontvianne
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.677849

DNA Methylation Can Mediate Local Adaptation and Response to Climate Change in the Clonal Plant Fragaria vesca: Evidence From a European-Scale Reciprocal Transplant Experiment

Autoren: Sammarco Iris; Münzbergová Zuzana; Latzel Vít
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Sciene, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.827166

epiGBS2: Improvements and evaluation of highly multiplexed, epiGBS‐based reduced representation bisulfite sequencing

Autoren: Gawehns, F; Postuma, M; van Antro, M; Nunn, A; Sepers, B; Fatma, S; van Gurp, TP; Wagemaker, CAM; Mateman, AC; Milanovic-Ivanovic, S; Grosse, I; van Oers, K; Vergeer, P; Verhoeven, KJF
Veröffentlicht in: Molecular Ecology Resources, Ausgabe 3, 2022, ISSN 1755-0998
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/1755-0998.13597

Playing with genetic and epigenetic concepts at the school: an Epigenetic Orchestra project

Autoren: Conchita Alonso; Yolanda Palomares
Veröffentlicht in: Evolution: Education and Outreach, Ausgabe 5, 2021, ISSN 1936-6434
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s12052-021-00146-y

Comprehensive benchmarking of software for mapping whole genome bisulfite data: from read alignment to DNA methylation analysis

Autoren: Adam Nunn, Christian Otto, Peter F Stadler, David Langenberger
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, 2021, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbab021

A Blind and Independent Benchmark Study for Detecting Differentially Methylated Regions in Plants

Autoren: Kreutz, Clemens; Can, Sultan Nilay; Schulze Bruening, Ralf; Meyberg, Rabea; Merai, Zsuzsanna; Fernandez-Pozo, Noe; Rensing, Stefan A.
Veröffentlicht in: BIOINFORMATICS, Ausgabe 3, 2020, ISSN 1460-2059
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa191

Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response

Autoren: Ariadna Picart-Picolo, Stefan Grob, Nathalie Picault, Michal Franek, Christel Llauro, Thierry Halter, Tom R. Maier, Edouard Jobet, Julie Descombin, Panpan Zhang, Vijayapalani Paramasivan, Thomas J. Baum, Lionel Navarro, Martina Dvořáčková, Marie Mirouze, Frédéric Pontvianne
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 30/11, 2020, Seite(n) 1583-1592, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.261586.120

Epigenetics in plant organismic interactions

Autoren: Daniela Ramos-Cruz, A. Niloya Troyee, Claude Becker
Veröffentlicht in: Current Opinion in Plant Biology, Ausgabe 61, 2021, Seite(n) 102060, ISSN 1369-5266
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pbi.2021.102060

The role of plant epigenetics in biotic interactions

Autoren: Conchita Alonso, Daniela Ramos‐Cruz, Claude Becker
Veröffentlicht in: New Phytologist, Ausgabe 221/2, 2018, Seite(n) 731-737, ISSN 0028-646X
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.15408

Epigenetic targeting of transposon relics: beating the dead horses of the genome?

Autoren: Sammarco Iris; Pieters Janto; Salony Susnata; Toman Izabela; Zolotarov Grygoriy; Lafon Placette Clément
Veröffentlicht in: Epigenetics, Ausgabe 4, 2022, ISSN 1559-2308
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/15592294.2021.2022066

The EpiDiverse Plant Epigenome-Wide Association Studies (EWAS) Pipeline

Autoren: Sultan Nilay Can, Adam Nunn, Dario Galanti, David Langenberger, Claude Becker, Katharina Volmer, Katrin Heer, Lars Opgenoorth, Noe Fernandez-Pozo and Stefan A. Rensing
Veröffentlicht in: Epigenomes, 2021, ISSN 2075-4655
Herausgeber: MDPI

Chromosome-level Thlaspi arvense genome provides new tools for translational research and for a newly domesticated cash cover crop of the cooler climates

Autoren: Adam Nunn, Isaac Rodríguez-Arévalo, Zenith Tandukar, Katherine Frels, Adrián Contreras-Garrido, Pablo Carbonell-Bejerano, Panpan Zhang, Daniela Ramos Cruz, Katharina Jandrasits, Christa Lanz, Anthony Brusa, Marie Mirouze, Kevin Dorn, David W Galbraith, Brice A. Jarvis, John C. Sedbrook, Donald L. Wyse, Christian Otto, David Langenberger, Peter F. Stadler, Detlef Weigel, M. David Marks, James A.
Veröffentlicht in: Plant Biotechnology Journal, 2022, Seite(n) pp 1-20, ISSN 1467-7652
Herausgeber: Wiley on line publishers
DOI: 10.1111/pbi.13775

Plant epigenetics: phenotypic and functional diversity beyond the DNA sequence

Autoren: MT Boquete; A Muyle; C Alonso
Veröffentlicht in: American Journal of Botany, Ausgabe 5, 2021, ISSN 1537-2197
Herausgeber: Botanical Society of America
DOI: 10.1002/ajb2.1645

Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response

Autoren: Picart-Picolo, Ariadna; Grob, Stefan; Picault, Nathalie; Franek, Michal; Llauro, Christel; Halter, Thierry; Maier, Tom R.; Jobet, Edouard; Descombin, Julie; Zhang, Panpan; Paramasivan, Vijayapalani; Baum, Thomas J.; Navarro, Lionel; Dvořáčková, Martina; Mirouze, Marie; Pontvianne, Frédéric
Veröffentlicht in: https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-02962580, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.5167/uzh-196601

ecc_finder: A Robust and Accurate Tool for Detecting Extrachromosomal Circular DNA From Sequencing Data

Autoren: Marie Mirouze; Panpan Zhang; Christel Llauro; Hoaran Peng; Etienne Bucher
Veröffentlicht in: Frontiers in Plant Science, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1664-462X
Herausgeber: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2021.743742

A Critical Guide for Studies on Epigenetic Inheritance in Plants

Autoren: Daniela Ramos Cruz, Claude Becker
Veröffentlicht in: Plant Epigenetics and Epigenomics - Methods and Protocols, Ausgabe 2093, 2020, Seite(n) 261-270, ISBN 978-1-0716-0178-5
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0179-2_18

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