Cellular innovation driving nervous system evolution

Informazioni relative al progetto

NeuralCellTypeEvo

ID dell’accordo di sovvenzione: 788921

DOI

10.3030/788921

Progetto chiuso

Data della firma CE 30 Maggio 2018

Data di avvio 1 Giugno 2018

Data di completamento 31 Maggio 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 500 000,00

Contributo UE

€ 2 500 000,00

Coordinato da

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (17)

A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain

Autori: Francesco Lamanna, Francisca Hervas-Sotomayor, A. Phillip Oel, David Jandzik, Daniel Sobrido-Cameán, Gabriel N. Santos-Durán, Megan L. Martik, Jan Stundl, Stephen A. Green, Thoomke Brüning, Katharina Mößinger, Julia Schmidt, Celine Schneider, Mari Sepp, Florent Murat, Jeramiah J. Smith, Marianne E. Bronner, María Celina Rodicio, Antón Barreiro-Iglesias, Daniel M. Medeiros, Detlev Arendt, He
Pubblicato in: Nat Ecol Evol., 2023, ISSN 2397-334X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-023-02170-1

Elementary nervous systems

Autori: Detlev Arendt
Pubblicato in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numero 376/1821, 2021, Pagina/e 20200347, ISSN 0962-8436
Editore: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2020.0347

Cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment

Autori: Fabian Ruperti; Nikolaos Papadopoulos; Jacob M. Musser; Milot Mirdita; Martin Steinegger; Detlev Arendt
Pubblicato in: Genome Biology, Vol 24, Iss 1, Pp 1-21 (2023), Numero 5, 2023, ISSN 1465-6906
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-02942-9

MorphoFeatures for unsupervised exploration of cell types, tissues, and organs in volume electron microscopy

Autori: Valentyna Zinchenko, Johannes Hugger, Virginie Uhlmann, Detlev Arendt, and Anna Kreshuk
Pubblicato in: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.80918

Molecular profiling of sponge deflation reveals an ancient relaxant-inflammatory response

Autori: Fabian Ruperti, Isabelle Becher, Anniek Stokkermans, Ling Wang, Nick Marschlich, Clement Potel, Emanuel Maus, Frank Stein, Bernhard Drotleff, Klaske J. Schippers, Michael Nickel, Robert Prevedel, Jacob M. Musser, Mikhail M. Savitski, Detlev Arendt
Pubblicato in: Current Biology, 2024, ISSN 0960-9822
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2023.12.021

The conserved core of the nereid brain: Circular CNS, apical nervous system and lhx6-arx-dlx neurons

Autori: Detlev Arendt, Idoia Quintana Urzainqui, Hernando Martínez Vergara
Pubblicato in: Current Opinion in Neurobiology, 2021, ISSN 0959-4388
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2021.11.008

The Nereid on the rise: Platynereis as a model system.

Autori: B. Duygu Özpolat; Nadine Randel; Elizabeth A Williams; Luis A Bezares-Calderón; Gabriele Andreatta; Guillaume Balavoine; Paola Bertucci; David E. K. Ferrier; Maria Cristina Gambi; Eve Gazave; Mette Handberg-Thorsager; Jörg D. Hardege; Cameron Hird; Yu-Wen Hsieh; Jerome H.L. Hui; Kevin Nzumbi Mutemi; Stephan Schneider; Oleg Simakov; Hernando Martínez Vergara; Michel Vervoort; Gáspár Jékely;
Pubblicato in: EvoDevo, 2021, ISSN 2041-9139
Editore: BioMed Central
DOI: 10.17863/cam.78076

The Evolutionary Assembly of Neuronal Machinery

Autori: Detlev Arendt
Pubblicato in: Current Biology, Numero 30/10, 2020, Pagina/e R603-R616, ISSN 0960-9822
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.04.008

Evolution of neuronal types and families

Autori: Detlev Arendt, Paola Yanina Bertucci, Kaia Achim, Jacob M Musser
Pubblicato in: Current Opinion in Neurobiology, Numero 56, 2019, Pagina/e 144-152, ISSN 0959-4388
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.conb.2019.01.022

Mapping single-cell atlases throughout Metazoa unravels cell type evolution

Autori: Tarashanksy, A. J., Musser, J. M., Khariton, M., Li, P., Arendt, D., Quake, S. R., Wang, B.
Pubblicato in: eLife, Numero eLife 2021;10:e66747, 2021, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2020.09.28.317784

The dorsoanterior brain of adult amphioxus shares similarities in expression profile and neuronal composition with the vertebrate telencephalon

Autori: Èlia Benito-Gutiérrez, Manuel Stemmer, Silvia D Rohr, Laura N Schuhmacher, Jocelyn Tang, Aleksandra Marconi, Gáspár Jékely, Detlev Arendt
Pubblicato in: BMC Biology, Numero 2021 May 21;19(1):110, 2021, ISSN 1741-7007
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1101/307629

MoBIE: a Fiji plugin for sharing and exploration of multi-modal cloud-hosted big image data.

