Liver Spatial Omics

Informations projet

LSO

N° de convention de subvention: 768956

DOI

10.3030/768956

Projet clôturé

Date de signature de la CE 22 Janvier 2018

Date de début 1 Novembre 2018

Date de fin 30 Avril 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (18)

Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale

Auteurs: Colas Droin, Jakob El Kholtei, Keren Bahar Halpern, Clémence Hurni, Milena Rozenberg, Sapir Muvkadi, Shalev Itzkovitz, Felix Naef
Publié dans: Nature Metabolism, Numéro 3/1, 2021, Page(s) 43-58, ISSN 2522-5812
Éditeur: Nature Metabolism
DOI: 10.1038/s42255-020-00323-1

Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells

Auteurs: Rita Manco The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Inna Averbukh The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Ziv Porat The Weizmann Institute of Science, Life Sciences Core Facilities Keren Bahar Halpern The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Ido Amit The Weizmann Institute of Science, Department of Sy
Publié dans: Nature communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23245-2

Distal fecal wash host transcriptomics identifies inflammation throughout the colon and terminal ileum

Auteurs: Stav Dan The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Bella Ungar Tel Aviv University Shani Ben-Moshe The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Keren Bahar Halpern The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Miri Yavzori Tel Aviv University Ella Fudim Tel Aviv University Orit Picard Tel Aviv University Chay
Publié dans: Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 2023, ISSN 2352-345X
Éditeur: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2023.02.002

Zonation of Pancreatic Acinar Cells in Diabetic Mice

Auteurs: Adi Egozi, Keren Bahar Halpern, Lydia Farack, Hagar Rotem, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Cell Reports, Numéro 32/7, 2020, Page(s) 108043, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108043

The spatiotemporal program of zonal liver regeneration following acute injury

Auteurs: Shani Ben-Moshe, Tamar Veg, Rita Manco, Stav Dan, Delfina Papinutti, Aviezer Lifshitz, Aleksandra A Kolodziejczyk, Keren Bahar Halpern, Eran Elinav and Shalev Itzkovitz
Publié dans: Cell stem cell, 2022, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2022.04.008

Transcriptional Heterogeneity of Beta Cells in the Intact Pancreas

Auteurs: Lydia Farack, Matan Golan, Adi Egozi, Nili Dezorella, Keren Bahar Halpern, Shani Ben-Moshe, Immacolata Garzilli, Beata Toth, Lior Roitman, Valery Krizhanovsky, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Developmental Cell, 2019, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2018.11.001

Spatial discordances between mRNAs and proteins in the intestinal epithelium

Auteurs: Yotam Harnik, Lisa Buchauer, Shani Ben-Moshe, Inna Averbukh, Yishai Levin, Alon Savidor, Raya Eilam, Andreas E Moor and Shalev Itzkovitz
Publié dans: Nature metabolism, 2021, ISSN 2522-5812
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s42255-021-00504-6

The cellular states and fates of shed intestinal cells

Auteurs: Keren Bahar Halpern*, Yael Korem Kohanim, Adi Biram, Yotam Harnik, Adi Egozi, Oran Yakubovsky, Ziv Shulman, Shalev Itzkovitz*
Publié dans: Nature metabolism, 2023, ISSN 2522-5812
Éditeur: Nature Research
DOI: 10.1038/s42255-023-00905-9

Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells

Auteurs: Keren Bahar Halpern, Rom Shenhav, Hassan Massalha, Beata Toth, Adi Egozi, Efi E. Massasa, Chiara Medgalia, Eyal David, Amir Giladi, Andreas E. Moor, Ziv Porat, Ido Amit, Shalev Itzkovitz*
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 36, 2018, Page(s) 962-970, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.4231

Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation

Auteurs: Shani Ben-Moshe, Yonatan Shapira, Andreas E. Moor, Rita Manco, Tamar Veg, Keren Bahar Halpern, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Nature Metabolism, Numéro 1/9, 2019, Page(s) 899-911, ISSN 2522-5812
Éditeur: Nature Metabolism
DOI: 10.1038/s42255-019-0109-9

Lgr5+telocytes are a signaling source at the intestinal villus tip

Auteurs: Keren Bahar Halpern, Hassan Massalha, Rachel K. Zwick, Andreas E. Moor, David Castillo-Azofeifa, Milena Rozenberg, Lydia Farack, Adi Egozi, Dan R. Miller, Inna Averbukh, Yotam Harnik, Noa Weinberg-Corem, Frederic J. de Sauvage, Ido Amit, Ophir D. Klein, Michal Shoshkes-Carmel, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Nature Communications, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15714-x

Spatial heterogeneity in the mammalian liver

Auteurs: Shani Ben-Moshe, Shalev Itzkovitz*
Publié dans: Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology, 2019, ISSN 1759-5045
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41575-019-0134-x

Insulin is expressed by enteroendocrine cells during human fetal development

Auteurs: Adi Egozi, Dhana Llivichuzhca-Loja, Blake T McCourt, Keren Bahar Halpern, Lydia Farack, Xiaojing An, Fujing Wang, Kong Chen, Liza Konnikova and Shalev Itzkovitz
Publié dans: Nature medicine, 2021, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01586-1

Spatial gene expression maps of the intestinal lymphoid follicle and associated epithelium identify zonated expression programs.

Auteurs: Noam Cohen; Noam Cohen; Hassan Massalha; Hassan Massalha; Shani Ben-Moshe; Adi Egozi; Milena Rozenberg; Keren Bahar Halpern; Shalev Itzkovitz
Publié dans: PLoS Biology, Vol 19, Iss 10, p e3001214 (2021), Numéro 2, 2021, ISSN 1544-9173
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001214

Protocol for Single-Molecule Fluorescence In Situ Hybridization for Intact Pancreatic Tissue

Auteurs: Lydia Farack - The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Shalev Itzkovitz - The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology
Publié dans: STAR protocols, 2020, ISSN 2666-1667
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2019.100007

Host transcriptome signatures in human faecal-washes predict histological remission in patients with IBD

Auteurs: Bella Ungar, Miri Yavzori, Ella Fudim, Orit Picard, Uri Kopylov, Rami Eliakim, Dror Shouval, Yishai Levin, Alon Savidor, Shani Ben-Moshe, Rita Manco, Stav Dan, Adi Egozi, Keren Bahar Halpern, Chen Mayer, Iris Barshack, Shomron Ben-Horin, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Gut, 2022, ISSN 0017-5749
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/gutjnl-2021-325516

A spatiotemporally resolved single-cell atlas of the Plasmodium liver stage

Auteurs: Amichay Afriat, Vanessa Zuzarte-Luis, Keren Bahar Halpern, Lisa Buchauer, Sofia Marques, Angelo Ferreira Chora, Aparajita Lahree, Ido Amit, Maria M. Mota*, Shalev Itzkovitz*
Publié dans: Nature (London), Numéro 611, 2022, Page(s) 563-569, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05406-5

A single cell atlas of the human liver tumor microenvironment

Auteurs: Hassan Massalha, Keren Bahar Halpern, Samir Abu‐Gazala, Tamar Jana, Efi E Massasa, Andreas E Moor, Lisa Buchauer, Milena Rozenberg, Eli Pikarsky, Ido Amit, Gideon Zamir, Shalev Itzkovitz
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 16/12, 2020, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209682