Cellular innovation driving nervous system evolution

Informations projet

NeuralCellTypeEvo

N° de convention de subvention: 788921

DOI

10.3030/788921

Projet clôturé

Date de signature de la CE 30 Mai 2018

Date de début 1 Juin 2018

Date de fin 31 Mai 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 500 000,00

Coordonné par

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (17)

A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain

Auteurs: Francesco Lamanna, Francisca Hervas-Sotomayor, A. Phillip Oel, David Jandzik, Daniel Sobrido-Cameán, Gabriel N. Santos-Durán, Megan L. Martik, Jan Stundl, Stephen A. Green, Thoomke Brüning, Katharina Mößinger, Julia Schmidt, Celine Schneider, Mari Sepp, Florent Murat, Jeramiah J. Smith, Marianne E. Bronner, María Celina Rodicio, Antón Barreiro-Iglesias, Daniel M. Medeiros, Detlev Arendt, He
Publié dans: Nat Ecol Evol., 2023, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-023-02170-1

Elementary nervous systems

Auteurs: Detlev Arendt
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 376/1821, 2021, Page(s) 20200347, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2020.0347

Cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment

Auteurs: Fabian Ruperti; Nikolaos Papadopoulos; Jacob M. Musser; Milot Mirdita; Martin Steinegger; Detlev Arendt
Publié dans: Genome Biology, Vol 24, Iss 1, Pp 1-21 (2023), Numéro 5, 2023, ISSN 1465-6906
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-02942-9

MorphoFeatures for unsupervised exploration of cell types, tissues, and organs in volume electron microscopy

Auteurs: Valentyna Zinchenko, Johannes Hugger, Virginie Uhlmann, Detlev Arendt, and Anna Kreshuk
Publié dans: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.80918

Molecular profiling of sponge deflation reveals an ancient relaxant-inflammatory response

Auteurs: Fabian Ruperti, Isabelle Becher, Anniek Stokkermans, Ling Wang, Nick Marschlich, Clement Potel, Emanuel Maus, Frank Stein, Bernhard Drotleff, Klaske J. Schippers, Michael Nickel, Robert Prevedel, Jacob M. Musser, Mikhail M. Savitski, Detlev Arendt
Publié dans: Current Biology, 2024, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2023.12.021

The conserved core of the nereid brain: Circular CNS, apical nervous system and lhx6-arx-dlx neurons

Auteurs: Detlev Arendt, Idoia Quintana Urzainqui, Hernando Martínez Vergara
Publié dans: Current Opinion in Neurobiology, 2021, ISSN 0959-4388
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2021.11.008

The Nereid on the rise: Platynereis as a model system.

Auteurs: B. Duygu Özpolat; Nadine Randel; Elizabeth A Williams; Luis A Bezares-Calderón; Gabriele Andreatta; Guillaume Balavoine; Paola Bertucci; David E. K. Ferrier; Maria Cristina Gambi; Eve Gazave; Mette Handberg-Thorsager; Jörg D. Hardege; Cameron Hird; Yu-Wen Hsieh; Jerome H.L. Hui; Kevin Nzumbi Mutemi; Stephan Schneider; Oleg Simakov; Hernando Martínez Vergara; Michel Vervoort; Gáspár Jékely;
Publié dans: EvoDevo, 2021, ISSN 2041-9139
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.17863/cam.78076

The Evolutionary Assembly of Neuronal Machinery

Auteurs: Detlev Arendt
Publié dans: Current Biology, Numéro 30/10, 2020, Page(s) R603-R616, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.04.008

Evolution of neuronal types and families

Auteurs: Detlev Arendt, Paola Yanina Bertucci, Kaia Achim, Jacob M Musser
Publié dans: Current Opinion in Neurobiology, Numéro 56, 2019, Page(s) 144-152, ISSN 0959-4388
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2019.01.022

Mapping single-cell atlases throughout Metazoa unravels cell type evolution

Auteurs: Tarashanksy, A. J., Musser, J. M., Khariton, M., Li, P., Arendt, D., Quake, S. R., Wang, B.
Publié dans: eLife, Numéro eLife 2021;10:e66747, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2020.09.28.317784

The dorsoanterior brain of adult amphioxus shares similarities in expression profile and neuronal composition with the vertebrate telencephalon

Auteurs: Èlia Benito-Gutiérrez, Manuel Stemmer, Silvia D Rohr, Laura N Schuhmacher, Jocelyn Tang, Aleksandra Marconi, Gáspár Jékely, Detlev Arendt
Publié dans: BMC Biology, Numéro 2021 May 21;19(1):110, 2021, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1101/307629

MoBIE: a Fiji plugin for sharing and exploration of multi-modal cloud-hosted big image data.

