Ziel
Protein N-termini represent a wealth of biological information, such as their generation by limited proteolysis, which sculpts proteome functionality by yielding protein-sized cleavage products with novel functionality. N-terminomics is a branch of functional proteomics and enables the analysis of thousands of protein N-termini in an unbiased manner. By targeting native, proteolytically generated or acetylated protein N-termini as well as uncovering novel translation initiation sites, N-terminomics bears relevance to proteolysis and proteogenomics research. Unlike proteomic assays to study modifications such as phosphorylation, N-terminomics has remained inaccessible to non-expert laboratories due to a lack of ready-to-use kit formats or commercial services. Based on a recently published N-terminomic workflow by my laboratory, the present project aims to fill this niche by laying the foundation to represent N-terminomics (sample preparation up to mass spectrometry analysis) in a kit-like format together with online data analysis. Development steps include inclusion of multiple internal standards for improved sample-to-sample comparability, sole usage of cost-effective, disposable “small-scale” equipment in sample preparation, minimization of required input material, adaption to different input material including cryopreserved and formalin-fixed, paraffin-embedded samples, as well as web-based mass spectrometry data analysis and annotation. This endeavor is based on multiple collaborative projects of the applicant with pharmaceutical companies and backed by interest of proteomic supply companies. In a small forward-looking activity, the project will explore the application N-terminomics in molecular diagnostics of bladder cancer; based on the rationale local infiltration by solid tumors is based on differential proteolysis. This activity serves an initial step to add N-terminomics to the toolbox of molecular pathology.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Datenwissenschaften
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteomik
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Klinische Medizin Onkologie Blasenkrebs
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Pathologie
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften analytische Chemie Massenspektrometrie
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
ERC-POC - Proof of Concept Grant
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) ERC-2017-PoC
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
79106 Freiburg
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.