Liver Spatial Omics

Projektinformationen

LSO

ID Finanzhilfevereinbarung: 768956

DOI

10.3030/768956

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 22 Januar 2018

Startdatum 1 November 2018

Enddatum 30 April 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (18)

Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale

Autoren: Colas Droin, Jakob El Kholtei, Keren Bahar Halpern, Clémence Hurni, Milena Rozenberg, Sapir Muvkadi, Shalev Itzkovitz, Felix Naef
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, Ausgabe 3/1, 2021, Seite(n) 43-58, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nature Metabolism
DOI: 10.1038/s42255-020-00323-1

Clump sequencing exposes the spatial expression programs of intestinal secretory cells

Autoren: Rita Manco The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Inna Averbukh The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Ziv Porat The Weizmann Institute of Science, Life Sciences Core Facilities Keren Bahar Halpern The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Ido Amit The Weizmann Institute of Science, Department of Sy
Veröffentlicht in: Nature communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23245-2

Distal fecal wash host transcriptomics identifies inflammation throughout the colon and terminal ileum

Autoren: Stav Dan The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Bella Ungar Tel Aviv University Shani Ben-Moshe The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Keren Bahar Halpern The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Miri Yavzori Tel Aviv University Ella Fudim Tel Aviv University Orit Picard Tel Aviv University Chay
Veröffentlicht in: Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 2023, ISSN 2352-345X
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2023.02.002

Zonation of Pancreatic Acinar Cells in Diabetic Mice

Autoren: Adi Egozi, Keren Bahar Halpern, Lydia Farack, Hagar Rotem, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 32/7, 2020, Seite(n) 108043, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108043

The spatiotemporal program of zonal liver regeneration following acute injury

Autoren: Shani Ben-Moshe, Tamar Veg, Rita Manco, Stav Dan, Delfina Papinutti, Aviezer Lifshitz, Aleksandra A Kolodziejczyk, Keren Bahar Halpern, Eran Elinav and Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Cell stem cell, 2022, ISSN 1934-5909
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2022.04.008

Transcriptional Heterogeneity of Beta Cells in the Intact Pancreas

Autoren: Lydia Farack, Matan Golan, Adi Egozi, Nili Dezorella, Keren Bahar Halpern, Shani Ben-Moshe, Immacolata Garzilli, Beata Toth, Lior Roitman, Valery Krizhanovsky, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Developmental Cell, 2019, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2018.11.001

Spatial discordances between mRNAs and proteins in the intestinal epithelium

Autoren: Yotam Harnik, Lisa Buchauer, Shani Ben-Moshe, Inna Averbukh, Yishai Levin, Alon Savidor, Raya Eilam, Andreas E Moor and Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Nature metabolism, 2021, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nature Research
DOI: 10.1038/s42255-021-00504-6

The cellular states and fates of shed intestinal cells

Autoren: Keren Bahar Halpern*, Yael Korem Kohanim, Adi Biram, Yotam Harnik, Adi Egozi, Oran Yakubovsky, Ziv Shulman, Shalev Itzkovitz*
Veröffentlicht in: Nature metabolism, 2023, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nature Research
DOI: 10.1038/s42255-023-00905-9

Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells

Autoren: Keren Bahar Halpern, Rom Shenhav, Hassan Massalha, Beata Toth, Adi Egozi, Efi E. Massasa, Chiara Medgalia, Eyal David, Amir Giladi, Andreas E. Moor, Ziv Porat, Ido Amit, Shalev Itzkovitz*
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 36, 2018, Seite(n) 962-970, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.4231

Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation

Autoren: Shani Ben-Moshe, Yonatan Shapira, Andreas E. Moor, Rita Manco, Tamar Veg, Keren Bahar Halpern, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, Ausgabe 1/9, 2019, Seite(n) 899-911, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Nature Metabolism
DOI: 10.1038/s42255-019-0109-9

Lgr5+telocytes are a signaling source at the intestinal villus tip

Autoren: Keren Bahar Halpern, Hassan Massalha, Rachel K. Zwick, Andreas E. Moor, David Castillo-Azofeifa, Milena Rozenberg, Lydia Farack, Adi Egozi, Dan R. Miller, Inna Averbukh, Yotam Harnik, Noa Weinberg-Corem, Frederic J. de Sauvage, Ido Amit, Ophir D. Klein, Michal Shoshkes-Carmel, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15714-x

Spatial heterogeneity in the mammalian liver

Autoren: Shani Ben-Moshe, Shalev Itzkovitz*
Veröffentlicht in: Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology, 2019, ISSN 1759-5045
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41575-019-0134-x

Insulin is expressed by enteroendocrine cells during human fetal development

Autoren: Adi Egozi, Dhana Llivichuzhca-Loja, Blake T McCourt, Keren Bahar Halpern, Lydia Farack, Xiaojing An, Fujing Wang, Kong Chen, Liza Konnikova and Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Nature medicine, 2021, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01586-1

Spatial gene expression maps of the intestinal lymphoid follicle and associated epithelium identify zonated expression programs.

Autoren: Noam Cohen; Noam Cohen; Hassan Massalha; Hassan Massalha; Shani Ben-Moshe; Adi Egozi; Milena Rozenberg; Keren Bahar Halpern; Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: PLoS Biology, Vol 19, Iss 10, p e3001214 (2021), Ausgabe 2, 2021, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001214

Protocol for Single-Molecule Fluorescence In Situ Hybridization for Intact Pancreatic Tissue

Autoren: Lydia Farack - The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology Shalev Itzkovitz - The Weizmann Institute of Science, Department of Molecular Cell Biology
Veröffentlicht in: STAR protocols, 2020, ISSN 2666-1667
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2019.100007

Host transcriptome signatures in human faecal-washes predict histological remission in patients with IBD

Autoren: Bella Ungar, Miri Yavzori, Ella Fudim, Orit Picard, Uri Kopylov, Rami Eliakim, Dror Shouval, Yishai Levin, Alon Savidor, Shani Ben-Moshe, Rita Manco, Stav Dan, Adi Egozi, Keren Bahar Halpern, Chen Mayer, Iris Barshack, Shomron Ben-Horin, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Gut, 2022, ISSN 0017-5749
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/gutjnl-2021-325516

A spatiotemporally resolved single-cell atlas of the Plasmodium liver stage

Autoren: Amichay Afriat, Vanessa Zuzarte-Luis, Keren Bahar Halpern, Lisa Buchauer, Sofia Marques, Angelo Ferreira Chora, Aparajita Lahree, Ido Amit, Maria M. Mota*, Shalev Itzkovitz*
Veröffentlicht in: Nature (London), Ausgabe 611, 2022, Seite(n) 563-569, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05406-5

A single cell atlas of the human liver tumor microenvironment

Autoren: Hassan Massalha, Keren Bahar Halpern, Samir Abu‐Gazala, Tamar Jana, Efi E Massasa, Andreas E Moor, Lisa Buchauer, Milena Rozenberg, Eli Pikarsky, Ido Amit, Gideon Zamir, Shalev Itzkovitz
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 16/12, 2020, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209682