Auteurs: Constantin Pape, Kimberly Meechan, Ekaterina Moreva, Martin Schorb, Nicolas Chiaruttini, Valentyna Zinchenko, Hernando Martinez Vergara, Giulia Mizzon, Josh Moore, Detlev Arendt, Anna Kreshuk, Yannick Schwab, Christian Tischer
Publié dans: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01776-4

Profiling cellular diversity in sponges informs animal cell type and nervous system evolution

Auteurs: Jacob M. Musser, Klaske J. Schippers, Michael Nickel, Giulia Mizzon, Andrea B. Kohn,Constantin Pape, Paolo Ronchi, Nikolaos Papadopoulos, Alexander J. Tarashansky,Jörg U. Hammel, Florian Wolf, Cong Liang, Ana Hernández-Plaza, Carlos P. Cantalapiedra,Kaia Achim, Nicole L. Schieber, Leslie Pan, Fabian Ruperti1,, Warren R. Francis, Sergio Vargas,Svenja Kling, Maike Renkert, Maxim Polikarpov,, Gleb
Publié dans: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1101/758276

Whole-body integration of gene expression and single-cell morphology

Auteurs: Vergara, H. M., Pape, C., Meechan, K. I., Zinchenko, V., Genoud, C., Wanner, A. A., Titze, B., Templin, R. M., Bertucci, P. Y., Simakov, O., Machado, P., Savage, E. L., Schwab, Y., Friedrich, R. W., Kreshuk, A., Tischer, C., Arendt, D.
Publié dans: Cell, Numéro Cell, 184, 1-19, 2020, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.02.26.961037

Many Ways to Build a Polyp

Auteurs: Detlev Arendt
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 35/12, 2019, Page(s) 885-887, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2019.09.003

Single cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome.

Auteurs: Periklis Paganos; Danila Voronov; Jacob M. Musser; Detlev Arendt; Maria Ina Arnone
Publié dans: eLife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70416

Characterization of eyes, photoreceptors, and opsins in developmental stages of the arrow worm Spadella cephaloptera (Chaetognatha)

Auteurs: Tim Wollesen, Sonia V. Rodriguez Monje, Adam P. Oel, Detlev Arendt
Publié dans: J Exp Zool B Mol Dev Evol, 2023, ISSN 1552-5007
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/jez.b.23193

Other (6)

Beyond sequence similarity: cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment

Auteurs: Fabian Ruperti, Nikolaos Papadopoulos, Jacob Musser, Milot Mirdita, Martin Steinegger, Detlev Arendt
Publié dans: Biorxiv, 2022
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2022.07.05.498892

Single cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome

Auteurs: Paganos, P., Voronov, D., Musser, J. M. Arendt, D., Arnone, M. I
Publié dans: bioXriv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.03.16.435574

MorphoFeatures: unsupervised exploration of cell types, tissues and organs in volume electron microscopy

Auteurs: Valentyna Zinchenko, Johannes Hugger, Virginie Uhlmann, Detlev Arendt, Anna Kreshuk
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2022.05.07.490949

Characterization of eyes, photoreceptors and opsins in developmental stages of the chaetognath Spadella cephaloptera

Auteurs: Tim Wollesena, Sonia Victoria Rodríguez Monje, Adam Phillip Oel, and Detlev Arendt
Publié dans: bioXriv, 2019
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/871111

MoBIE: A Fiji plugin for sharing and exploration of multi-modal cloud-hosted big image data

Auteurs: Constantin Pape, Kimberly Meechan, Ekaterina Moreva, Martin Schorb, Nicolas Chiaruttini, Valentyna Zinchenko, Hernando Vergara, Giulia Mizzon, Josh Moore, Detlev Arendt, Anna Kreshuk, Yannick Schwab, Christian Tischer
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2022.05.27.493763

Reconstructing the ancestral vertebrate brain using a lamprey neural cell type atlas

Auteurs: Francesco Lamanna, Francisca Hervas-Sotomayor, A. Phillip Oel, David Jandzik, Daniel Sobrido-Cameán, Megan L. Martik, Stephen A. Green, Thoomke Brüning, Katharina Mößinger, Julia Schmidt, Celine Schneider, Mari Sepp, Florent Murat, Jeramiah J. Smith, Marianne E. Bronner, María Celina Rodicio, Antón Barreiro-Iglesias, Daniel M. Medeiros, Detlev Arendt, Henrik Kaessmann.
Publié dans: Biorxiv, 2022
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2022.02.28.482278