Molecular machines based on coiled-coil protein origami

Informazioni relative al progetto

MaCChines

ID dell’accordo di sovvenzione: 787115

DOI

10.3030/787115

Progetto chiuso

Data della firma CE 31 Agosto 2018

Data di avvio 1 Settembre 2018

Data di completamento 31 Agosto 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 497 125,00

Contributo UE

€ 2 497 125,00

Coordinato da

KEMIJSKI INSTITUT
Slovenia

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (19)

The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells

Autori: Tjaša Plaper, Erik Rihtar, Taja Železnik Ramuta, Vida Forstnerič, Vid Jazbec, Filip Ivanovski, Mojca Benčina, Roman Jerala
Pubblicato in: Cell Chemical Biology, Numero 31, 2024, Pagina/e 1460-1472, ISSN 2451-9456
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1016/j.chembiol.2024.06.001

Coiled Coils as Versatile Modules for Mammalian Cell Regulation

Autori: Estera Merljak, Anja Golob-Urbanc, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Pubblicato in: Synthetic Biology and Engineering, Numero 1, 2024, Pagina/e 1-10, ISSN 2958-9053
Editore: SCIEPublish
DOI: 10.35534/sbe.2023.10006

Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins

Autori: Anže Verbič, Tina Lebar, Arne Praznik, Roman Jerala
Pubblicato in: ACS Synthetic Biology, Numero 13, 2024, Pagina/e 792-803, ISSN 2161-5063
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00588

Designed allosteric protein logic

Autori: Tjaša Plaper, Estera Merljak, Tina Fink, Tadej Satler, Ajasja Ljubetič, Duško Lainšček, Vid Jazbec, Mojca Benčina, Sintija Stevanoska, Sašo Džeroski, Roman Jerala
Pubblicato in: Cell Discovery, Numero 10, 2024, ISSN 2056-5968
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41421-023-00635-y

A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coilmodules for functionalization of designedprotein origami structures

Autori: Andreja Majerle, San Hadži, Jana Aupič, Tadej Satler, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Jurij Lah, Remy Loris, and Roman Jerala,
Pubblicato in: Proc Natl Acad Sci USA, 2021, ISSN 1091-6490
Editore: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2021899118

Coiled-coil heterodimer-based recruitment of an exonuclease to CRISPR/Cas for enhanced gene editing

Autori: Duško Lainšček, Vida Forstnerič, Veronika Mikolič, Špela Malenšek, Peter Pečan, Mojca Benčina, Matjaž Sever, Helena Podgornik & Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31386-1

Engineering a scalable and orthogonal platform for synthetic communication in mammalian cells

Autori: Anna-Maria Makri Pistikou, Glenn A. O. Cremers, Bryan L. Nathalia, Theodorus J. Meuleman, Bas W. A. Bögels, Bruno V. Eijkens, Anne de Dreu, Maarten T. H. Bezembinder, Oscar M. J. A. Stassen, Carlijn C. V. Bouten, Maarten Merkx, Roman Jerala, Tom F. A. de Greef
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42810-5

Programmable de novo designed coiled coil-mediated phase separation in mammalian cells

Autori: Maruša Ramšak, Dominique A. Ramirez, Loren E. Hough, Michael R. Shirts, Sara Vidmar, Kristina Eleršič Filipič, Gregor Anderluh, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43742-w

A multiplexed bacterial two-hybrid for rapid characterization of protein–protein interactions and iterative protein design

Autori: W. Clifford Boldridge, Ajasja Ljubetič, Hwangbeom Kim, Nathan Lubock, Dániel Szilágyi, Jonathan Lee, Andrej Brodnik, Roman Jerala, Sriram Kosuri
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38697-x

A tunable orthogonal coiled-coil interaction toolbox for engineering mammalian cells

Autori: Tina Lebar, Duško Lainšček, Estera Merljak, Jana Aupič, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, 2020, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0443-y

Design of fast proteolysis-based signaling and logic circuits in mammalian cells

Autori: Tina Fink, Jan Lonzarić, Arne Praznik, Tjaša Plaper, Estera Merljak, Katja Leben, Nina Jerala, Tina Lebar, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, Mojca Benčina, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, Numero 15/2, 2019, Pagina/e 115-122, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-018-0181-6

Crystal Structure of <i>de Novo</i> Designed Coiled-Coil Protein Origami Triangle

Autori: Tadej Satler, San Hadži, Roman Jerala
Pubblicato in: Journal of the American Chemical Society, Numero 145, 2023, Pagina/e 16995-17000, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c05531

Regulation of protein secretion through chemicalregulation of endoplasmic reticulum retentionsignal cleavage

Autori: Arne Praznik, Tina Fink, Nik Franko, Jan Lonzarić, Mojca Benčina, Nina Jerala, Tjaša Plaper, Samo Roškar & Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28971-9

A Nanoscaffolded Spike-RBD Vaccine Provides Protectionagainst SARS-CoV-2 with Minimal Anti-Scaffold Response

Autori: Duško Lainšček, Tina Fink, Vida Forstnerič, Iva Hafner-Bratkovič, Sara Orehek, Žiga Strmšek, Mateja Manček-Keber, Peter Pečan, Hana Esih, Špela Malenšek, Jana Aupič, Petra Dekleva, Tjaša Plaper, Sara Vidmar, Lucija Kadunc, Mojca Benčina, Neža Omersa, Gregor Anderluh, Florence Pojer, Kelvin Lau, David Hacker, Bruno E. Correia, David Peterhoff, Ralf Wagner, Valter Bergant, Alexander H
Pubblicato in: Vaccines, 2021, ISSN 2076-393X
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines9050431

Metal ion–regulated assembly of designedmodular protein cages

Autori: Jana Aupič, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Estera Merljak, Tjaša Plaper, Roman Jerala
Pubblicato in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Editore: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abm8243

Preorganized cyclic modules facilitate the self-assembly of protein nanostructures

Autori: Jaka Snoj, Fabio Lapenta, Roman Jerala
Pubblicato in: Chemical Science, Numero 15, 2024, Pagina/e 3673-3686, ISSN 2041-6520
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc06658d

Designed folding pathway of modular coiled-coil-based proteins

Autori: Jana Aupič, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, David Pahovnik, Tomaž Pisanski, Igor Drobnak, Ajasja Ljubetič, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, Pagina/e 1-12, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21185-5

Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules

Autori: Fabio Lapenta, Jana Aupič, Marco Vezzoli, Žiga Strmšek, Stefano Da Vela, Dmitri I. Svergun, José María Carazo, Roberto Melero, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, Pagina/e 1-12, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21184-6

Segmentation strategy of de novo designed four-helical bundles expands protein oligomerization modalities for cell regulation

Autori: Estera Merljak, Benjamin Malovrh, Roman Jerala
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37765-6

Diritti di proprietà intellettuale

Patent (3)

REGULATION OF PROTEIN FUNCTION BY INSERTION OF INTERACTION PEPTIDES

Numero candidatura/pubblicazione: 20 22085613
Data: 2022-12-13
Candidato/i: KEMIJSKI INSTITUT

VACCINES BASED ON AN ANTIGEN PROTEIN FUSED TO A NANOSTRUCTURING SCAFFOLD

Numero candidatura/pubblicazione: 20 21073632
Data: 2021-08-26
Candidato/i: KEMIJSKI INSTITUT

COILED-COIL MEDIATED TETHERING OF CRISPR-CAS AND EXONUCLEASES FOR ENHANCED GENOME EDITING

Numero candidatura/pubblicazione: 19 192490
Data: 2019-08-20
Candidato/i: KEMIJSKI INSTITUT