Autori: Constantin Pape, Kimberly Meechan, Ekaterina Moreva, Martin Schorb, Nicolas Chiaruttini, Valentyna Zinchenko, Hernando Martinez Vergara, Giulia Mizzon, Josh Moore, Detlev Arendt, Anna Kreshuk, Yannick Schwab, Christian Tischer
Pubblicato in: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01776-4

Profiling cellular diversity in sponges informs animal cell type and nervous system evolution

Autori: Jacob M. Musser, Klaske J. Schippers, Michael Nickel, Giulia Mizzon, Andrea B. Kohn,Constantin Pape, Paolo Ronchi, Nikolaos Papadopoulos, Alexander J. Tarashansky,Jörg U. Hammel, Florian Wolf, Cong Liang, Ana Hernández-Plaza, Carlos P. Cantalapiedra,Kaia Achim, Nicole L. Schieber, Leslie Pan, Fabian Ruperti1,, Warren R. Francis, Sergio Vargas,Svenja Kling, Maike Renkert, Maxim Polikarpov,, Gleb
Pubblicato in: Science, 2021, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1101/758276

Whole-body integration of gene expression and single-cell morphology

Autori: Vergara, H. M., Pape, C., Meechan, K. I., Zinchenko, V., Genoud, C., Wanner, A. A., Titze, B., Templin, R. M., Bertucci, P. Y., Simakov, O., Machado, P., Savage, E. L., Schwab, Y., Friedrich, R. W., Kreshuk, A., Tischer, C., Arendt, D.
Pubblicato in: Cell, Numero Cell, 184, 1-19, 2020, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1101/2020.02.26.961037

Many Ways to Build a Polyp

Autori: Detlev Arendt
Pubblicato in: Trends in Genetics, Numero 35/12, 2019, Pagina/e 885-887, ISSN 0168-9525
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2019.09.003

Single cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome.

Autori: Periklis Paganos; Danila Voronov; Jacob M. Musser; Detlev Arendt; Maria Ina Arnone
Pubblicato in: eLife, 2021, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70416

Characterization of eyes, photoreceptors, and opsins in developmental stages of the arrow worm Spadella cephaloptera (Chaetognatha)

Autori: Tim Wollesen, Sonia V. Rodriguez Monje, Adam P. Oel, Detlev Arendt
Pubblicato in: J Exp Zool B Mol Dev Evol, 2023, ISSN 1552-5007
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/jez.b.23193

Other (6)

Beyond sequence similarity: cross-phyla protein annotation by structural prediction and alignment

Autori: Fabian Ruperti, Nikolaos Papadopoulos, Jacob Musser, Milot Mirdita, Martin Steinegger, Detlev Arendt
Pubblicato in: Biorxiv, 2022
Editore: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2022.07.05.498892

Single cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome

Autori: Paganos, P., Voronov, D., Musser, J. M. Arendt, D., Arnone, M. I
Pubblicato in: bioXriv, 2021
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.03.16.435574

MorphoFeatures: unsupervised exploration of cell types, tissues and organs in volume electron microscopy

Autori: Valentyna Zinchenko, Johannes Hugger, Virginie Uhlmann, Detlev Arendt, Anna Kreshuk
Pubblicato in: BioRxiv, 2022
Editore: CSHL
DOI: 10.1101/2022.05.07.490949

Characterization of eyes, photoreceptors and opsins in developmental stages of the chaetognath Spadella cephaloptera

Autori: Tim Wollesena, Sonia Victoria Rodríguez Monje, Adam Phillip Oel, and Detlev Arendt
Pubblicato in: bioXriv, 2019
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/871111

MoBIE: A Fiji plugin for sharing and exploration of multi-modal cloud-hosted big image data

Autori: Constantin Pape, Kimberly Meechan, Ekaterina Moreva, Martin Schorb, Nicolas Chiaruttini, Valentyna Zinchenko, Hernando Vergara, Giulia Mizzon, Josh Moore, Detlev Arendt, Anna Kreshuk, Yannick Schwab, Christian Tischer
Pubblicato in: BioRxiv, 2022
Editore: CSHL
DOI: 10.1101/2022.05.27.493763

Reconstructing the ancestral vertebrate brain using a lamprey neural cell type atlas

Autori: Francesco Lamanna, Francisca Hervas-Sotomayor, A. Phillip Oel, David Jandzik, Daniel Sobrido-Cameán, Megan L. Martik, Stephen A. Green, Thoomke Brüning, Katharina Mößinger, Julia Schmidt, Celine Schneider, Mari Sepp, Florent Murat, Jeramiah J. Smith, Marianne E. Bronner, María Celina Rodicio, Antón Barreiro-Iglesias, Daniel M. Medeiros, Detlev Arendt, Henrik Kaessmann.
Pubblicato in: Biorxiv, 2022
Editore: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2022.02.28.482278